《苏菲的炼金工房2》为《苏菲的炼金工房 ～不可思议书的炼金术士～》的续作，主线攻略按照本作「行程表」内的主要剧情行数序列进行编写，如有卡关情况可针对剧情片段进行排查。
◎炼金术土・拉米洁儿
前往水晶光辉亭吧
传送到水晶光辉亭触发剧情；
找迪伯尔德询问详情吧
前往住宅区中间目的地与迪伯尔德对话触发剧情；
◎委托代理・1
构思迪伯尔德的剑的配方吧
打开构思配方，苏菲页面下「双剑」查看条件，调合金属块和讨伐一只钻石兔；钻石兔可以到阿尔梅亚草原-故里之路讨伐完成；
调合双剑吧
解锁「双剑」后调合完成，这里制作装备可以做好点，迪伯尔德加入队伍的时候默认带的武器是没有效果的，把主线做好的给他换上提高战力；
将剑送去给迪伯尔德吧
前往住宅区中间目的地与迪伯尔德对话；
完成讨伐魔物的委托吧
前往商业区目的地触发剧情，迪伯尔德加入队伍；
前往阿兹拉栈桥吧
前往尼尔森林，改变晴天到达西南目的地触发剧情；
在喧闹小径处改变天气为雨天前往西南口；
菌光沼泽到达东南口到达阿兹拉栈桥，目的地处触发剧情；
◎委托代理・2
回炼金工房去吧
传送回工房触发剧情；
构思引诱魔物的道具配方吧
打开行程表进入构思配方完成「吸引魔物的诱饵」的条件；
调合魔物诱饵吧
完成制作「吸引魔物的诱饵」；
前往阿兹拉栈桥吧
前往目的地调查光圈使用「吸引魔物的诱饵」触发剧情；
打倒委托指定的魔物吧
直接进入战斗消灭漂浮的异类，建议人均Lv30前往讨伐；
返回炼金工房等待拉米洁儿吧
传送回工房触发剧情；
◎梦神的住处
去梦之大树看看吧
传送到梦之大树到树下触发剧情，拉米洁儿加入队伍；
构思前往艾薇拉身边的配方吧
完成「次元溶解剂」的解锁条件，「彗星蝶」可以到尼尔森林西南传送点附近破坏木桶获得，「梨形绿宝石」到浪花堤迹-蜿蜒的螺旋遗迹雨天天气破坏木桶获得；
调合次元溶解剂吧
完成制作「次元溶解剂」；
在梦之大树使用次元容解剂吧
传送到梦之大树树下调查光圈使用「次元溶解剂」触发剧情；
前往艾薇拉的所在地吧
进入梦之大树树下的入口；
◎梦神・艾薇拉
从艾薇拉手中救回普拉芙妲吧
击败Lv40艾薇拉，小心敌人会召唤魔物Lv30死亡之云和皇帝之鸽，召唤的魔物会挡住你攻击艾薇拉，建议优先消灭召唤的魔物，艾薇拉会有三轮的灵气防护请注意，建议人均Lv30左右前往讨伐；
击败艾薇拉后一大段剧情第三部分结束直接进入第四部分。