《蘇菲的鍊金工房2》為《蘇菲的鍊金工房 ～不可思議書的鍊金術士～》的續作，主線攻略按照本作「行程表」內的主要劇情行數序列進行編寫，如有卡關情況可針對劇情片段進行排查。
◎追尋拉米潔兒
找卡蒂打聽詳情吧
回到洛伊提爾-水晶光輝亭觸發劇情；
去皮莉卡堂逛逛再返回鍊金工房吧
快速傳送到皮莉卡堂觸發劇情；
劇情後直接回工房；
構思陽光金綠柱石的配方吧
按下十字鍵←進入構思配方找到「陽光金綠柱石」，根據要求解鎖「陽光金綠柱石」；
早上時間傳送到夢之大樹位置，到達樹前調查，完成「在夢之大樹最高處曬太陽」這個條件；
到風撫平原消滅兩個藍噗尼完成；
調合陽光金綠柱石吧
完成的條件後，回到工房解鎖「陽光金綠柱石」；
調合「陽光金綠柱石」主要用到火岩石素材，可以在風撫平原-爽風原野西北有綠噗尼處地方採取獲得；
※如果你缺主線所需的素材可查看大地圖標記的小旗位置，前往採集即可。
◎改變天候
構思驟雨水石膏的配方吧
製作完「陽光金綠柱石」後構思配方加入普拉芙妲，完成普拉芙妲構思配方的「驟雨水水石膏」;
傳送到洛伊提爾-住宅區前往目的地調查，然後回到工房解鎖「驟雨水水石膏」；
調合驟雨水石膏吧
選擇普拉芙妲調合才能找到「驟雨水水石膏」，「驟雨水水石膏」主要缺少（魚貝類），所以需要通過普拉芙妲製作「釣竿」到湖邊點釣魚獲得，其次（水）可以在商業街上層位置破壞木桶獲得或者住宅區西南的取水處獲得；
製作「釣竿」所需材料含有「好像很美味的混合餌」，所以先去採集混合餌的原材料「維格麥粉」，「維格麥粉」需要採集「維格麥」才能解鎖製作，可以在商業區皮莉卡堂門口對面的木箱內獲得「維格麥」或在商業區的市場找到卡羅購買；
製作完釣竿獲取魚貝類素材完成製作「驟雨水水石膏」，之後觸發劇情奧利亞斯加入隊伍；
前往夢空秘石的所在地吧
傳送到尼爾森林到達目的地觸發劇情；
※現在開始可以通過原野上的橙色或藍色秘石，使用「驟雨水水石膏」或「陽光金綠柱石」改變天氣變化場景。
進入森林尋找拉米潔兒吧
在天晴的情況下到達尼爾森林東南處目的地觸發劇情；
◎神秘異空間
進入不可思議的空間看看吧
進入深處觸發劇情來到浪花堤跡；
探索神秘遺亦。尋找拉米潔兒吧
前往目的地觸發劇情；
邊操控天候邊前進吧
調查秘石更換天氣往目的地前進，在第三個區域永靜的舞臺觸發劇情進入戰鬥擊敗三個Lv30皇帝之鴿；
※地圖內可獲得採集道具的一些關鍵稀有素材可製作「割草鐮」。
前往更深處看看吧
到達海王的領域觸發劇情進入BOSS戰；
◎重逢?相遇?
打倒水龍吧
戰鬥進入戰鬥中操控天氣教學並且利用這點消滅Lv37絕海霸王；
BOSS中途會有靈氣保護，破防靈氣之後直接使用技能倍率傷害快速解決；
返回洛伊提爾吧
劇情後將回到洛伊提爾；第二部分主線結束。