《蘇菲的鍊金工房2》為《蘇菲的鍊金工房 ～不可思議書的鍊金術士～》的續作，主線攻略按照本作「行程表」內的主要劇情行數序列進行編寫，如有卡關情況可針對劇情片段進行排查。
◎鍊金術土・拉米潔兒
前往水晶光輝亭吧
傳送到水晶光輝亭觸發劇情；
找迪伯爾德詢問詳情吧
前往住宅區中間目的地與迪伯爾德對話觸發劇情；
◎委託代理・1
構思迪伯爾德的劍的配方吧
打開構思配方，蘇菲頁面下「雙劍」查看條件，調合金屬塊和討伐一隻鑽石兔；鑽石兔可以到阿爾梅亞草原-故里之路討伐完成；
調合雙劍吧
解鎖「雙劍」後調合完成，這裡製作裝備可以做好點，迪伯爾德加入隊伍的時候默認帶的武器是沒有效果的，把主線做好的給他換上提高戰力；
將劍送去給迪伯爾德吧
前往住宅區中間目的地與迪伯爾德對話；
完成討伐魔物的委託吧
前往商業區目的地觸發劇情，迪伯爾德加入隊伍；
前往阿茲拉棧橋吧
前往尼爾森林，改變晴天到達西南目的地觸發劇情；
在喧鬧小徑處改變天氣為雨天前往西南口；
菌光沼澤到達東南口到達阿茲拉棧橋，目的地處觸發劇情；
◎委託代理・2
回鍊金工房去吧
傳送回工房觸發劇情；
構思引誘魔物的道具配方吧
打開行程表進入構思配方完成「吸引魔物的誘餌」的條件；
調合魔物誘餌吧
完成製作「吸引魔物的誘餌」；
前往阿茲拉棧橋吧
前往目的地調查光圈使用「吸引魔物的誘餌」觸發劇情；
打倒委託指定的魔物吧
直接進入戰鬥消滅漂浮的異類，建議人均Lv30前往討伐；
返回鍊金工房等待拉米潔兒吧
傳送回工房觸發劇情；
◎夢神的住處
去夢之大樹看看吧
傳送到夢之大樹到樹下觸發劇情，拉米潔兒加入隊伍；
構思前往艾薇拉身邊的配方吧
完成「次元溶解劑」的解鎖條件，「彗星蝶」可以到尼爾森林西南傳送點附近破壞木桶獲得，「梨形綠寶石」到浪花堤跡-蜿蜒的螺旋遺蹟雨天天氣破壞木桶獲得；
調合次元溶解劑吧
完成製作「次元溶解劑」；
在夢之大樹使用次元容解劑吧
傳送到夢之大樹樹下調查光圈使用「次元溶解劑」觸發劇情；
前往艾薇拉的所在地吧
進入夢之大樹樹下的入口；
◎夢神・艾薇拉
從艾薇拉手中救回普拉芙妲吧
擊敗Lv40艾薇拉，小心敵人會召喚魔物Lv30死亡之雲和皇帝之鴿，召喚的魔物會擋住你攻擊艾薇拉，建議優先消滅召喚的魔物，艾薇拉會有三輪的靈氣防護請注意，建議人均Lv30左右前往討伐；
擊敗艾薇拉後一大段劇情第三部分結束直接進入第四部分。