下面为大家带来《洛克人 ZERO/ZX 双英雄合集》中，《洛克人 ZERO3》的隐藏要素以及达成的攻略方法。部分隐藏要素不涉及本作的成就及奖杯收集，仅作为收集要素，奖杯要素会另外讲解。
1、困难模式
至少通关一次后，按住L按键（PS系按L1）选择新游戏就会进入困难模式。
困难模式中ZERO的身体固定为黑色，无法使用蓄力招式、三连斩，此外无法获得EX技能、不能使用电子精灵，除了与幻影对战的电子空间以外，其他区域无法进入电子空间。
2、究极模式
获得所有的秘密磁碟后通关状态下按住R选择新游戏时可进入究极模式。
究极模式情况下ZERO的身为和赤红色，可以使用撮招式直接发出蓄力攻击，并且默认使用了所有的融合型精灵，但不会扣分。此外还默认拥有所有的血罐及秘密磁碟。
3、迷你游戏
完成以下条件可进行特定的迷你游戏
ZERO：通关一次
雪儿：任意难度模式最终以S评价通关
复制X：困难难度通关
贤将：任意难度模式只使用光剑通关
幻影：任意难度模式只使用枪通关
斗将、妖将：任意难度模式全关卡平均得分100分的情况下通关。
4、获得所有身体芯片（奖杯）
合计5种身体芯片，均为主线任务中BOSS掉落。
5、斩断Blazin Flizard的尾部（奖杯）
第二关任务的BOSS跳到其背后使用斩系武器（包括回旋盾）即可达成，但是根据情况可能会出现令战斗难度提升的现象。
6、在电子空间内打倒Phantom（奖杯）
Phantom会出现在游戏末期「アンダー・アルカディア」区域的电子空间内尽头，同时涉及到一个精灵的收集。