《苏菲的炼金工房2》为《苏菲的炼金工房 ～不可思议书的炼金术士～》的续作，主线攻略按照本作「行程表」内的主要剧情行数序列进行编写，如有卡关情况可针对剧情片段进行排查。
◎灵魂的去向
去询问艾薇拉吧
传送到梦之大树-梦之摇篮与艾薇拉对话触发剧情；
回炼金工房一趟吧
传送回工房触发剧情；
◎炼金术对决
调合品质60以上的纯水吧
纯水解锁在构思配方的通用里，需要采集「饮用水」和「香氛木」解锁，这两个素材也是调合主要素材，堆满品质60以上即可；
找艾薇拉了解详情吧
传送到梦之大树-梦之摇篮与艾薇拉对话触发剧情；
◎捕捉灵魂
找皮莉卡问问看吧
传送到洛伊提尔-皮莉卡堂与皮莉卡对话触发剧情；
在炼金工房构思配方吧
获得「魂结之石」回工房触发剧情；
调合收魂之笼吧
调合主要素材需要「网状锁链」，尼尔森林东的营地草丛采集获取，完成「收魂之笼」制作；
前往海王的领域深处吧
传送到浪花堤迹-海王的领西北目的地域触发剧情；
找艾薇拉商量吧
传送到梦之大树-梦之摇篮与艾薇拉对话触发剧情；
◎第二个梦之核心
调合冰冻的拉利玛石吧
「冰冻的拉利玛石」主要素材要「银灵结晶」，可以到薄明润林采集获取，然后完成制作；
前往耶克冷洞吧
传送到阿兹拉栈桥东南目的地触发剧情；
◎巨石VS普拉芙妲
回炼金工房制作炸弹吧
回工房触发剧情；
调合爆破用炎烧吧
随意制作「爆破用炎烧」即可；
用爆破用炎烧破坏挡路的岩石吧
传送到阿兹拉栈桥东南目的地光圈使用「爆破用炎烧」；
进入耶克冷洞的深处吧
继续往目的地前进，到达耶克冷洞目的地触发剧情；
◎寻找入口
试着使用冰冻的拉利玛石吧
调查秘石改变天气为下雪天气，通过结冰的湖面到达目的地触发剧情；
前往次元裂缝的深处看看吧
前往目的地到达触发剧情；
◎酷寒的世界
朝着梦之核心前进吧
利用天气到达上方拉开水闸，再改变天气到达雪之走廊目的地触发剧情；
破坏挡路的噗尼雕像吧
按照任务提示制作「爆破用炎烧」在光圈内使用炸开通过；
朝梦之核心前进吧
在雪之走廊改变天气为雨天或晴天后拉开水闸再改变下雪天气通过；
打倒巨大的噗尼吧
到达目的地触发剧情，击败Lv35水晶噗尼
朝梦之核心前进吧
回到主线继续前进，在霜之侧壁入口处更改天气为晴天，然后放水再更改天气为雪天通过；
在冰之公馆按照下图顺序打开水闸通过到达目的地，首先在西边处修改天气为晴天，然后在上方地方打开水闸，依次按照下图标记顺序打开水闸后，再从⑤的地方改变雪天即可通过到达目的地位置触发剧情；
◎最深处，以及……
打倒发动攻击的手下吧
击败Lv40狂野冰雹，小心会召唤魔物优先处理掉掉召唤的魔物，建议平均等级Lv40以上，战斗改变晴天天气进行会有利于输出；
返回艾薇拉的所在地吧
传送到梦之大树-梦之摇篮与调查普拉芙妲触发剧情；
剧情后第四部分结束。