《最終幻想 7 重製版》雖然仍舊採用採用了線性流程，但依然在部分章節穿插了不少支線要素。遊戲中的第三章、第八章、第九章、第十四章均有不少支線豐富遊戲體驗，可以多個支線同時承接。其中第九章會因為玩家的與 NPC 對話的順序和選項出現分歧。
第三章：
查德利報告
完成 3 條查德利的戰鬥報告，先用「洞察」魔晶石分析兩名敵人之後，和查德利對話就能解鎖後續的戰鬥報告條件。
怪鼠軍團
在道具店老闆承接任務就能討伐變異鼠，在七番街所有戰鬥區域都能刷到。
廢工廠的小型翼蜥
在廢料店老闆處承接任務之後需要到指定的區域討伐小型翼蜥，地圖中會出現無法打開的門，這個門可以在之後的支線中獲得打開的鑰匙卡。
迷失的朋友
來自小朋友的委託，尋找三隻小貓，貓的位置沒有提示在第七區閒逛會蒂法會提示你聽到了貓的叫聲，順著聲音找過去即可。雖然貓都會逃走，但都是跑回主人那裡去了不用擔心。
遊蕩的軍犬
站在查德利身旁的懷默會在玩家完成上述任務中的一個時解鎖這個支線任務，讓玩家討伐狂怒獵犬，期間怪物會轉移區域，追上去打倒它就能交付任務。
來自墓地的怪物
完成「廢工廠的小型翼蜥」之後就能在七番街入口附近接到這個任務，玩家回到廢工廠後在該區域的休息區打破神羅的箱子之後就能出現鑰匙卡。進門後打敗翼蜥（屬性：弱風）就能完成完成任務。
第八章：
莫古力商店秘密開店
在孩子們的秘密基地和莫古・莫古力對話之後購買莫古力商店會員證就能完成，莫古力徽章可以在這裡提前兌換墓地的鑰匙幫助開啟後續支線「掃墓的報酬」的門。
巡邏的孩子們
在第六區貧民窟找到所有的孩子們之後回去和老師報告即可。綠葉之家左側有兩個孩子，武器商附近有兩個孩子，還有一個在貧民窟出入口。
完成後孩子們會拜託你前往秘密基地打敗紅蟆刺蝟王，完成後得到武器「狼牙棒」。
失控兵器
和 NPC 對話之後前往任務指定範圍內進行兩波戰鬥即可。敵人是穿透狂眼，弱點是疾風屬性。
英雄的證明
完成「巡邏的孩子們」之後解鎖，在秘密基地遊玩箱子破壞王，分數超過 10000 即可完成，達到 30000 可以解鎖獎盃。
傳說中的貧民窟天使
有一名記者在打聽貧民窟天使的事，之後前往目標任務地點打敗目標敵人「毒氣製造機」之後回去交任務即可。
掃墓的報酬
完成支線「失控兵器」之後解鎖，和武器店前的老人對話後，在秘密基地莫古力的商店購買墓地鑰匙，打敗目標敵人之後回來交任務即可。
第九章：
第九章的任務會根據玩家任務承接人的不同而所有變化，一種是山姆提供的任務，另一種是瑪姆提供的任務。此前支線的完成率對觸發任務有影響，對話中的有影響的選項如下。
山姆詢問蒂法特徵時：
「身材很好」「踢擊犀利」（山姆）/「經營店面」（瑪姆）；
路過旅店門口面對拉客郎時：
「多少錢？」（山姆）/「不需要」（瑪姆）；
是否進入旅店詢問：
「進入旅店」（山姆）/「不進入旅店」（瑪姆）
山姆扔硬幣的詢問：
「還是算了」（山姆）/「正、反面」（瑪姆）
按摩店的價位選擇：
「100 G」「1000 G」（山姆）/「3000 G」（瑪姆）
熾熱深蹲（共通任務）
在健身道館「男男男」進行深蹲比賽，應得勝利即可，完成最高難度挑戰可以解鎖獎盃。
無盡之夜（山姆）
前往服裝店和老闆的兒子對話前往酒吧「醉鬼」尋找酗酒的服裝店老闆，再去到按摩店斜對面的魔晶石店老闆之後與老闆對話。之後被魔晶石老闆會讓玩家去旅館買東西，對著自動販賣機使用「洞察」拿到三個物品交給魔晶石老闆。
之後去簡餐店與老闆對話，他會讓克勞德提建議，不管選什麼喬尼都會拉肚子，然後前往藥店完成藥店的委託，拿數量不同的藥之後交給四處的病人。
完成後獲得蜜蜂之館的「VIP 會員證」，回去酒吧交給老闆之後，再和服裝店老闆的兒子對話完成任務。
爆炸火辣身軀（山姆）
前往鬥技場完成特別賽，完成會獲得艾莉絲的武器「魔法長杖」。
偷竊的代價（瑪姆）
貧民窟天使遭到了誣陷，在山姆的陸行鳥車站對面和米瑞伊對話，前往下陷道路打敗盜賊就能完成任務。
反擊之刃（瑪姆）
前往鬥技場完成特別賽，完成會獲得艾莉絲的武器「魔法長杖」。
第十四章：
消失的孩子
前往第五貧民窟墓地之後和 NPC 對話發生戰鬥，勝利後任務完成並獲得一個「時間」魔晶石。
尋找陸行鳥（推薦優先完成）
在每個區域出入口有旅行鳥路牌的地方都能承接這個尋找三隻陸行鳥的任務，推薦優先完成可以解鎖免費的快速旅行功能。
三隻陸行鳥分別在第五區貧民窟金屬山、下陷道路、第五區貧民窟教堂前。
手下的仇恨
在圍牆商店街與瑪姆對話後回到第五區貧民窟艾莉絲家門口與路德戰鬥的地方，帶上抵抗即死的魔晶石對戰冬貝利。勝利後完成任務。
動搖的決心
回到圍牆商店街，與阿尼安進行引體向上比賽，勝利後完成任務。
音樂的力量
這一支線的音樂都是特定在本章節圍牆商店街出現，音樂會支線的感嘆號標示。三首歌的位置分別在旅店、鬥技場以及蜜蜂之館左側的小巷裡，位置如下圖所示。
秘傳藥方
替醫生尋找三種不同的藥材，「藥用花」可以在第五區貧民窟的教堂撿到可以和支線「淘氣盜賊」搭配完成、「莫古力搗藥缽」在第五區貧民窟 莫古力的店用一個獎牌兌換、「兇惡巨獸的角」需要完成支線任務「地底的咆哮」，打敗兇惡巨獸零式才能獲得。
地底的咆哮
和懷默對話承接，可以與支線任務「秘傳藥方」一起完成。從公園的秘密通道進入地下實驗室，打敗深處的怪物兇惡巨獸零式。完成後獲得巴雷特的武器「加農彈」。
淘氣盜賊
在第五區貧民窟站可以看到被偷光全身家當的喬尼，和他對話之後前往教堂尋找琪裡耶可以順便撿到「秘傳藥方」的「藥用花」，最後代替她去圍牆商店街的鬥技場打一場特殊賽即可。完成後獲得「星之神秘書 第 3 卷」可以提升艾莉絲武器 SP 的上限。
古留根尾的秘密財產
完成這一支線需要先完成支線「淘氣盜賊」，琪裡耶才會給你古留根尾的秘密財產的門的鑰匙。貧民窟天使會在和米瑞伊見面的的地方留下字條告訴你三處財產分別在：第五區貧民窟：金屬山、下水道：舊汙泥處理區、下陷道路：崩塌隧道。
下水道：舊汙泥處理區的財產需要先推進主線才能前往，在包夾幼年阿伯祖場景的左側，先繼續向前走打完主線任務之後才會有開關清空汙水，然後就能取得財產了。完成後獲得【劍技指南書 第 3 卷】，可以提升克勞德的武器 SP 的上限。