《苏菲的炼金工房2》为《苏菲的炼金工房 ～不可思议书的炼金术士～》的续作，主线攻略按照本作「行程表」内的主要剧情行数序列进行编写，如有卡关情况可针对剧情片段进行排查。
◎寻找艾薇拉
去找普拉芙妲商量一下吧
传送到水晶光辉亭触发剧情，到水晶光辉亭二楼与普拉芙妲对话；
返回炼金工房吧
回工房触发剧情；
◎大家的心意
返回炼金工房吧
回工房触发剧情；
构思拯救艾薇拉的道具配方吧
・解锁「维格之梦」的条件；
・普拉芙妲炼金等级需要到达Lv75以上；
・「贤者之石」解锁
・调合「贤者之石」附带效果「效果Lv上限・四元素」，「贤者之石」需要苏菲炼金等级到达80以上解锁，并且解锁其条件；
・解锁条件「龙之血晶」可以到古都洛伊亚姆-洛伊亚姆之麓西北尽头讨伐Lv45白鳞巨龙或到苏瓦的心脏-搏动炎界西北处头目点讨伐Lv54火炎巨龙掉落；
・「黑洞」解锁
・然而「黑洞」需要进行调合获得，「黑洞」解锁条件应该是需要普拉芙妲炼金等级70以上左右出现；
・「黑洞」构思配方在「贤者之石」的左边，要求战斗中使用三次双重触发，并且制作品质80以上的「金平糖」；
・「金平糖」解锁
・「金平糖」解锁需要到皮莉卡堂购买「提味的精髓」才能学会；
・「星幻钥匙」获得
・「黑洞」制作主要素材要「星幻钥匙」，可以在主线的地图宝箱内开启获得，或者到水晶光辉亭找到NPC诺姆用讨伐证书兑换获得，兑换的讨伐证书需要完成EX委托获得，然后制作「黑洞」；
银白圣龙在塞尔加德大山峰-穿孔断崖东北处龙的憩所雨天天气才出现（Lv63银白圣龙），
完成以上所有条件素材后制作「贤者之石」，使用反转面板把第一项火元素点到四阶段就是「效果Lv上限・四元素」；
调合维格之梦吧
调合完成「维格之梦」；
前往忘却沙漠的深处吧
传送到久远幻砂-忘却沙漠前往目的地触发剧情；
◎让恶梦终结
穿过次元裂缝寻找艾薇拉吧
继续前进到达恶梦聚积地前往深处目的地触发剧情，这里会出现以下两个分支「虚之梦」和「怪之梦」都要前往完成；
◎虚无巨龙之梦
前往虚之梦的深处吧
到达目的地打倒冒牌的斯拉夫龙吧（Lv55斯拉夫龙）；
去寻找虚之梦中的机关吧
调查目的地的机关；
◎怪兽之梦
前往怪之梦的深处吧
到达目的地打倒艾薇拉的手下吧（Lv60狂野冰雹）；
去寻找虚之梦中的机关吧
调查目的地的机关；
完成「虚之梦」和「怪之梦」的主线任务，回到凶之梦目的地触发剧情进入战斗击败Lv65黑铁雷兽；
◎艾薇拉的过去
进入恶梦聚积地寻找艾薇拉吧
继续前往目的地触发剧情；
进入恶梦聚积地寻找艾薇拉吧
继续到达恶之梦东北处目的地触发剧情；
◎最终决战
阻止并拯救失控的艾薇拉吧
击败Lv70艾薇儿；
击败后还会出现第二形态Lv80狂乱的艾薇拉；
剧情后第九部分结束。