在這次硬派戰棋類遊戲作品《聖女戰旗》之中，採用了類似火紋的兵種剋制系統，玩家在初期幾章的戰鬥中需要熟悉兵種剋制順序，遊戲中的兵種剋制順序為輕步兵（人跪蹲狀態的標誌）→線列步兵（兩把步槍標誌）→龍騎兵（頭盔標誌）→輕騎兵（馬鞍標誌），炮兵部隊則具有遠程射擊能力，軍樂隊則有輔助能力。
序章 瓦雷納的夜晚
勝利條件：消滅全部敵軍，找出搭乘馬車的王室成員
失敗條件：拉法耶特戰敗或超過 14 回合
本關為教學關卡，操作拉法耶特擊敗敵方兩個火槍部隊並且按提示進入黃色區域即可過關。
第一章 土倫的炮聲
勝利：波利娜、勒克萊爾到達目標區域
失敗：勒克萊爾戰敗
戰場分為兩個區域，波利娜一邊主要進行道具收集而沒有戰鬥，勒克萊爾則需要單軍作戰，不過在這次戰鬥中處於兵種優勢，因此進行一次道具恢復即可順利到達目標區域。留意波利娜在行進的途中會見到地面上的破損軍帽、鳶尾花籃、破損軍旗等各種經費道具。
第二章 土倫的聖女
勝利：我方成員到達目標區域
失敗：波利娜戰敗
在這次戰役中，敵軍基本上不會移動，依靠我方後援炮擊加上羅絲的炮擊能力，先操作羅絲利用其炮擊長射程的特色，再使用波利娜尾刀可為波利娜提供經驗值。敵方部隊數目雖然較多，但後援炮擊能消滅大半，採用羅絲 + 波利娜的戰鬥方式可輕鬆推進。
其他：
目前在杜伊勒裡宮可進行道具買賣。
第三章 嶄露頭角
勝利：全滅敵軍
失敗：波利娜戰敗、我方 2 人以上戰敗
第三回合炮兵部隊波萊特會在東南方向支援，但初期她無法進行攻擊，需要前往身邊的閃光處（補給點）獲得炮彈後才可進行進攻。初期我方部隊若有一個單位（繆拉）過於前進會遭到圍攻，可前往地圖上的柴火營地處停留，每回合可恢復 10 點生命。注意敵軍 BOSS 旁邊有一個炮兵部隊，可嘗試進入草叢地形中先消滅其他雜兵，若捱到炮兵射擊可先退回篝火處恢復生命值再行出擊。
第四章 黃昏的女騎士
派別任務：委派作戰：進攻
由於一個我方隊伍也不容許損失，因此這個分支戰役難度較高，注意敵軍的輕步兵有兩格射程武器，利用炮兵遠程削血近戰清理第一排後，我方可前往下層的篝火處進行一波補給，再採用繆拉的騎兵推進，可減少損失一波清理掉輕步兵。在這個戰役中，敵軍 AI 被設計成主要圍攻我方的拉納，面對最後高地的敵軍，可利用拉納的技能勇氣，上前吸引三次火力，再利用波萊特勇氣攻擊配合繆拉騎兵對輕步兵的優勢，清理掉雜兵後再進攻 BOSS 單位。
BOSS 單位由於射程為 2 且不會移動，可用炮兵單位先削血，再集中火力消滅，但注意波萊特、繆拉對其傷害只有 50%。
主線任務
勝利：全滅敵軍
失敗：波利娜或者歐斯卡戰敗
初期戰術中，需要注意歐斯卡需要優先前往東北戰利品處獲得國王衛隊配劍，單挑敵方追擊過來的龍騎兵和輕騎兵部隊，避免突進與我方匯合，而我方波利娜則應該提前從指令「道具」中提前裝備好普通的滑膛槍（較為容易追擊龍騎兵部隊），派遣繆拉前往西邊清理偷襲部隊，剩餘四名成員在花田內利用地形優勢優先殲滅襲來的龍騎兵，注意分配好戰鬥力，儘量保持在兩個回合內消滅三個龍騎兵，否則愛梅將很難保全性命。
第三回合天氣變為雨天，並且營地上的篝火會消失，不過第二回合在篝火旁邊待機的部隊依舊會獲得 10 點的生命值回覆，可提前讓迪昂佔領攻擊龍騎兵並抵擋敵方步兵的攻擊。
第五回合雷奧諾拉撤退，天氣並且恢復正常，可讓我方受傷單位前往篝火處恢復。第六回合敵方會增援兩個步槍部隊，我方則可待在柵欄附近，讓敵方 BOSS 單位進入我方移動射程範圍內，利用步槍兵種剋制加英勇攻擊的效果消滅他。
其他：
劇情後解鎖雜貨店，可購買回複道具
第五章 重重防設
勝利：擊敗對方兩名指揮官
失敗：波利娜戰敗、我方 2 人以上戰敗
挑戰：8 回合內過關
本關有兩種攻略方法，一種是直接通過進攻正門儘快消滅兩個 BOSS 即可，另外一種則是通過西邊的缺口逐步突進，由於本關內的挑戰目標為 8 回合完成關卡，因此如果以穩打穩紮的形式向西邊缺口進軍雖然會非常穩，但由於西邊樹林只允許一個部隊通過，因此絕對會超過 8 回合，不過好處在於可以獲得地圖南邊的寶箱。因此根據自己的實力，玩家可選擇放棄挑戰目標而採用穩打穩紮的形式。
1、穩攻戰術：我方在房屋正門外出擊，東邊有兩個輕騎部隊，西邊樹林外則是 3 個龍騎兵部隊。如果採用穩打穩紮的方式，建議派龍騎兵部隊向東剿滅兩個輕騎，派輕步兵在西邊樹林外的草地中利用地形加成並引誘龍騎兵過來以地形優勢剿滅龍騎兵。此後獲得南邊的寶箱後，逐步消滅外層的兩個步兵部隊。進入柵欄內篝火處可進行休整並優先殲滅炮兵部隊後，順勢消滅敵軍即可。
2、正門突進戰術：正門有 4 格耐久度，最快攻破採用炮兵部隊波萊特、主人公波利娜 2 格射程再加上任意近戰單位 2 次攻擊，即可一回合內擊破正門，正門突破後有兩種情況，第一種是可以留一格耐久度，下一回合用一次近戰突破正門後，其他單位快速進入消滅敵方炮兵部隊；第二種是考慮到我方部隊移動力射程問題，一回合內突擊正門後，等待敵方上門。
由於門外還有兩邊部隊夾擊，建議派一個龍騎兵第一回合內就去東邊壓制輕騎兵部隊，而西邊龍騎兵部隊可派拉納堵住樹林口，可以保證有 4 回合左右的喘息時間，拉納自身有 HP 低於一半時受傷減半的特性，可以利用地形優勢單兵殲滅所有的龍騎兵，但注意消滅龍騎兵後的輕騎兵對拉納有兵種優勢，建議在拉納接兵輕騎兵之前完成關卡。
突進正門後，敵方所有單位都會殺上來，其中擊破正門後的第一回合，敵方炮兵必定會對我方最前方的單位進行一次炮擊，因此注意保留奏樂隊移動的空間給受傷的單位回血。下一回合內全軍以騎兵作為掩護儘可能消滅門口的炮兵部隊為前提，殲滅射程內的其他部隊。再最後迎面突擊敵方 BOSS 單位。
不論是穩進打法還是突進打法都需要注意的是，一定要保證繆拉不能戰敗，由於本關卡雙 BOSS 其中一個被消滅後，另外一個會能力大幅增長，且繆拉是唯一能夠剋制 BOSS 的兵種，如果能保證繆拉的生存，就能夠勝利在望。
其他：
劇情後解鎖「雅各賓派」、「巴黎軍官學校」、「米拉波書房」等地點，可進行槍械、炮彈、書籍、樂器、技能學習等功能。