受控避難所，即由避難所居民所控制的避難所，避難所內的規則由居民自己定義，沒有被設計用於社會實驗
在輻射世界裡全部已知的122避難所裡，只有17個是受控避難所，目前有據可查的共有4個
0號避難所
0號避難所位於科羅拉多州的夏延山脈，計劃容納10萬人，是所有避難所裡最大的一個
0號避難所是整個避難所網絡的核心，保存了所有的尖端科技，同時還在低溫條件下保存了許多戰前最偉大天才的大腦，這些大腦與一臺名為“Calculator”的超級計算機相連，並通過強大的AI技術培養其他避難所的居民
可以說0號避難所就是一搜諾亞方舟，承載了戰後復興的希望
3號避難所
3號避難所位於內華達州拉斯維加斯南部，是理想的戰前社會
這個避難所的設定是十年後開啟並進行地面重建，但居民們害怕外界的危險選擇將它永久關閉
在一次洪災中，避難所開始漏水，居民被迫打開避難所大門，起初他們與外界有正常的交易和往來，但不久惡魔幫就盯上了這裡，因為避難所裡沒有任何防禦設施，裡面的居民很輕易就被惡魔幫屠殺殆盡，最後他們佔領了這裡
8號避難所
8號避難所位於內華達州北部，設計容納人數為1000人
8號避難所從某種意義上來說是最成功的避難所，居民們利用G.E.C.K.創造出來巨大的地下掩體城市，避難所本體被棄用，只有一個孤僻的口吃負責看守指令中心
當避難所電腦發出外界輻射清除的指令後，8號避難所的大門被打開，裡面的居民還開拓了地面殖民地
76號避難所
76號避難所位於阿巴拉契亞山脈的大森林區，計劃可容納500人
76號避難所在建造時出現過一個小插曲，避難所科技公司的Giles Wolstencroft在檢查施工時，遭到了外星人的綁架
76號避難所的監管者還有一個秘密任務，即確保附近的3個核彈發射井可以正常使用