《蘇菲的鍊金工房2》為《蘇菲的鍊金工房 ～不可思議書的鍊金術士～》的續作，主線攻略按照本作「行程表」內的主要劇情行數序列進行編寫，如有卡關情況可針對劇情片段進行排查。
◎靈魂的去向
去詢問艾薇拉吧
傳送到夢之大樹-夢之搖籃與艾薇拉對話觸發劇情；
回鍊金工房一趟吧
傳送回工房觸發劇情；
◎鍊金術對決
調合品質60以上的純水吧
純水解鎖在構思配方的通用裡，需要採集「飲用水」和「香氛木」解鎖，這兩個素材也是調合主要素材，堆滿品質60以上即可；
找艾薇拉了解詳情吧
傳送到夢之大樹-夢之搖籃與艾薇拉對話觸發劇情；
◎捕捉靈魂
找皮莉卡問問看吧
傳送到洛伊提爾-皮莉卡堂與皮莉卡對話觸發劇情；
在鍊金工房構思配方吧
獲得「魂結之石」回工房觸發劇情；
調合收魂之籠吧
調合主要素材需要「網狀鎖鏈」，尼爾森林東的營地草叢採集獲取，完成「收魂之籠」製作；
前往海王的領域深處吧
傳送到浪花堤跡-海王的領西北目的地域觸發劇情；
找艾薇拉商量吧
傳送到夢之大樹-夢之搖籃與艾薇拉對話觸發劇情；
◎第二個夢之核心
調合冰凍的拉利瑪石吧
「冰凍的拉利瑪石」主要素材要「銀靈結晶」，可以到薄明潤林採集獲取，然後完成製作；
前往耶克冷洞吧
傳送到阿茲拉棧橋東南目的地觸發劇情；
◎巨石VS普拉芙妲
回鍊金工房製作炸彈吧
回工房觸發劇情；
調合爆破用炎燒吧
隨意製作「爆破用炎燒」即可；
用爆破用炎燒破壞擋路的岩石吧
傳送到阿茲拉棧橋東南目的地光圈使用「爆破用炎燒」；
進入耶克冷洞的深處吧
繼續往目的地前進，到達耶克冷洞目的地觸發劇情；
◎尋找入口
試著使用冰凍的拉利瑪石吧
調查秘石改變天氣為下雪天氣，通過結冰的湖面到達目的地觸發劇情；
前往次元裂縫的深處看看吧
前往目的地到達觸發劇情；
◎酷寒的世界
朝著夢之核心前進吧
利用天氣到達上方拉開水閘，再改變天氣到達雪之走廊目的地觸發劇情；
破壞擋路的噗尼雕像吧
按照任務提示製作「爆破用炎燒」在光圈內使用炸開通過；
朝夢之核心前進吧
在雪之走廊改變天氣為雨天或晴天后拉開水閘再改變下雪天氣通過；
打倒巨大的噗尼吧
到達目的地觸發劇情，擊敗Lv35水晶噗尼
朝夢之核心前進吧
回到主線繼續前進，在霜之側壁入口處更改天氣為晴天，然後放水再更改天氣為雪天通過；
在冰之公館按照下圖順序打開水閘通過到達目的地，首先在西邊處修改天氣為晴天，然後在上方地方打開水閘，依次按照下圖標記順序打開水閘後，再從⑤的地方改變雪天即可通過到達目的地位置觸發劇情；
◎最深處，以及……
打倒發動攻擊的手下吧
擊敗Lv40狂野冰雹，小心會召喚魔物優先處理掉掉召喚的魔物，建議平均等級Lv40以上，戰鬥改變晴天天氣進行會有利於輸出；
返回艾薇拉的所在地吧
傳送到夢之大樹-夢之搖籃與調查普拉芙妲觸發劇情；
劇情後第四部分結束。