《苏菲的炼金工房2》为《苏菲的炼金工房 ～不可思议书的炼金术士～》的续作，主线攻略按照本作「行程表」内的主要剧情行数序列进行编写，如有卡关情况可针对剧情片段进行排查。
◎就职典礼
前往洛伊提尔的商业区吧
传送到商业区触发剧情；
前往水晶光辉亭吧
传送到水晶光辉亭触发剧情；
返回炼金工房吧
传送回工房触发剧情解锁炼金触媒功能；
◎雪耻之战!!
调合品质80以上的微风香精油吧
「微风香精油」在构思配方通用里，先解锁条件，「排毒油」可以炼金里面制作或皮莉卡堂购买获得，「魅惑香料」需要到皮莉卡堂购买参考书学习解锁；然后制作品质80以上的「微风香精油」即可；
在水晶光辉亭与普拉芙妲说话吧
传送到水晶光辉亭触发剧情；
返回炼金工房吧
传送回工房触发剧情；
◎不明魔物
前往水晶光辉亭吧
传送到水晶光辉亭触发剧情；
前往故里之路吧
传送到阿尔梅亚草原-故里之路到达目的地触发剧情；
打倒不明魔物吧
消灭出现的未知敌人，建议人均Lv40左右，本次战斗血量来看并不是头目级别；
在水晶光辉亭与普拉芙妲说话吧
传送到水晶光辉亭触发剧情；
与艾薇拉说话吧
传送到梦之大树触发剧情，然后再传送到梦之摇篮靠近艾薇拉触发剧情；
回炼金工房构思配方吧
传送回工房触发剧情；
调合爆破锤子吧
「爆破锤子」主要素材为「炎帝粉」；「炎帝粉」需要主要素材「炼金炭」调合，可以在普拉芙妲调合里找到「炼金炭」调合；调合出所需素材后调合完成「爆破锤子」即可；
从洞窟前往东方大地吧
出发前装备好「爆破锤子」传送前往耶克冷洞东南处目的地敲碎挡路的石头前往下个场景库瓦兹・卡维尔，一直前进到达洛伊亚姆之麓目的地触发剧情；
第五部分结束。