在《洛克人ZERO3》中只要收集獲得全部秘密磁盤後再LAB.查閱磁盤就能獲得部分裝甲裝備和全精靈
本作磁盤分佈還是非常簡單明確的，除了基地本部含有20個磁盤之外，其他關卡內各分部10個磁盤，總共180個磁盤
序關
007 內部三層的一個箱子裡
024 剛開始一個懸崖下面
037 剛進內部的一個平臺上
050 內部二層,兩塊落起來的冰不要打掉,用那個跳上來
101 內部三層往上通道的一個平臺上
111 內部三層往上通道的一個箱子裡
133 打冰壘敵人掉落
140 打雪地跳出的敵人掉落
156 打藍色蝙蝠掉落
158 打綠色飛行機掉落
基地本部
023 火箭工場關後與基地二層右邊02D房間的人對話,按1-1-2-2的順序選擇
044 打完最後四個關卡後到基地第四層的ROOM裡和圓臉大媽對話兩次獲得
058 和基地五層右邊炮塔上的人對話
092 隨便通關一次後四層最右LAB.實驗室裡的人對話兩次（對話選"話をする"）,第一次選1
099 基地三層03D房間裡
106 基地頂樓左邊炮塔的左邊
107 火箭工場關後與基地三層左邊老頭對話。按1-1-2-2-2-1-1的順序選擇
116 火箭工場關後與四層最右CIEL精靈研究室裡的女孩對話2次,選第一項
165 四層最右CIEL精靈研究室裡
166 四層最右LAB.實驗室裡
167 四層右邊ROOM裡的圓臉大媽對話兩次
168 基地二層左邊大房間裡
169 火箭工場關後與基地二層左邊胖子對話,選第一項
170 四層右邊ROOM裡
171 基地一層左邊1F-A房間裡
172 基地一層右邊1F-B房間裡
173 打過エリアX－2後與基地四層最左邊陽臺的人對話,按1-2-1-2的順序選擇
174 打完COPY-X後基地四層LAB.前的老任對話兩次
175 和基地一層最右邊戶外前的男孩對話兩次,第二次對話選1,再選2
176 基地四層左邊的ROOM裡
火蜥蜴關
008 第三場景上方岩漿前，陀螺旁的箱子
026 剛進內部，第一個炮臺後面黃色飛行敵人上方，用反衝拐蓄力上去
047 岩漿踏板，右上尖刺平臺上
072 內部第三場景（計時房間後），第一個帶盾噴火器前的箱子
073 內部第二場景第一個盾帶噴火器下面平臺，用反衝拐推動右邊箱子2次，到第三場景踩上箱子爬牆上去獲得
102 剛進內部,第一個炮臺左邊的箱子裡
114 內部第二場景，剛開始地方有向下的梯子，用拐蓄力推開上方箱子
141 岩漿中跳出的紅蜘蛛
146 內部第二場景帶盾噴火器
152 倒計時房間裡打到房間敵人掉落
冰兔關
005 任務開始第一個口下水，左邊反衝拐破壞牆壁獲得
009 第一個踩踏按鈕前斜坡最上方
049 中BOSS後第二個場景第一個上方帶刺的平臺上，第三個踩踏按鈕前
059 第一個踩踏按扭後冰塊製造器右上平臺的箱子
075 進入深水處第一個懸崖下來
079 中BOSS掉落
113 第踩踏四個按扭前，很多魚區域的坑後的箱子裡
159 打魚掉落
160 打貝殼掉落
161 打冰塊製造器掉落
蝙蝠關
012 第三個錘子右下的箱子裡
052 打老鼠窩掉落
053 BOSS前廢物堆上的左牆角箱子裡
084 往下前進的傳送帶區域下層左邊的平臺上
093 中BOSS掉落
100 第一個老鼠窩後面
104 第四個錘子右邊
115 第三個錘子處,用反衝拐蓄力打錘子會敲開頂上牆壁開路
131 打廢物堆掉落
147 打老鼠掉落
螳螂關
001 第一個房間右上被樹根遮擋的門裡，火屬性燒掉樹進去
013 第一個柱子上炮彈前的懸崖下去
028 中BOSS後第二個花前的箱子
039 任務開始第一個按上可進入的房間裡,用反衝拐蓄力打碎石頭,最裡面的箱子裡
048 中BOSS後第二朵花前方爬牆上去繼續前進的房間裡，往左滑牆下去
067 中BOSS掉落
074 第一個花敵人上去的第四個門房間裡,燒掉房間裡的蘑菇
112 第一個花狀敵人後,前面地面可用反衝拐破壞到達下層房間裡
135 打柱子上炮彈掉落
145 打花掉落
前四個BOSS打完後進入的火箭工廠關
021 進入火箭前，做後巨型半圓機器地方左上方上去的箱子
030 三層左上平臺
055 第二層傳送帶最左邊
057 任務開始上二層最左邊,跳過尖刺地帶
090 第二層傳送帶上的平臺上
098 巨型半圓機器飛出的敵人
117 第二層傳送帶上去炮臺前箱子
127 打電擊棒敵人掉落
138 打巨型半圓機器掉落
139 打監視器掉落
沙漠法老關
022 中BOSS後電子精靈門正上方位置，反衝拐蓄力向地面攻擊跳上去
031 中BOSS後的一個平臺上
065 打綠色飛機掉落
085 中BOSS前的箱子裡
089 中BOSS掉落
091 打土裡跳出的紅色敵人掉落
105 第一個綠色飛機後的平臺上
118 第一個綠色飛機後的平臺上
153 炸彈球爆炸掉落
154 中BOSS後空中降落紫色飛行的敵人掉落
火猴關
002 進門前上方被樹葉蓋住的缺口裡
014 踩下比較深的機關處，利用移動的石塊到右上方的箱子裡（到達箱子處有兩個）
040 BOSS門前的石塊下面，反衝拐破壞
063 任務開始頭頂被葉子遮住的地方，前方第一棵樹上去獲得
071 遺蹟裡第三個機關後
076 108圖鑑位置下一個機關點正上方高處，踩下機關讓石頭下來反衝拐上去
108 用反衝拐把石頭推到刺中間跳過去獲得
119 踩下014圖鑑下的機關迅速通過裡面
134 打遺蹟內牆壁上的綠色炮臺掉落
157 打蜜蜂掉落
冰鹿關
015 上方陸地路線到達內部第2個冰炮後的箱子
032 內部門前上方平臺上
035 內部第二區三層上
066 下水後不往水深處走，前方上方有地面，用反衝拐上去塔上獲得
068 120圖鑑後上去路的區域裡
109 上方陸地路線到達內部第一個冰炮左上方上
120 內部第二區第二個炮臺前的箱子裡
128 打水中黃色機器人掉落
132 打黃色飛行炮臺掉落
136 內部第二區的炮臺掉落
COPY-X關
034 紅外線區域，監視器前的箱子裡
042 往上前行的尖刺區域左上平臺第一個箱子裡
061 BOSS門前左邊尖刺區域上方
062 尖刺地帶中途的一個上方平臺上
069 BOSS門前左邊尖刺區域下方
070 往上前行的尖刺區域左上第二個有藍色盔甲炮臺平臺上，電子精靈門旁
077 往上前行的尖刺區域最上平臺上
110 任務開始第三個監視器後面的平臺上
121 第四個監視器下面的箱子裡
137 打藍色盔甲炮臺
火狐關
004 BOSS門前鋼板區域的左上角
056 第一個電子精靈門右邊，第二個電樁左邊箱子裡
064 連續跳鋼筋處的左上角
078 第二個發電樁後電線搖動左邊缺口裡
082 上梯區後第一個箱子
095 第一個帶盾噴火器右上方尖刺上
124 上梯區右邊
149 中BOSS掉落
150 打電線掉落
155 打飛蛾掉落
冰西瓜關
003 第三次換劃板處,雪堆的箱子裡
025 上層雪道的一個分段的地方
029 上層雪道上
046 中BOSS左側吐出的雪球掉落
060 中BOSS掉落
086 BOSS前上層滑雪道上
103 025圖鑑下層學到錢一個懸崖下雪堆裡工具箱子獲得
123 中BOSS後有上層雪道開始地方的箱子
130 打滑雪板上的綠色胖敵人掉落
162 打盔甲戰車掉落
電鰻關
010 電鰻關任務必定會獲得，不然到達不到BOSS面前打BOSS
016 ダークエルフ-電鰻關任務必定會獲得，不然到達不到BOSS面前打BOSS
017 オメガ-電鰻關任務必定會獲得，不然到達不到BOSS面前打BOSS
018 ヨウセイ戦爭-電鰻關任務必定會獲得，不然到達不到BOSS面前打BOSS
033 043圖鑑前方階梯上（最後一個帶電的背景電線前方）
043 最後一個帶電的背景電線的水裡的箱子
051 單獨的刺龜的水裡
094 帶電水面結束地區，刺龜水下的箱子裡
096 第一個門前的平臺上
125 任務開始前方水面三隻刺龜右上平臺上
鋼狗關
027 中BOSS門前右邊牆壁反衝拐破壞進入箱子裡
041 任務開始，電擊棒敵人頭上高處，需要使用反衝拐打到敵人墊腳彈上去
045 任務開始原地頭上高處有個梯子上方獲得，引敵人到這個位置用反衝拐打到敵人墊腳配合二段跳彈上去
054 還沒往下前進前區域最右上方高處
080 兩個電擊棒敵人上方箱子裡
088 中BOSS掉落
122 往下有浮動炸彈區域平臺上的箱子
129 電梯下降區中BOSS消滅後出現的重拳敵人掉落
144 電梯下降區打綠色前後前進動作的炮臺敵人掉落
148 電梯下降區打綠色帶盾錘子的敵人掉落
アンダー·アルカディア
006 下行階段進入電子精靈空間，進入尖刺區域左上房間的傳送門打敗隱將獲得
036 剛到下行區左邊平臺上
038 尖刺地帶左上的房間裡
081 剛到尖刺區域,右邊牆的缺口裡
083 第二區下行階段的箱子
087 門後第二個區路上的箱子裡
142 打天花板的黃色蜘蛛掉落
143 打橙色三腳的敵人掉落
163 打藍色上下顛倒敵人掉落
180 尖刺地帶左下的一個臺子上
終關
011 第二次四大BOSS後下行的箱子裡
019 紅外線通道中的箱子裡
020 紅外線通道後下行的箱子裡
097 任務開始第一個箱子裡
126 打藍色槍炮敵人掉落
151 第一個四大BOSS後房間出來監視器下的箱子
164 上行區前的箱子裡
177 第一個刺地區域後的左上方平臺高處
178 下行地區紅外線隔絕的平臺上
179 第二次四大BOSS後的箱子裡