在这次硬派战棋类游戏作品《圣女战旗》之中，采用了类似火纹的兵种克制系统，玩家在初期几章的战斗中需要熟悉兵种克制顺序，游戏中的兵种克制顺序为轻步兵（人跪蹲状态的标志）→线列步兵（两把步枪标志）→龙骑兵（头盔标志）→轻骑兵（马鞍标志），炮兵部队则具有远程射击能力，军乐队则有辅助能力。
序章 瓦雷纳的夜晚
胜利条件：消灭全部敌军，找出搭乘马车的王室成员
失败条件：拉法耶特战败或超过 14 回合
本关为教学关卡，操作拉法耶特击败敌方两个火枪部队并且按提示进入黄色区域即可过关。
第一章 土伦的炮声
胜利：波利娜、勒克莱尔到达目标区域
失败：勒克莱尔战败
战场分为两个区域，波利娜一边主要进行道具收集而没有战斗，勒克莱尔则需要单军作战，不过在这次战斗中处于兵种优势，因此进行一次道具恢复即可顺利到达目标区域。留意波利娜在行进的途中会见到地面上的破损军帽、鸢尾花篮、破损军旗等各种经费道具。
第二章 土伦的圣女
胜利：我方成员到达目标区域
失败：波利娜战败
在这次战役中，敌军基本上不会移动，依靠我方后援炮击加上罗丝的炮击能力，先操作罗丝利用其炮击长射程的特色，再使用波利娜尾刀可为波利娜提供经验值。敌方部队数目虽然较多，但后援炮击能消灭大半，采用罗丝 + 波利娜的战斗方式可轻松推进。
其他：
目前在杜伊勒里宫可进行道具买卖。
第三章 崭露头角
胜利：全灭敌军
失败：波利娜战败、我方 2 人以上战败
第三回合炮兵部队波莱特会在东南方向支援，但初期她无法进行攻击，需要前往身边的闪光处（补给点）获得炮弹后才可进行进攻。初期我方部队若有一个单位（缪拉）过于前进会遭到围攻，可前往地图上的柴火营地处停留，每回合可恢复 10 点生命。注意敌军 BOSS 旁边有一个炮兵部队，可尝试进入草丛地形中先消灭其他杂兵，若挨到炮兵射击可先退回篝火处恢复生命值再行出击。
第四章 黄昏的女骑士
派别任务：委派作战：进攻
由于一个我方队伍也不容许损失，因此这个分支战役难度较高，注意敌军的轻步兵有两格射程武器，利用炮兵远程削血近战清理第一排后，我方可前往下层的篝火处进行一波补给，再采用缪拉的骑兵推进，可减少损失一波清理掉轻步兵。在这个战役中，敌军 AI 被设计成主要围攻我方的拉纳，面对最后高地的敌军，可利用拉纳的技能勇气，上前吸引三次火力，再利用波莱特勇气攻击配合缪拉骑兵对轻步兵的优势，清理掉杂兵后再进攻 BOSS 单位。
BOSS 单位由于射程为 2 且不会移动，可用炮兵单位先削血，再集中火力消灭，但注意波莱特、缪拉对其伤害只有 50%。
主线任务
胜利：全灭敌军
失败：波利娜或者欧斯卡战败
初期战术中，需要注意欧斯卡需要优先前往东北战利品处获得国王卫队配剑，单挑敌方追击过来的龙骑兵和轻骑兵部队，避免突进与我方汇合，而我方波利娜则应该提前从指令「道具」中提前装备好普通的滑膛枪（较为容易追击龙骑兵部队），派遣缪拉前往西边清理偷袭部队，剩余四名成员在花田内利用地形优势优先歼灭袭来的龙骑兵，注意分配好战斗力，尽量保持在两个回合内消灭三个龙骑兵，否则爱梅将很难保全性命。
第三回合天气变为雨天，并且营地上的篝火会消失，不过第二回合在篝火旁边待机的部队依旧会获得 10 点的生命值回复，可提前让迪昂占领攻击龙骑兵并抵挡敌方步兵的攻击。
第五回合雷奥诺拉撤退，天气并且恢复正常，可让我方受伤单位前往篝火处恢复。第六回合敌方会增援两个步枪部队，我方则可待在栅栏附近，让敌方 BOSS 单位进入我方移动射程范围内，利用步枪兵种克制加英勇攻击的效果消灭他。
其他：
剧情后解锁杂货店，可购买回复道具
第五章 重重防设
胜利：击败对方两名指挥官
失败：波利娜战败、我方 2 人以上战败
挑战：8 回合内过关
本关有两种攻略方法，一种是直接通过进攻正门尽快消灭两个 BOSS 即可，另外一种则是通过西边的缺口逐步突进，由于本关内的挑战目标为 8 回合完成关卡，因此如果以稳打稳扎的形式向西边缺口进军虽然会非常稳，但由于西边树林只允许一个部队通过，因此绝对会超过 8 回合，不过好处在于可以获得地图南边的宝箱。因此根据自己的实力，玩家可选择放弃挑战目标而采用稳打稳扎的形式。
1、稳攻战术：我方在房屋正门外出击，东边有两个轻骑部队，西边树林外则是 3 个龙骑兵部队。如果采用稳打稳扎的方式，建议派龙骑兵部队向东剿灭两个轻骑，派轻步兵在西边树林外的草地中利用地形加成并引诱龙骑兵过来以地形优势剿灭龙骑兵。此后获得南边的宝箱后，逐步消灭外层的两个步兵部队。进入栅栏内篝火处可进行休整并优先歼灭炮兵部队后，顺势消灭敌军即可。
2、正门突进战术：正门有 4 格耐久度，最快攻破采用炮兵部队波莱特、主人公波利娜 2 格射程再加上任意近战单位 2 次攻击，即可一回合内击破正门，正门突破后有两种情况，第一种是可以留一格耐久度，下一回合用一次近战突破正门后，其他单位快速进入消灭敌方炮兵部队；第二种是考虑到我方部队移动力射程问题，一回合内突击正门后，等待敌方上门。
由于门外还有两边部队夹击，建议派一个龙骑兵第一回合内就去东边压制轻骑兵部队，而西边龙骑兵部队可派拉纳堵住树林口，可以保证有 4 回合左右的喘息时间，拉纳自身有 HP 低于一半时受伤减半的特性，可以利用地形优势单兵歼灭所有的龙骑兵，但注意消灭龙骑兵后的轻骑兵对拉纳有兵种优势，建议在拉纳接兵轻骑兵之前完成关卡。
突进正门后，敌方所有单位都会杀上来，其中击破正门后的第一回合，敌方炮兵必定会对我方最前方的单位进行一次炮击，因此注意保留奏乐队移动的空间给受伤的单位回血。下一回合内全军以骑兵作为掩护尽可能消灭门口的炮兵部队为前提，歼灭射程内的其他部队。再最后迎面突击敌方 BOSS 单位。
不论是稳进打法还是突进打法都需要注意的是，一定要保证缪拉不能战败，由于本关卡双 BOSS 其中一个被消灭后，另外一个会能力大幅增长，且缪拉是唯一能够克制 BOSS 的兵种，如果能保证缪拉的生存，就能够胜利在望。
其他：
剧情后解锁「雅各宾派」、「巴黎军官学校」、「米拉波书房」等地点，可进行枪械、炮弹、书籍、乐器、技能学习等功能。