《蘇菲的鍊金工房2》為《蘇菲的鍊金工房 ～不可思議書的鍊金術士～》的續作，主線攻略按照本作「行程表」內的主要劇情行數序列進行編寫，如有卡關情況可針對劇情片段進行排查。
◎尋找艾薇拉
去找普拉芙妲商量一下吧
傳送到水晶光輝亭觸發劇情，到水晶光輝亭二樓與普拉芙妲對話；
返回鍊金工房吧
回工房觸發劇情；
◎大家的心意
返回鍊金工房吧
回工房觸發劇情；
構思拯救艾薇拉的道具配方吧
・解鎖「維格之夢」的條件；
・普拉芙妲鍊金等級需要到達Lv75以上；
・「賢者之石」解鎖
・調合「賢者之石」附帶效果「效果Lv上限・四元素」，「賢者之石」需要蘇菲鍊金等級到達80以上解鎖，並且解鎖其條件；
・解鎖條件「龍之血晶」可以到古都洛伊亞姆-洛伊亞姆之麓西北盡頭討伐Lv45白鱗巨龍或到蘇瓦的心臟-搏動炎界西北處頭目點討伐Lv54火炎巨龍掉落；
・「黑洞」解鎖
・然而「黑洞」需要進行調合獲得，「黑洞」解鎖條件應該是需要普拉芙妲鍊金等級70以上左右出現；
・「黑洞」構思配方在「賢者之石」的左邊，要求戰鬥中使用三次雙重觸發，並且製作品質80以上的「金平糖」；
・「金平糖」解鎖
・「金平糖」解鎖需要到皮莉卡堂購買「提味的精髓」才能學會；
・「星幻鑰匙」獲得
・「黑洞」製作主要素材要「星幻鑰匙」，可以在主線的地圖寶箱內開啟獲得，或者到水晶光輝亭找到NPC諾姆用討伐證書兌換獲得，兌換的討伐證書需要完成EX委託獲得，然後製作「黑洞」；
銀白聖龍在塞爾加德大山峰-穿孔斷崖東北處龍的憩所雨天天氣才出現（Lv63銀白聖龍），
完成以上所有條件素材後製作「賢者之石」，使用反轉面板把第一項火元素點到四階段就是「效果Lv上限・四元素」；
調合維格之夢吧
調合完成「維格之夢」；
前往忘卻沙漠的深處吧
傳送到久遠幻砂-忘卻沙漠前往目的地觸發劇情；
◎讓惡夢終結
穿過次元裂縫尋找艾薇拉吧
繼續前進到達惡夢聚積地前往深處目的地觸發劇情，這裡會出現以下兩個分支「虛之夢」和「怪之夢」都要前往完成；
◎虛無巨龍之夢
前往虛之夢的深處吧
到達目的地打倒冒牌的斯拉夫龍吧（Lv55斯拉夫龍）；
去尋找虛之夢中的機關吧
調查目的地的機關；
◎怪獸之夢
前往怪之夢的深處吧
到達目的地打倒艾薇拉的手下吧（Lv60狂野冰雹）；
去尋找虛之夢中的機關吧
調查目的地的機關；
完成「虛之夢」和「怪之夢」的主線任務，回到兇之夢目的地觸發劇情進入戰鬥擊敗Lv65黑鐵雷獸；
◎艾薇拉的過去
進入惡夢聚積地尋找艾薇拉吧
繼續前往目的地觸發劇情；
進入惡夢聚積地尋找艾薇拉吧
繼續到達惡之夢東北處目的地觸發劇情；
◎最終決戰
阻止並拯救失控的艾薇拉吧
擊敗Lv70艾薇兒；
擊敗後還會出現第二形態Lv80狂亂的艾薇拉；
劇情後第九部分結束。