下面為大家帶來《洛克人 ZERO/ZX 雙英雄合集》中，《洛克人 ZERO3》的隱藏要素以及達成的攻略方法。部分隱藏要素不涉及本作的成就及獎盃收集，僅作為收集要素，獎盃要素會另外講解。
1、困難模式
至少通關一次後，按住L按鍵（PS系按L1）選擇新遊戲就會進入困難模式。
困難模式中ZERO的身體固定為黑色，無法使用蓄力招式、三連斬，此外無法獲得EX技能、不能使用電子精靈，除了與幻影對戰的電子空間以外，其他區域無法進入電子空間。
2、究極模式
獲得所有的秘密磁碟後通關狀態下按住R選擇新遊戲時可進入究極模式。
究極模式情況下ZERO的身為和赤紅色，可以使用撮招式直接發出蓄力攻擊，並且默認使用了所有的融合型精靈，但不會扣分。此外還默認擁有所有的血罐及秘密磁碟。
3、迷你遊戲
完成以下條件可進行特定的迷你遊戲
ZERO：通關一次
雪兒：任意難度模式最終以S評價通關
複製X：困難難度通關
賢將：任意難度模式只使用光劍通關
幻影：任意難度模式只使用槍通關
鬥將、妖將：任意難度模式全關卡平均得分100分的情況下通關。
4、獲得所有身體芯片（獎盃）
合計5種身體芯片，均為主線任務中BOSS掉落。
5、斬斷Blazin Flizard的尾部（獎盃）
第二關任務的BOSS跳到其背後使用斬系武器（包括迴旋盾）即可達成，但是根據情況可能會出現令戰鬥難度提升的現象。
6、在電子空間內打倒Phantom（獎盃）
Phantom會出現在遊戲末期「アンダー・アルカディア」區域的電子空間內盡頭，同時涉及到一個精靈的收集。