《超级机器人大战 T》在基础的系统上除了在《V》、《X》中均有登场的 Ex 行动系统外，还新增了支援者指令的新系统，此外，本作中还保留了《V》、《X》中的 TAC 管理系统，相当于 V 中的工厂系统和 X 中的魔法自订系统，副指令系统以及技能学习系统。下面一一介绍。
1、支援者指令
本作中，各参战的机器人作品里，不参加战斗的 NPC 角色可以为同所属的机器人提供协助，就会出现「支援者」的指令，支援者指令使用后，机器人依旧可以进行行动。
使用支援者指令需要消耗 S-SP 点数，和精神有点类似，关卡开始的时候会以最大值一半的状态开始，此后每回合上升 5 点。
支援者效果相对精神来说更为多种多样，包括我方机体某数值上升效果、指定机师回复 SP 效果、增加 ExC 行动点的效果又或者是资金上升效果等等。
2、TAC 管理系统
相当于 V 中的存在的工厂系统和 X 中的魔法自订系统。利用 TacP 点数，玩家可以自定义战场上永久生效的效果，这些效果合计分为 6 个等级，每个等级中玩家只能选取一种效果，但多周目游戏后，玩家可以选择剩余的两种效果。
Grade 1：300 PT
（1）TACP 加成：副指令中的训练项目增加一名驾驶员（增加获得的 Tac P量）
（2）双重加成：副指令中的模拟战和巡逻项目各增加一名驾驶员（增加击坠数和驾驶员等级）
（3）资金加成：副指令中的资金调度增加一名驾驶员（增加资金）
推荐：1 周目情况下由于 Tac P 点数非常紧缺，资金相对比较充裕，推荐第一项。
Grade 2：600 PT
（1）SP 激发：每回合我方机师的 SP 回复量由 5 提升至 8。
（2）修复激发：每回合我方机体的 HP 和 EN 回复 10%，若有对应回复能力的机体则相应的加上去。
（3）气力激发：每回合我方机师气力 +2。
推荐：根据玩家的玩法，1 周目若想挑战全熟练度，建议选择气力提升或者 SP 提升，气力提升对于关卡中盘提升伤害非常有用，修复提升由于会影响特殊技能「底力」「异能生存体」的发挥，因此不建议一周目使用，而 SP 回复方面，不少关卡会限制在若干回合内完成，初始会要求玩家尽量使用加速精神来冲关，因此也可以考虑使用，但优先度次于气力。
如果不挑战全熟练度的玩家则建议修复提升，稳打稳扎非常合适，尤其是 EN 缺少的机体非常有用。
Grade 3：1200 PT
（1）伤害辅助：热血、魂的 SP 消耗减少 15%
（2）目标辅助：感应、遇见的 SP 消耗减少 20%
（3）资金辅助：幸运、祝福的 SP 消耗减少 25%
推荐：一般情况下，普通难度对热血、命中的要求都比较低，因此可以考虑采用增长金钱的资金辅助，但在高难度游戏下，我方对敌人的命中率非常不可靠，因此建议在高难度的情况下优先采用目标辅助，但由于消耗的点数较大，不建议过早的使用。
Grade 4：2400 PT
（1）ExC 促进：ExC 上升至 3 的驾驶员，ExC +3，一次地图仅限使用一次
（2）范围促进：ExC 上升至 3 的机体，地图武器和射程为 1 以外的武器最大射程 +1，ExC 下降后效果仍持续至关卡结束
（3）增速促进：ExC 上升至 3 的机体，移动力 +1，ExC 下降后效果仍持续至关卡结束
推荐：移动力和射程增加其实可以看做是完全相同的效果，但由于加速对地图炮或者射程 1 的武器均有效，且本作机体大多数的移动能力均为 5，因此 1 周目优先使用增速促进。
Grade 5：3600 PT
（1）近战提升：格斗武器攻击力 +300
（2）枪战提升：射击武器攻击力 +300
（3）全范围提升：格斗、射击攻击力 +100
推荐：一周目情况根据玩家自身主打机体，来选择比率最高的武器，例如超级系机器人主打的情况下格斗武器加成是最好的，当然如果你还喜欢 ZZ 高达、抚子号 C 等强力地图炮武器的情况下，建议使用全范围提升。其他加成最好是 2 周目以后再行补充。
Grade 6：4800 pt
（1）SP 增加：出击时我方驾驶员 SP +20；
（2）ExC增加：出击时，我方驾驶员额外行动点 +1；
（3）气力增加：出击时，我方驾驶员气力 +10
推荐：SP、ExC 和气力都是与战斗息息相关的数值，但最直接影响战斗力的，还是气力，推荐气力增加，这样一来很多要求速通的关卡就能让玩家开场就能用各种大招，非常方便。此外，本作很多特殊能力、ACE 奖励等都牵涉到非常高要求的气力，尽快满足这些特殊条件的发动，对战局非常有利。
3、副指令系统
在关卡准备阶段中，玩家可以通过副指令系统，指定机师参加并且获得对应的奖励，过去作品中副指令只能由未参加战斗的机师进行，但本作允许所有机师参与。
训练：
参加人数 * 20 TacP
巡逻：
参加机师各增加 2 击坠数
模拟战：
参加机师获得 500 经验值
资金调度：
参加人数 * 5000 资金
特殊指令：
满足一定条件后，玩家可以选择特殊指令来对一名机师进行特殊训练，特殊训练能够让机师获得更多的经验值、提升更多的击坠数以及格斗、射击、技量等数值的提升。
4、技能系统
这次《机战 T》摒弃了 V、X 中登场的技能树生产系统，而采用了传统的机师单独技能培养系统，玩家不需要再技能树界面中按顺序生产技能，而只需要在机师界面内就可以直接消耗 TacP 给机师生产技能，每名机师最多可以装备 30 个不同的技能。