本作新增MEGA进化系列，对可MEGA进化的宝可梦使用「かくせいのタネ（觉醒种子）」就能MEGA进化了。
MEGA进化只能在迷宫中使用かくせいのタネ（觉醒种子）进化，MEGA进化并不是永久保存
かくせいのタネ（觉醒种子）获得方式
高难度迷宫内可获得，另外高难度迷宫中的商店也可以购买
可MEGA进化精灵一览
フシギバナ（妙蛙花）
リザードン（喷火龙）
カメックス（水箭龟）
フーディン（胡地）
ゲンガー（耿鬼）
スピアー（大针蜂）
ピジョット（大比鸟）
ガルーラ（袋兽）
カイロス（凯罗斯）
ギャラドス（暴鲤龙
プテラ（化石翼龙）
ミュウツー（超梦）
デンリュウ（电龙
ハッサム（巨钳螳螂）
ヘラクロス（赫拉克罗斯）
ヘルガー（黑鲁加）
バンギラス（班基拉斯）
バシャーモ（火焰鸡）
サーナイト（沙奈朵）
クチート（大嘴娃）
ボスゴドラ（波士可多拉）
チャーレム（恰雷姆）
ライボルト（雷电兽）
ジュペッタ（诅咒娃娃）
アブソル（阿勃梭鲁）
ラティアス（拉帝亚斯）
ラティオス（拉帝欧斯）
ガブリアス（烈咬陆鲨）
ルカリオ（路卡利欧）
ユキノオー（暴雪王）
ヤドラン（呆壳兽）
ハガネール（大钢蛇）
ジュカイン（蜥蜴王）
ラグラージ（巨沼怪）
サメハダー（巨牙鲨）
バクーダ（喷火驼）
オニゴーリ（冰鬼护）
ボーマンダ（暴飞龙）
メタグロス（巨金怪）
レックウザ（烈空坐）
グラードン（固拉多）
カイオーガ （盖欧卡）
ミミロップ（长耳兔）
エルレイド（艾路雷朵）
タブンネ（差不多娃娃）
ヤミラミ（勾魂眼）
チルタリス（七夕青鸟）