《超級機器人大戰 T》和之前兩作《機戰 V》和《機戰 X》一樣，均在遊戲尾聲部分設置了通常結局路線和被稱作「If 路線」的困難路線，要進入 If 路線，除了二週目無條件可以在 50 話結束時選擇「就算艱難，也要積極作戰」以外，一週目需要達成
1、過去的關卡中，主人公擊墜原創 BOSS 機體；
2、ACE 超過 25 名
3、工廠 TacP 管理 Grade 為 6 級。
等條件即可選擇「就算艱難，也要積極作戰」進入 If。
不過一般情況下不建議練度和改造度不足的一週目直接進 If 挑戰，建議在 2 周目的時候挑戰，能夠在劇情上和挑戰難度上均符合玩家進度。
第 51 話（普）：燕尾服在明日舞動
初期：伯魯凱因改、神高達、21 名選定
增援：Dann of Thursday
SR：3 回合內讓勾爪男乘坐的機體在地圖上登場
解說：本關的 SR 條件要求稍微特殊，從文字上看是讓「勾爪男」乘坐的機體登場，但實際上要讓他登場，需要輪番擊墜惡魔高達、法薩麗娜、米海爾。然後才會出現。惡魔高達最初由蕾因駕駛，令其 HP 剩餘一半後就會增加增援，我方梵安會增援登場，再消滅 3 個 BOSS 即可滿足 SR 條件，讓勾爪男登場。
若先擊墜米海爾，法薩麗娜就會掛上「愛」，先用小攻擊蹭掉必閃。
勾爪男會隨帶 4 個巨型宗師高達登場，勾爪男自帶 2 次行動，大範圍地圖炮等，較為棘手。半血後劇情，梵安會強制轉移到勾爪男身邊，此處會出現梵安 300 氣力的驚人場景，可以說是爆傷害的絕佳時機。
工廠：讓艾爾多拉魂出擊。TacP 100
關卡獎勵：金塊 200,000
第 52 話（普）：無限之光
初始：魔神 Z、23 名選定
SR：3 回合內擊墜所有機械獸後，擊墜阿修羅 P1、布羅肯 T9。
解說：擊墜一定量的敵人後，東邊會出現大量敵軍增援，不過增援敵軍不包含機械獸，因此不影響 SR。需要提醒的是如果在敵人行動期間導致敵軍大量增援的話，我方戰艦有可能會成為圍攻的對象，需要注意。擊墜阿修羅和布羅肯後，魔神 INFINITY 就會登場，困難難度下 HP 約 18萬 1700。
30% 血後劇情，INFINITY 會全恢復，魔神 Z 追加新武裝，此後再將 INFINITY 的 HP 削至 0 即可過關。
工廠：擊墜 INFINITY 之前，先消滅了所有其他敵人。TacP 300
關卡獎勵：超合金 New Z
第 53 話 死斗的未來
初始：24 名選定
SR：3 回合內擊墜柯文 & 史提卡和合體原種。
解說：擊墜敵軍 10 機後，敵方會以左右夾擊的形式圍繞我方初期位置，在東側出現侵略者、西側出現合體原種。擊墜兩個 BOSS 後，東北方會接著出現大量的宇宙怪獸。
消滅將近 70 機以後，北側中央會出現大型 BOSS —— Z 主腦，閃白色光的色板就是其本體，HP 合計有 296000，該 BOSS 有著 3 次移動、大範圍地圖炮，這個 BOSS 的地圖炮形狀較為特殊，不只是普通的半徑 12 格子的發射方式，斜向 12 格子的我方隊員也需要注意，不過當然如果能夠快速解決這個 BOSS 是最佳。不過 BOSS 每回只會使用一次，因此不需要太過擔心。
最麻煩的是 BOSS 會每回合開始的時候，特殊能力令周圍 10 格子我方機體 EN 減少 20%、HP 回覆等，更要求玩家快速解決。
造成一定傷害後，或者是拖一定回合的時間（已確認第六回合）會觸發事件，包括 BOSS 在內的全部機體 HP/EN/彈藥將全部回覆，且我方駕駛員氣力全部會到達 300。此後再擊墜 Z 主腦即可過關。
工廠：擊墜 Z 主腦前消滅所有其他雜兵。TacP 500
最終話（普）給地球未來，給戰士祝福
初始：24 名選定
解說：整個關卡採用的是前半後半雙戰場的形式，進入後半地圖會再度重新選擇出擊機體，由於前半和後半相當於兩個關卡，精神方面也會從最初狀態開始，因此前半部分不需要節約精神。
普通線路最終關的基本流程
1、前半地圖目標是擊墜伊法斯 Ω 和戰艦亞魯歐魯
2、進入後半地圖後，全員 SP 回覆，與機界新種進行特殊規則的戰鬥
3、進入與最終 BOSS 軍團的戰鬥
4、最終 BOSS 沒有全恢復的劇情，中途我方 SP 全恢復，擊破後結局。
前半部分：
伊法斯 Ω 會最速向我方突進，且每回合 2 次行動 + 覺醒，因此儘快消滅他以防他搗亂，亞魯歐魯戰艦一定期間不會移動，只要不進入其攻擊範圍（10 格子）就可以安心清理雜兵。再專心全力攻擊亞魯歐魯即可過關前半部分。
如果不是很在意繼承資金、TacP 的話建議速戰速決。
後半部分：
全駕駛員氣力 + SP 最大值，但機體 HP 只有一半的情況下開戰。此處與機界新種的戰鬥有特殊的規則，除了戰艦和 GGG 以外，其他所有機體與機界新種戰鬥一次後會被強制撤退。注意的是撤退後的機體會有一定期間不能參與接下來的與敵方增援的戰鬥，建議採用儘量少的機體數量攻擊機界新種，好在其 HP 也不多，約 3-4 機採用熱血、魂等就可以擊退。比較好的例子是採用阿爾卡迪亞號 → 二軍機體若干機 → GGG 尾刀的形式。
最終 BOSS 達蓋安會攜帶大批量產機登場。由於 SP 方面非常充裕，可考慮開場使用羈絆來給全員回覆 HP，當然也可以保留低 HP 高底力狀態進攻。約 2-3 回合後達蓋安就會開始進攻。HP 為 396000。BOSS HP 低於 30% 的時候會觸發劇情，氣力會降至 50，且不會回覆 HP，擊墜後進入結局。
第 51 話（If）？？？？？？？
初始：伯魯凱因改、神高達、Dann of Thursday、21 名選定
SR：2 回合內擊墜敵機 15 機以上
解說：整體基本流程和普通線路一致，擊墜 15 敵機後初期敵人就會撤退，法薩麗娜、米海爾攜帶敵軍登場，與普通線不同的是法薩麗娜每回合都會掛「愛」精神，且米海爾被擊墜的時候同樣也會掛愛，每回合都需要提前削掉必閃才能進攻。
擊敗米海爾和法薩麗娜後，勾爪男會隨帶 4 個巨型宗師高達登場，隨後流程與普通線一致，勾爪男半血後劇情，梵安會強制轉移到勾爪男身邊，且會出現梵安 300 氣力的場景。
工廠：讓艾爾多拉魂出擊。TacP 100
關卡獎勵：金塊 200,000
第 52 話（If）？？？？？
初始：23 名選定、神高達、魔神 Z
SR：5 回合以內完成關卡
解說：本關要消滅的 BOSS 有惡魔高達、阿修羅、布羅肯以及魔神 INFINITY，和普通線路關卡不同的是，本關若要保證 SR，則必須在限定回合內（失敗條件也有一定回合數超過）消滅 INFINITY，消滅總消耗回合數最多不能超過 2 回合。
將惡魔高達 HP 削至 50% 以下後，西側阿修羅和布羅肯等增援就會出現。將這批敵人全部消滅後 INFINITY 與機械獸登場。INIFINITY 的 HP 為 181700，與普通線路一樣，半血後出現全恢復滿血劇情，魔神 Z 追加武裝。此後擊墜 INFINITY 即可過關。
工廠：使用多蒙的攻擊令惡魔高達 HP 降至一半觸發劇情，再用多蒙擊墜惡魔高達。TacP 300。
關卡獎勵：超合金 New Z
第 53 話（If）？？？？？？？？？
初始：24 選定機體
SR：3 回合內擊墜柯文 & 史提卡和合體原種。
解說：整體流程與普通線路稍有不同，具體如下：
1、擊墜 10 敵機後，東北方向出現侵略者、西北方向出現合體原種；
2、柯文 & 史提卡和合體原種被擊墜後，東北方向會出現大批宇宙怪獸；
3、全滅敵軍或者是宇宙怪獸增援後的下一個回合，北方會出現 Z 主腦；
4、擊敗 Z 主腦後，機界新種在地圖東北方向出現；
5、擊墜機界新種後過關。
由於初期我軍配置採用的是分散形式，且地圖全範圍會出現宇宙怪獸，建議開場多清掃戰艦附近的敵軍。SR 所要求的目標由於與我方距離較遠，推薦儘快讓我方向東北、西北方向分批推進。
和普通線路一樣，Z 主腦在地圖上是一個閃光的色板，HP 296000，能力方面非常麻煩，建議儘快圍攻消滅，這裡同樣會出現全機體全恢復、氣力 300 的劇情，此後再將其打至 HP 0 即可擊墜。
與普通線路不同的是，機界新種會在這之後登場，和普通線路最終話一樣，戰鬥一次後強制撤退我方戰鬥隊員的特殊規則依舊會起作用，不過由於此時擊墜它之後即可過關，因此不需要考慮保留戰鬥力量，全部上前挨個揍一次即可，好在其 HP 也就 11 萬多，很容易打過。
工廠：無條件，TacP 500
最終話（If）？？？？？？？？？？？
初始：24 選定機體
解說：整個關卡採用的是前半後半雙戰場的形式，進入後半地圖會再度重新選擇出擊機體，由於前半和後半相當於兩個關卡，精神方面也會從最初狀態開始，因此前半部分不需要節約精神。但本話後半部分難度在近期機戰作品中（V、X）都屬於非常高難度的部分，需要做好心理準備。
整體基本流程如下：
1、前半地圖目標是擊墜伊法斯 Ω 和戰艦亞魯歐魯
2、進入後半地圖後，全員 SP 回覆，氣力最大的狀態下開戰
3、最終 BOSS HP 剩餘 30% 的時候會全恢復，並且還會出現另外一臺最終 BOSS 機體。
4、先擊敗 2 號機，再擊敗 1 號 BOSS 機即可過關。
和普通線路一樣，伊法斯 Ω 會最速向我方突進，且每回合 2 次行動 + 覺醒，因此儘快消滅他以防他搗亂，亞魯歐魯戰艦一定期間不會移動，只要不進入其攻擊範圍（10 格子）就可以安心清理雜兵。再專心全力攻擊亞魯歐魯即可過關前半部分。
後半部分地圖中，雖然沒有機界新種的特殊玩法，但這關有另外一個特殊規則 —— 本部分地圖每回合都會出現新的增援，且如果我方回合如果存在 30 機以上的敵機則會 Game over。如果要清理雜兵，會因為戰力分配不足而陷入困境，如果對 BOSS 戰力不足，增援越來越多又會 GG。因此從另外一個角度要求玩家速戰速決。
第二回合達蓋安就會開始進攻，HP 30% 以下會觸發劇情，HP 全恢復且新增達蓋安 2 號機，雙方 HP 均為 276000。前後合計需要有將近 60 萬以上的輸出才可以順利過關。要注意與通常路線不同的是，這裡沒有我方全恢復的劇情，因此難度非常大。注意掛好分析、圍攻等戰術，逐步給予有效打擊。