《超级机器人大战 T》和之前两作《机战 V》和《机战 X》一样，均在游戏尾声部分设置了通常结局路线和被称作「If 路线」的困难路线，要进入 If 路线，除了二周目无条件可以在 50 话结束时选择「就算艰难，也要积极作战」以外，一周目需要达成
1、过去的关卡中，主人公击坠原创 BOSS 机体；
2、ACE 超过 25 名
3、工厂 TacP 管理 Grade 为 6 级。
等条件即可选择「就算艰难，也要积极作战」进入 If。
不过一般情况下不建议练度和改造度不足的一周目直接进 If 挑战，建议在 2 周目的时候挑战，能够在剧情上和挑战难度上均符合玩家进度。
第 51 话（普）：燕尾服在明日舞动
初期：伯鲁凯因改、神高达、21 名选定
增援：Dann of Thursday
SR：3 回合内让勾爪男乘坐的机体在地图上登场
解说：本关的 SR 条件要求稍微特殊，从文字上看是让「勾爪男」乘坐的机体登场，但实际上要让他登场，需要轮番击坠恶魔高达、法萨丽娜、米海尔。然后才会出现。恶魔高达最初由蕾因驾驶，令其 HP 剩余一半后就会增加增援，我方梵安会增援登场，再消灭 3 个 BOSS 即可满足 SR 条件，让勾爪男登场。
若先击坠米海尔，法萨丽娜就会挂上「爱」，先用小攻击蹭掉必闪。
勾爪男会随带 4 个巨型宗师高达登场，勾爪男自带 2 次行动，大范围地图炮等，较为棘手。半血后剧情，梵安会强制转移到勾爪男身边，此处会出现梵安 300 气力的惊人场景，可以说是爆伤害的绝佳时机。
工厂：让艾尔多拉魂出击。TacP 100
关卡奖励：金块 200,000
第 52 话（普）：无限之光
初始：魔神 Z、23 名选定
SR：3 回合内击坠所有机械兽后，击坠阿修罗 P1、布罗肯 T9。
解说：击坠一定量的敌人后，东边会出现大量敌军增援，不过增援敌军不包含机械兽，因此不影响 SR。需要提醒的是如果在敌人行动期间导致敌军大量增援的话，我方战舰有可能会成为围攻的对象，需要注意。击坠阿修罗和布罗肯后，魔神 INFINITY 就会登场，困难难度下 HP 约 18万 1700。
30% 血后剧情，INFINITY 会全恢复，魔神 Z 追加新武装，此后再将 INFINITY 的 HP 削至 0 即可过关。
工厂：击坠 INFINITY 之前，先消灭了所有其他敌人。TacP 300
关卡奖励：超合金 New Z
第 53 话 死斗的未来
初始：24 名选定
SR：3 回合内击坠柯文 & 史提卡和合体原种。
解说：击坠敌军 10 机后，敌方会以左右夹击的形式围绕我方初期位置，在东侧出现侵略者、西侧出现合体原种。击坠两个 BOSS 后，东北方会接着出现大量的宇宙怪兽。
消灭将近 70 机以后，北侧中央会出现大型 BOSS —— Z 主脑，闪白色光的色板就是其本体，HP 合计有 296000，该 BOSS 有着 3 次移动、大范围地图炮，这个 BOSS 的地图炮形状较为特殊，不只是普通的半径 12 格子的发射方式，斜向 12 格子的我方队员也需要注意，不过当然如果能够快速解决这个 BOSS 是最佳。不过 BOSS 每回只会使用一次，因此不需要太过担心。
最麻烦的是 BOSS 会每回合开始的时候，特殊能力令周围 10 格子我方机体 EN 减少 20%、HP 回复等，更要求玩家快速解决。
造成一定伤害后，或者是拖一定回合的时间（已确认第六回合）会触发事件，包括 BOSS 在内的全部机体 HP/EN/弹药将全部回复，且我方驾驶员气力全部会到达 300。此后再击坠 Z 主脑即可过关。
工厂：击坠 Z 主脑前消灭所有其他杂兵。TacP 500
最终话（普）给地球未来，给战士祝福
初始：24 名选定
解说：整个关卡采用的是前半后半双战场的形式，进入后半地图会再度重新选择出击机体，由于前半和后半相当于两个关卡，精神方面也会从最初状态开始，因此前半部分不需要节约精神。
普通线路最终关的基本流程
1、前半地图目标是击坠伊法斯 Ω 和战舰亚鲁欧鲁
2、进入后半地图后，全员 SP 回复，与机界新种进行特殊规则的战斗
3、进入与最终 BOSS 军团的战斗
4、最终 BOSS 没有全恢复的剧情，中途我方 SP 全恢复，击破后结局。
前半部分：
伊法斯 Ω 会最速向我方突进，且每回合 2 次行动 + 觉醒，因此尽快消灭他以防他捣乱，亚鲁欧鲁战舰一定期间不会移动，只要不进入其攻击范围（10 格子）就可以安心清理杂兵。再专心全力攻击亚鲁欧鲁即可过关前半部分。
如果不是很在意继承资金、TacP 的话建议速战速决。
后半部分：
全驾驶员气力 + SP 最大值，但机体 HP 只有一半的情况下开战。此处与机界新种的战斗有特殊的规则，除了战舰和 GGG 以外，其他所有机体与机界新种战斗一次后会被强制撤退。注意的是撤退后的机体会有一定期间不能参与接下来的与敌方增援的战斗，建议采用尽量少的机体数量攻击机界新种，好在其 HP 也不多，约 3-4 机采用热血、魂等就可以击退。比较好的例子是采用阿尔卡迪亚号 → 二军机体若干机 → GGG 尾刀的形式。
最终 BOSS 达盖安会携带大批量产机登场。由于 SP 方面非常充裕，可考虑开场使用羁绊来给全员回复 HP，当然也可以保留低 HP 高底力状态进攻。约 2-3 回合后达盖安就会开始进攻。HP 为 396000。BOSS HP 低于 30% 的时候会触发剧情，气力会降至 50，且不会回复 HP，击坠后进入结局。
第 51 话（If）？？？？？？？
初始：伯鲁凯因改、神高达、Dann of Thursday、21 名选定
SR：2 回合内击坠敌机 15 机以上
解说：整体基本流程和普通线路一致，击坠 15 敌机后初期敌人就会撤退，法萨丽娜、米海尔携带敌军登场，与普通线不同的是法萨丽娜每回合都会挂「爱」精神，且米海尔被击坠的时候同样也会挂爱，每回合都需要提前削掉必闪才能进攻。
击败米海尔和法萨丽娜后，勾爪男会随带 4 个巨型宗师高达登场，随后流程与普通线一致，勾爪男半血后剧情，梵安会强制转移到勾爪男身边，且会出现梵安 300 气力的场景。
工厂：让艾尔多拉魂出击。TacP 100
关卡奖励：金块 200,000
第 52 话（If）？？？？？
初始：23 名选定、神高达、魔神 Z
SR：5 回合以内完成关卡
解说：本关要消灭的 BOSS 有恶魔高达、阿修罗、布罗肯以及魔神 INFINITY，和普通线路关卡不同的是，本关若要保证 SR，则必须在限定回合内（失败条件也有一定回合数超过）消灭 INFINITY，消灭总消耗回合数最多不能超过 2 回合。
将恶魔高达 HP 削至 50% 以下后，西侧阿修罗和布罗肯等增援就会出现。将这批敌人全部消灭后 INFINITY 与机械兽登场。INIFINITY 的 HP 为 181700，与普通线路一样，半血后出现全恢复满血剧情，魔神 Z 追加武装。此后击坠 INFINITY 即可过关。
工厂：使用多蒙的攻击令恶魔高达 HP 降至一半触发剧情，再用多蒙击坠恶魔高达。TacP 300。
关卡奖励：超合金 New Z
第 53 话（If）？？？？？？？？？
初始：24 选定机体
SR：3 回合内击坠柯文 & 史提卡和合体原种。
解说：整体流程与普通线路稍有不同，具体如下：
1、击坠 10 敌机后，东北方向出现侵略者、西北方向出现合体原种；
2、柯文 & 史提卡和合体原种被击坠后，东北方向会出现大批宇宙怪兽；
3、全灭敌军或者是宇宙怪兽增援后的下一个回合，北方会出现 Z 主脑；
4、击败 Z 主脑后，机界新种在地图东北方向出现；
5、击坠机界新种后过关。
由于初期我军配置采用的是分散形式，且地图全范围会出现宇宙怪兽，建议开场多清扫战舰附近的敌军。SR 所要求的目标由于与我方距离较远，推荐尽快让我方向东北、西北方向分批推进。
和普通线路一样，Z 主脑在地图上是一个闪光的色板，HP 296000，能力方面非常麻烦，建议尽快围攻消灭，这里同样会出现全机体全恢复、气力 300 的剧情，此后再将其打至 HP 0 即可击坠。
与普通线路不同的是，机界新种会在这之后登场，和普通线路最终话一样，战斗一次后强制撤退我方战斗队员的特殊规则依旧会起作用，不过由于此时击坠它之后即可过关，因此不需要考虑保留战斗力量，全部上前挨个揍一次即可，好在其 HP 也就 11 万多，很容易打过。
工厂：无条件，TacP 500
最终话（If）？？？？？？？？？？？
初始：24 选定机体
解说：整个关卡采用的是前半后半双战场的形式，进入后半地图会再度重新选择出击机体，由于前半和后半相当于两个关卡，精神方面也会从最初状态开始，因此前半部分不需要节约精神。但本话后半部分难度在近期机战作品中（V、X）都属于非常高难度的部分，需要做好心理准备。
整体基本流程如下：
1、前半地图目标是击坠伊法斯 Ω 和战舰亚鲁欧鲁
2、进入后半地图后，全员 SP 回复，气力最大的状态下开战
3、最终 BOSS HP 剩余 30% 的时候会全恢复，并且还会出现另外一台最终 BOSS 机体。
4、先击败 2 号机，再击败 1 号 BOSS 机即可过关。
和普通线路一样，伊法斯 Ω 会最速向我方突进，且每回合 2 次行动 + 觉醒，因此尽快消灭他以防他捣乱，亚鲁欧鲁战舰一定期间不会移动，只要不进入其攻击范围（10 格子）就可以安心清理杂兵。再专心全力攻击亚鲁欧鲁即可过关前半部分。
后半部分地图中，虽然没有机界新种的特殊玩法，但这关有另外一个特殊规则 —— 本部分地图每回合都会出现新的增援，且如果我方回合如果存在 30 机以上的敌机则会 Game over。如果要清理杂兵，会因为战力分配不足而陷入困境，如果对 BOSS 战力不足，增援越来越多又会 GG。因此从另外一个角度要求玩家速战速决。
第二回合达盖安就会开始进攻，HP 30% 以下会触发剧情，HP 全恢复且新增达盖安 2 号机，双方 HP 均为 276000。前后合计需要有将近 60 万以上的输出才可以顺利过关。要注意与通常路线不同的是，这里没有我方全恢复的剧情，因此难度非常大。注意挂好分析、围攻等战术，逐步给予有效打击。