在《洛克人ZERO3》中只要收集获得全部秘密磁盘后再LAB.查阅磁盘就能获得部分装甲装备和全精灵
本作磁盘分布还是非常简单明确的，除了基地本部含有20个磁盘之外，其他关卡内各分部10个磁盘，总共180个磁盘
序关
007 内部三层的一个箱子里
024 刚开始一个悬崖下面
037 刚进内部的一个平台上
050 内部二层,两块落起来的冰不要打掉,用那个跳上来
101 内部三层往上通道的一个平台上
111 内部三层往上通道的一个箱子里
133 打冰垒敌人掉落
140 打雪地跳出的敌人掉落
156 打蓝色蝙蝠掉落
158 打绿色飞行机掉落
基地本部
023 火箭工场关后与基地二层右边02D房间的人对话,按1-1-2-2的顺序选择
044 打完最后四个关卡后到基地第四层的ROOM里和圆脸大妈对话两次获得
058 和基地五层右边炮塔上的人对话
092 随便通关一次后四层最右LAB.实验室里的人对话两次（对话选"話をする"）,第一次选1
099 基地三层03D房间里
106 基地顶楼左边炮塔的左边
107 火箭工场关后与基地三层左边老头对话。按1-1-2-2-2-1-1的顺序选择
116 火箭工场关后与四层最右CIEL精灵研究室里的女孩对话2次,选第一项
165 四层最右CIEL精灵研究室里
166 四层最右LAB.实验室里
167 四层右边ROOM里的圆脸大妈对话两次
168 基地二层左边大房间里
169 火箭工场关后与基地二层左边胖子对话,选第一项
170 四层右边ROOM里
171 基地一层左边1F-A房间里
172 基地一层右边1F-B房间里
173 打过エリアX－2后与基地四层最左边阳台的人对话,按1-2-1-2的顺序选择
174 打完COPY-X后基地四层LAB.前的老任对话两次
175 和基地一层最右边户外前的男孩对话两次,第二次对话选1,再选2
176 基地四层左边的ROOM里
火蜥蜴关
008 第三场景上方岩浆前，陀螺旁的箱子
026 刚进内部，第一个炮台后面黄色飞行敌人上方，用反冲拐蓄力上去
047 岩浆踏板，右上尖刺平台上
072 内部第三场景（计时房间后），第一个带盾喷火器前的箱子
073 内部第二场景第一个盾带喷火器下面平台，用反冲拐推动右边箱子2次，到第三场景踩上箱子爬墙上去获得
102 刚进内部,第一个炮台左边的箱子里
114 内部第二场景，刚开始地方有向下的梯子，用拐蓄力推开上方箱子
141 岩浆中跳出的红蜘蛛
146 内部第二场景带盾喷火器
152 倒计时房间里打到房间敌人掉落
冰兔关
005 任务开始第一个口下水，左边反冲拐破坏墙壁获得
009 第一个踩踏按钮前斜坡最上方
049 中BOSS后第二个场景第一个上方带刺的平台上，第三个踩踏按钮前
059 第一个踩踏按扭后冰块制造器右上平台的箱子
075 进入深水处第一个悬崖下来
079 中BOSS掉落
113 第踩踏四个按扭前，很多鱼区域的坑后的箱子里
159 打鱼掉落
160 打贝壳掉落
161 打冰块制造器掉落
蝙蝠关
012 第三个锤子右下的箱子里
052 打老鼠窝掉落
053 BOSS前废物堆上的左墙角箱子里
084 往下前进的传送带区域下层左边的平台上
093 中BOSS掉落
100 第一个老鼠窝后面
104 第四个锤子右边
115 第三个锤子处,用反冲拐蓄力打锤子会敲开顶上墙壁开路
131 打废物堆掉落
147 打老鼠掉落
螳螂关
001 第一个房间右上被树根遮挡的门里，火属性烧掉树进去
013 第一个柱子上炮弹前的悬崖下去
028 中BOSS后第二个花前的箱子
039 任务开始第一个按上可进入的房间里,用反冲拐蓄力打碎石头,最里面的箱子里
048 中BOSS后第二朵花前方爬墙上去继续前进的房间里，往左滑墙下去
067 中BOSS掉落
074 第一个花敌人上去的第四个门房间里,烧掉房间里的蘑菇
112 第一个花状敌人后,前面地面可用反冲拐破坏到达下层房间里
135 打柱子上炮弹掉落
145 打花掉落
前四个BOSS打完后进入的火箭工厂关
021 进入火箭前，做后巨型半圆机器地方左上方上去的箱子
030 三层左上平台
055 第二层传送带最左边
057 任务开始上二层最左边,跳过尖刺地带
090 第二层传送带上的平台上
098 巨型半圆机器飞出的敌人
117 第二层传送带上去炮台前箱子
127 打电击棒敌人掉落
138 打巨型半圆机器掉落
139 打监视器掉落
沙漠法老关
022 中BOSS后电子精灵门正上方位置，反冲拐蓄力向地面攻击跳上去
031 中BOSS后的一个平台上
065 打绿色飞机掉落
085 中BOSS前的箱子里
089 中BOSS掉落
091 打土里跳出的红色敌人掉落
105 第一个绿色飞机后的平台上
118 第一个绿色飞机后的平台上
153 炸弹球爆炸掉落
154 中BOSS后空中降落紫色飞行的敌人掉落
火猴关
002 进门前上方被树叶盖住的缺口里
014 踩下比较深的机关处，利用移动的石块到右上方的箱子里（到达箱子处有两个）
040 BOSS门前的石块下面，反冲拐破坏
063 任务开始头顶被叶子遮住的地方，前方第一棵树上去获得
071 遗迹里第三个机关后
076 108图鉴位置下一个机关点正上方高处，踩下机关让石头下来反冲拐上去
108 用反冲拐把石头推到刺中间跳过去获得
119 踩下014图鉴下的机关迅速通过里面
134 打遗迹内墙壁上的绿色炮台掉落
157 打蜜蜂掉落
冰鹿关
015 上方陆地路线到达内部第2个冰炮后的箱子
032 内部门前上方平台上
035 内部第二区三层上
066 下水后不往水深处走，前方上方有地面，用反冲拐上去塔上获得
068 120图鉴后上去路的区域里
109 上方陆地路线到达内部第一个冰炮左上方上
120 内部第二区第二个炮台前的箱子里
128 打水中黄色机器人掉落
132 打黄色飞行炮台掉落
136 内部第二区的炮台掉落
COPY-X关
034 红外线区域，监视器前的箱子里
042 往上前行的尖刺区域左上平台第一个箱子里
061 BOSS门前左边尖刺区域上方
062 尖刺地带中途的一个上方平台上
069 BOSS门前左边尖刺区域下方
070 往上前行的尖刺区域左上第二个有蓝色盔甲炮台平台上，电子精灵门旁
077 往上前行的尖刺区域最上平台上
110 任务开始第三个监视器后面的平台上
121 第四个监视器下面的箱子里
137 打蓝色盔甲炮台
火狐关
004 BOSS门前钢板区域的左上角
056 第一个电子精灵门右边，第二个电桩左边箱子里
064 连续跳钢筋处的左上角
078 第二个发电桩后电线摇动左边缺口里
082 上梯区后第一个箱子
095 第一个带盾喷火器右上方尖刺上
124 上梯区右边
149 中BOSS掉落
150 打电线掉落
155 打飞蛾掉落
冰西瓜关
003 第三次换划板处,雪堆的箱子里
025 上层雪道的一个分段的地方
029 上层雪道上
046 中BOSS左侧吐出的雪球掉落
060 中BOSS掉落
086 BOSS前上层滑雪道上
103 025图鉴下层学到钱一个悬崖下雪堆里工具箱子获得
123 中BOSS后有上层雪道开始地方的箱子
130 打滑雪板上的绿色胖敌人掉落
162 打盔甲战车掉落
电鳗关
010 电鳗关任务必定会获得，不然到达不到BOSS面前打BOSS
016 ダークエルフ-电鳗关任务必定会获得，不然到达不到BOSS面前打BOSS
017 オメガ-电鳗关任务必定会获得，不然到达不到BOSS面前打BOSS
018 ヨウセイ戦争-电鳗关任务必定会获得，不然到达不到BOSS面前打BOSS
033 043图鉴前方阶梯上（最后一个带电的背景电线前方）
043 最后一个带电的背景电线的水里的箱子
051 单独的刺龟的水里
094 带电水面结束地区，刺龟水下的箱子里
096 第一个门前的平台上
125 任务开始前方水面三只刺龟右上平台上
钢狗关
027 中BOSS门前右边墙壁反冲拐破坏进入箱子里
041 任务开始，电击棒敌人头上高处，需要使用反冲拐打到敌人垫脚弹上去
045 任务开始原地头上高处有个梯子上方获得，引敌人到这个位置用反冲拐打到敌人垫脚配合二段跳弹上去
054 还没往下前进前区域最右上方高处
080 两个电击棒敌人上方箱子里
088 中BOSS掉落
122 往下有浮动炸弹区域平台上的箱子
129 电梯下降区中BOSS消灭后出现的重拳敌人掉落
144 电梯下降区打绿色前后前进动作的炮台敌人掉落
148 电梯下降区打绿色带盾锤子的敌人掉落
アンダー·アルカディア
006 下行阶段进入电子精灵空间，进入尖刺区域左上房间的传送门打败隐将获得
036 刚到下行区左边平台上
038 尖刺地带左上的房间里
081 刚到尖刺区域,右边墙的缺口里
083 第二区下行阶段的箱子
087 门后第二个区路上的箱子里
142 打天花板的黄色蜘蛛掉落
143 打橙色三脚的敌人掉落
163 打蓝色上下颠倒敌人掉落
180 尖刺地带左下的一个台子上
终关
011 第二次四大BOSS后下行的箱子里
019 红外线通道中的箱子里
020 红外线通道后下行的箱子里
097 任务开始第一个箱子里
126 打蓝色枪炮敌人掉落
151 第一个四大BOSS后房间出来监视器下的箱子
164 上行区前的箱子里
177 第一个刺地区域后的左上方平台高处
178 下行地区红外线隔绝的平台上
179 第二次四大BOSS后的箱子里