本作新增MEGA進化系列，對可MEGA進化的寶可夢使用「かくせいのタネ（覺醒種子）」就能MEGA進化了。
MEGA進化只能在迷宮中使用かくせいのタネ（覺醒種子）進化，MEGA進化並不是永久保存
かくせいのタネ（覺醒種子）獲得方式
高難度迷宮內可獲得，另外高難度迷宮中的商店也可以購買
可MEGA進化精靈一覽
フシギバナ（妙蛙花）
リザードン（噴火龍）
カメックス（水箭龜）
フーディン（胡地）
ゲンガー（耿鬼）
スピアー（大針蜂）
ピジョット（大比鳥）
ガルーラ（袋獸）
カイロス（凱羅斯）
ギャラドス（暴鯉龍
プテラ（化石翼龍）
ミュウツー（超夢）
デンリュウ（電龍
ハッサム（巨鉗螳螂）
ヘラクロス（赫拉克羅斯）
ヘルガー（黑魯加）
バンギラス（班基拉斯）
バシャーモ（火焰雞）
サーナイト（沙奈朵）
クチート（大嘴娃）
ボスゴドラ（波士可多拉）
チャーレム（恰雷姆）
ライボルト（雷電獸）
ジュペッタ（詛咒娃娃）
アブソル（阿勃梭魯）
ラティアス（拉帝亞斯）
ラティオス（拉帝歐斯）
ガブリアス（烈咬陸鯊）
ルカリオ（路卡利歐）
ユキノオー（暴雪王）
ヤドラン（呆殼獸）
ハガネール（大鋼蛇）
ジュカイン（蜥蜴王）
ラグラージ（巨沼怪）
サメハダー（巨牙鯊）
バクーダ（噴火駝）
オニゴーリ（冰鬼護）
ボーマンダ（暴飛龍）
メタグロス（巨金怪）
レックウザ（烈空坐）
グラードン（固拉多）
カイオーガ （蓋歐卡）
ミミロップ（長耳兔）
エルレイド（艾路雷朵）
タブンネ（差不多娃娃）
ヤミラミ（勾魂眼）
チルタリス（七夕青鳥）