受控避难所，即由避难所居民所控制的避难所，避难所内的规则由居民自己定义，没有被设计用于社会实验
在辐射世界里全部已知的122避难所里，只有17个是受控避难所，目前有据可查的共有4个
0号避难所
0号避难所位于科罗拉多州的夏延山脉，计划容纳10万人，是所有避难所里最大的一个
0号避难所是整个避难所网络的核心，保存了所有的尖端科技，同时还在低温条件下保存了许多战前最伟大天才的大脑，这些大脑与一台名为“Calculator”的超级计算机相连，并通过强大的AI技术培养其他避难所的居民
可以说0号避难所就是一搜诺亚方舟，承载了战后复兴的希望
3号避难所
3号避难所位于内华达州拉斯维加斯南部，是理想的战前社会
这个避难所的设定是十年后开启并进行地面重建，但居民们害怕外界的危险选择将它永久关闭
在一次洪灾中，避难所开始漏水，居民被迫打开避难所大门，起初他们与外界有正常的交易和往来，但不久恶魔帮就盯上了这里，因为避难所里没有任何防御设施，里面的居民很轻易就被恶魔帮屠杀殆尽，最后他们占领了这里
8号避难所
8号避难所位于内华达州北部，设计容纳人数为1000人
8号避难所从某种意义上来说是最成功的避难所，居民们利用G.E.C.K.创造出来巨大的地下掩体城市，避难所本体被弃用，只有一个孤僻的口吃负责看守指令中心
当避难所电脑发出外界辐射清除的指令后，8号避难所的大门被打开，里面的居民还开拓了地面殖民地
76号避难所
76号避难所位于阿巴拉契亚山脉的大森林区，计划可容纳500人
76号避难所在建造时出现过一个小插曲，避难所科技公司的Giles Wolstencroft在检查施工时，遭到了外星人的绑架
76号避难所的监管者还有一个秘密任务，即确保附近的3个核弹发射井可以正常使用