《最终幻想 7 重制版》虽然仍旧采用采用了线性流程，但依然在部分章节穿插了不少支线要素。游戏中的第三章、第八章、第九章、第十四章均有不少支线丰富游戏体验，可以多个支线同时承接。其中第九章会因为玩家的与 NPC 对话的顺序和选项出现分歧。
第三章：
查德利报告
完成 3 条查德利的战斗报告，先用「洞察」魔晶石分析两名敌人之后，和查德利对话就能解锁后续的战斗报告条件。
怪鼠军团
在道具店老板承接任务就能讨伐变异鼠，在七番街所有战斗区域都能刷到。
废工厂的小型翼蜥
在废料店老板处承接任务之后需要到指定的区域讨伐小型翼蜥，地图中会出现无法打开的门，这个门可以在之后的支线中获得打开的钥匙卡。
迷失的朋友
来自小朋友的委托，寻找三只小猫，猫的位置没有提示在第七区闲逛会蒂法会提示你听到了猫的叫声，顺着声音找过去即可。虽然猫都会逃走，但都是跑回主人那里去了不用担心。
游荡的军犬
站在查德利身旁的怀默会在玩家完成上述任务中的一个时解锁这个支线任务，让玩家讨伐狂怒猎犬，期间怪物会转移区域，追上去打倒它就能交付任务。
来自墓地的怪物
完成「废工厂的小型翼蜥」之后就能在七番街入口附近接到这个任务，玩家回到废工厂后在该区域的休息区打破神罗的箱子之后就能出现钥匙卡。进门后打败翼蜥（属性：弱风）就能完成完成任务。
第八章：
莫古力商店秘密开店
在孩子们的秘密基地和莫古・莫古力对话之后购买莫古力商店会员证就能完成，莫古力徽章可以在这里提前兑换墓地的钥匙帮助开启后续支线「扫墓的报酬」的门。
巡逻的孩子们
在第六区贫民窟找到所有的孩子们之后回去和老师报告即可。绿叶之家左侧有两个孩子，武器商附近有两个孩子，还有一个在贫民窟出入口。
完成后孩子们会拜托你前往秘密基地打败红蟆刺猬王，完成后得到武器「狼牙棒」。
失控兵器
和 NPC 对话之后前往任务指定范围内进行两波战斗即可。敌人是穿透狂眼，弱点是疾风属性。
英雄的证明
完成「巡逻的孩子们」之后解锁，在秘密基地游玩箱子破坏王，分数超过 10000 即可完成，达到 30000 可以解锁奖杯。
传说中的贫民窟天使
有一名记者在打听贫民窟天使的事，之后前往目标任务地点打败目标敌人「毒气制造机」之后回去交任务即可。
扫墓的报酬
完成支线「失控兵器」之后解锁，和武器店前的老人对话后，在秘密基地莫古力的商店购买墓地钥匙，打败目标敌人之后回来交任务即可。
第九章：
第九章的任务会根据玩家任务承接人的不同而所有变化，一种是山姆提供的任务，另一种是玛姆提供的任务。此前支线的完成率对触发任务有影响，对话中的有影响的选项如下。
山姆询问蒂法特征时：
「身材很好」「踢击犀利」（山姆）/「经营店面」（玛姆）；
路过旅店门口面对拉客郎时：
「多少钱？」（山姆）/「不需要」（玛姆）；
是否进入旅店询问：
「进入旅店」（山姆）/「不进入旅店」（玛姆）
山姆扔硬币的询问：
「还是算了」（山姆）/「正、反面」（玛姆）
按摩店的价位选择：
「100 G」「1000 G」（山姆）/「3000 G」（玛姆）
炽热深蹲（共通任务）
在健身道馆「男男男」进行深蹲比赛，应得胜利即可，完成最高难度挑战可以解锁奖杯。
无尽之夜（山姆）
前往服装店和老板的儿子对话前往酒吧「醉鬼」寻找酗酒的服装店老板，再去到按摩店斜对面的魔晶石店老板之后与老板对话。之后被魔晶石老板会让玩家去旅馆买东西，对着自动贩卖机使用「洞察」拿到三个物品交给魔晶石老板。
之后去简餐店与老板对话，他会让克劳德提建议，不管选什么乔尼都会拉肚子，然后前往药店完成药店的委托，拿数量不同的药之后交给四处的病人。
完成后获得蜜蜂之馆的「VIP 会员证」，回去酒吧交给老板之后，再和服装店老板的儿子对话完成任务。
爆炸火辣身躯（山姆）
前往斗技场完成特别赛，完成会获得艾莉丝的武器「魔法长杖」。
偷窃的代价（玛姆）
贫民窟天使遭到了诬陷，在山姆的陆行鸟车站对面和米瑞伊对话，前往下陷道路打败盗贼就能完成任务。
反击之刃（玛姆）
前往斗技场完成特别赛，完成会获得艾莉丝的武器「魔法长杖」。
第十四章：
消失的孩子
前往第五贫民窟墓地之后和 NPC 对话发生战斗，胜利后任务完成并获得一个「时间」魔晶石。
寻找陆行鸟（推荐优先完成）
在每个区域出入口有旅行鸟路牌的地方都能承接这个寻找三只陆行鸟的任务，推荐优先完成可以解锁免费的快速旅行功能。
三只陆行鸟分别在第五区贫民窟金属山、下陷道路、第五区贫民窟教堂前。
手下的仇恨
在围墙商店街与玛姆对话后回到第五区贫民窟艾莉丝家门口与路德战斗的地方，带上抵抗即死的魔晶石对战冬贝利。胜利后完成任务。
动摇的决心
回到围墙商店街，与阿尼安进行引体向上比赛，胜利后完成任务。
音乐的力量
这一支线的音乐都是特定在本章节围墙商店街出现，音乐会支线的感叹号标示。三首歌的位置分别在旅店、斗技场以及蜜蜂之馆左侧的小巷里，位置如下图所示。
秘传药方
替医生寻找三种不同的药材，「药用花」可以在第五区贫民窟的教堂捡到可以和支线「淘气盗贼」搭配完成、「莫古力捣药钵」在第五区贫民窟 莫古力的店用一个奖牌兑换、「凶恶巨兽的角」需要完成支线任务「地底的咆哮」，打败凶恶巨兽零式才能获得。
地底的咆哮
和怀默对话承接，可以与支线任务「秘传药方」一起完成。从公园的秘密通道进入地下实验室，打败深处的怪物凶恶巨兽零式。完成后获得巴雷特的武器「加农弹」。
淘气盗贼
在第五区贫民窟站可以看到被偷光全身家当的乔尼，和他对话之后前往教堂寻找琪里耶可以顺便捡到「秘传药方」的「药用花」，最后代替她去围墙商店街的斗技场打一场特殊赛即可。完成后获得「星之神秘书 第 3 卷」可以提升艾莉丝武器 SP 的上限。
古留根尾的秘密财产
完成这一支线需要先完成支线「淘气盗贼」，琪里耶才会给你古留根尾的秘密财产的门的钥匙。贫民窟天使会在和米瑞伊见面的的地方留下字条告诉你三处财产分别在：第五区贫民窟：金属山、下水道：旧污泥处理区、下陷道路：崩塌隧道。
下水道：旧污泥处理区的财产需要先推进主线才能前往，在包夹幼年阿伯祖场景的左侧，先继续向前走打完主线任务之后才会有开关清空污水，然后就能取得财产了。完成后获得【剑技指南书 第 3 卷】，可以提升克劳德的武器 SP 的上限。