《超級機器人大戰 T》在基礎的系統上除了在《V》、《X》中均有登場的 Ex 行動系統外，還新增了支援者指令的新系統，此外，本作中還保留了《V》、《X》中的 TAC 管理系統，相當於 V 中的工廠系統和 X 中的魔法自訂系統，副指令系統以及技能學習系統。下面一一介紹。
1、支援者指令
本作中，各參戰的機器人作品裡，不參加戰鬥的 NPC 角色可以為同所屬的機器人提供協助，就會出現「支援者」的指令，支援者指令使用後，機器人依舊可以進行行動。
使用支援者指令需要消耗 S-SP 點數，和精神有點類似，關卡開始的時候會以最大值一半的狀態開始，此後每回合上升 5 點。
支援者效果相對精神來說更為多種多樣，包括我方機體某數值上升效果、指定機師回覆 SP 效果、增加 ExC 行動點的效果又或者是資金上升效果等等。
2、TAC 管理系統
相當於 V 中的存在的工廠系統和 X 中的魔法自訂系統。利用 TacP 點數，玩家可以自定義戰場上永久生效的效果，這些效果合計分為 6 個等級，每個等級中玩家只能選取一種效果，但多周目遊戲後，玩家可以選擇剩餘的兩種效果。
Grade 1：300 PT
（1）TACP 加成：副指令中的訓練項目增加一名駕駛員（增加獲得的 Tac P量）
（2）雙重加成：副指令中的模擬戰和巡邏項目各增加一名駕駛員（增加擊墜數和駕駛員等級）
（3）資金加成：副指令中的資金調度增加一名駕駛員（增加資金）
推薦：1 周目情況下由於 Tac P 點數非常緊缺，資金相對比較充裕，推薦第一項。
Grade 2：600 PT
（1）SP 激發：每回合我方機師的 SP 回覆量由 5 提升至 8。
（2）修復激發：每回合我方機體的 HP 和 EN 回覆 10%，若有對應回覆能力的機體則相應的加上去。
（3）氣力激發：每回合我方機師氣力 +2。
推薦：根據玩家的玩法，1 周目若想挑戰全熟練度，建議選擇氣力提升或者 SP 提升，氣力提升對於關卡中盤提升傷害非常有用，修復提升由於會影響特殊技能「底力」「異能生存體」的發揮，因此不建議一週目使用，而 SP 回覆方面，不少關卡會限制在若干回合內完成，初始會要求玩家儘量使用加速精神來衝關，因此也可以考慮使用，但優先度次於氣力。
如果不挑戰全熟練度的玩家則建議修復提升，穩打穩紮非常合適，尤其是 EN 缺少的機體非常有用。
Grade 3：1200 PT
（1）傷害輔助：熱血、魂的 SP 消耗減少 15%
（2）目標輔助：感應、遇見的 SP 消耗減少 20%
（3）資金輔助：幸運、祝福的 SP 消耗減少 25%
推薦：一般情況下，普通難度對熱血、命中的要求都比較低，因此可以考慮採用增長金錢的資金輔助，但在高難度遊戲下，我方對敵人的命中率非常不可靠，因此建議在高難度的情況下優先採用目標輔助，但由於消耗的點數較大，不建議過早的使用。
Grade 4：2400 PT
（1）ExC 促進：ExC 上升至 3 的駕駛員，ExC +3，一次地圖僅限使用一次
（2）範圍促進：ExC 上升至 3 的機體，地圖武器和射程為 1 以外的武器最大射程 +1，ExC 下降後效果仍持續至關卡結束
（3）增速促進：ExC 上升至 3 的機體，移動力 +1，ExC 下降後效果仍持續至關卡結束
推薦：移動力和射程增加其實可以看做是完全相同的效果，但由於加速對地圖炮或者射程 1 的武器均有效，且本作機體大多數的移動能力均為 5，因此 1 周目優先使用增速促進。
Grade 5：3600 PT
（1）近戰提升：格鬥武器攻擊力 +300
（2）槍戰提升：射擊武器攻擊力 +300
（3）全範圍提升：格鬥、射擊攻擊力 +100
推薦：一週目情況根據玩家自身主打機體，來選擇比率最高的武器，例如超級系機器人主打的情況下格鬥武器加成是最好的，當然如果你還喜歡 ZZ 高達、撫子號 C 等強力地圖炮武器的情況下，建議使用全範圍提升。其他加成最好是 2 周目以後再行補充。
Grade 6：4800 pt
（1）SP 增加：出擊時我方駕駛員 SP +20；
（2）ExC增加：出擊時，我方駕駛員額外行動點 +1；
（3）氣力增加：出擊時，我方駕駛員氣力 +10
推薦：SP、ExC 和氣力都是與戰鬥息息相關的數值，但最直接影響戰鬥力的，還是氣力，推薦氣力增加，這樣一來很多要求速通的關卡就能讓玩家開場就能用各種大招，非常方便。此外，本作很多特殊能力、ACE 獎勵等都牽涉到非常高要求的氣力，儘快滿足這些特殊條件的發動，對戰局非常有利。
3、副指令系統
在關卡準備階段中，玩家可以通過副指令系統，指定機師參加並且獲得對應的獎勵，過去作品中副指令只能由未參加戰鬥的機師進行，但本作允許所有機師參與。
訓練：
參加人數 * 20 TacP
巡邏：
參加機師各增加 2 擊墜數
模擬戰：
參加機師獲得 500 經驗值
資金調度：
參加人數 * 5000 資金
特殊指令：
滿足一定條件後，玩家可以選擇特殊指令來對一名機師進行特殊訓練，特殊訓練能夠讓機師獲得更多的經驗值、提升更多的擊墜數以及格鬥、射擊、技量等數值的提升。
4、技能系統
這次《機戰 T》摒棄了 V、X 中登場的技能樹生產系統，而採用了傳統的機師單獨技能培養系統，玩家不需要再技能樹界面中按順序生產技能，而只需要在機師界面內就可以直接消耗 TacP 給機師生產技能，每名機師最多可以裝備 30 個不同的技能。