《蘇菲的鍊金工房2》為《蘇菲的鍊金工房 ～不可思議書的鍊金術士～》的續作，主線攻略按照本作「行程表」內的主要劇情行數序列進行編寫，如有卡關情況可針對劇情片段進行排查。
◎就職典禮
前往洛伊提爾的商業區吧
傳送到商業區觸發劇情；
前往水晶光輝亭吧
傳送到水晶光輝亭觸發劇情；
返回鍊金工房吧
傳送回工房觸發劇情解鎖鍊金觸媒功能；
◎雪恥之戰!!
調合品質80以上的微風香精油吧
「微風香精油」在構思配方通用裡，先解鎖條件，「排毒油」可以鍊金裡面製作或皮莉卡堂購買獲得，「魅惑香料」需要到皮莉卡堂購買參考書學習解鎖；然後製作品質80以上的「微風香精油」即可；
在水晶光輝亭與普拉芙妲說話吧
傳送到水晶光輝亭觸發劇情；
返回鍊金工房吧
傳送回工房觸發劇情；
◎不明魔物
前往水晶光輝亭吧
傳送到水晶光輝亭觸發劇情；
前往故里之路吧
傳送到阿爾梅亞草原-故里之路到達目的地觸發劇情；
打倒不明魔物吧
消滅出現的未知敵人，建議人均Lv40左右，本次戰鬥血量來看並不是頭目級別；
在水晶光輝亭與普拉芙妲說話吧
傳送到水晶光輝亭觸發劇情；
與艾薇拉說話吧
傳送到夢之大樹觸發劇情，然後再傳送到夢之搖籃靠近艾薇拉觸發劇情；
回鍊金工房構思配方吧
傳送回工房觸發劇情；
調合爆破錘子吧
「爆破錘子」主要素材為「炎帝粉」；「炎帝粉」需要主要素材「鍊金炭」調合，可以在普拉芙妲調合裡找到「鍊金炭」調合；調合出所需素材後調合完成「爆破錘子」即可；
從洞窟前往東方大地吧
出發前裝備好「爆破錘子」傳送前往耶克冷洞東南處目的地敲碎擋路的石頭前往下個場景庫瓦茲・卡維爾，一直前進到達洛伊亞姆之麓目的地觸發劇情；
第五部分結束。