《苏菲的炼金工房2》为《苏菲的炼金工房 ～不可思议书的炼金术士～》的续作，主线攻略按照本作「行程表」内的主要剧情行数序列进行编写，如有卡关情况可针对剧情片段进行排查。
◎追寻拉米洁儿
找卡蒂打听详情吧
回到洛伊提尔-水晶光辉亭触发剧情；
去皮莉卡堂逛逛再返回炼金工房吧
快速传送到皮莉卡堂触发剧情；
剧情后直接回工房；
构思阳光金绿柱石的配方吧
按下十字键←进入构思配方找到「阳光金绿柱石」，根据要求解锁「阳光金绿柱石」；
早上时间传送到梦之大树位置，到达树前调查，完成「在梦之大树最高处晒太阳」这个条件；
到风抚平原消灭两个蓝噗尼完成；
调合阳光金绿柱石吧
完成的条件后，回到工房解锁「阳光金绿柱石」；
调合「阳光金绿柱石」主要用到火岩石素材，可以在风抚平原-爽风原野西北有绿噗尼处地方采取获得；
※如果你缺主线所需的素材可查看大地图标记的小旗位置，前往采集即可。
◎改变天候
构思骤雨水石膏的配方吧
制作完「阳光金绿柱石」后构思配方加入普拉芙妲，完成普拉芙妲构思配方的「骤雨水水石膏」;
传送到洛伊提尔-住宅区前往目的地调查，然后回到工房解锁「骤雨水水石膏」；
调合骤雨水石膏吧
选择普拉芙妲调合才能找到「骤雨水水石膏」，「骤雨水水石膏」主要缺少（鱼贝类），所以需要通过普拉芙妲制作「钓竿」到湖边点钓鱼获得，其次（水）可以在商业街上层位置破坏木桶获得或者住宅区西南的取水处获得；
制作「钓竿」所需材料含有「好像很美味的混合饵」，所以先去采集混合饵的原材料「维格麦粉」，「维格麦粉」需要采集「维格麦」才能解锁制作，可以在商业区皮莉卡堂门口对面的木箱内获得「维格麦」或在商业区的市场找到卡罗购买；
制作完钓竿获取鱼贝类素材完成制作「骤雨水水石膏」，之后触发剧情奥利亚斯加入队伍；
前往梦空秘石的所在地吧
传送到尼尔森林到达目的地触发剧情；
※现在开始可以通过原野上的橙色或蓝色秘石，使用「骤雨水水石膏」或「阳光金绿柱石」改变天气变化场景。
进入森林寻找拉米洁儿吧
在天晴的情况下到达尼尔森林东南处目的地触发剧情；
◎神秘异空间
进入不可思议的空间看看吧
进入深处触发剧情来到浪花堤迹；
探索神秘遗亦。寻找拉米洁儿吧
前往目的地触发剧情；
边操控天候边前进吧
调查秘石更换天气往目的地前进，在第三个区域永静的舞台触发剧情进入战斗击败三个Lv30皇帝之鸽；
※地图内可获得采集道具的一些关键稀有素材可制作「割草镰」。
前往更深处看看吧
到达海王的领域触发剧情进入BOSS战；
◎重逢?相遇?
打倒水龙吧
战斗进入战斗中操控天气教学并且利用这点消灭Lv37绝海霸王；
BOSS中途会有灵气保护，破防灵气之后直接使用技能倍率伤害快速解决；
返回洛伊提尔吧
剧情后将回到洛伊提尔；第二部分主线结束。