後來，【引導者】們來到了這座城市，把城市之核的輸能線路連接到8個基座上，形成了希望市。同時，他們為這座城市的機器人寫入了名為【啟示錄代碼】的特別指令。根據代碼記載，希望市被雨水毀滅後，所有人類都放棄了這裡，然而卻有一位擁有人類外表的引導者回到了這裡，她激活了休眠中的基座，拯救了所有被遺忘的機器人。
還有少量只有【管理機器人】才有權限看到的【隱藏代碼】——引導者憐憫機器人，想給沒有故鄉、對土地沒有眷戀的它們一個【可以回去的地方】，名字叫做【永無鄉】。
到了2006年，希望市誕生了一對雙生【源】，為一度乾旱的城市帶來了充沛的雨水。她們能量互相抑制，看起來與常人無異，因此允許被帶回居住區撫養。
十年後，雨季將至，姐姐法莉去世，根據協議，妹妹洛可被接到研究所的緊閉室控制起來，以免能量失控。在那裡，人們稱她【W-02】，但她從未說過話。唯一可以和她直接接觸的Dr.S忙於研發，只是偶爾看到她會想起自己死去的女兒。
研究所找出洩洪裝置【太陽碑】的圖紙，生產並運送數以百計的太陽碑至城市各角落。然而，太陽碑只是退水裝置，只能為研究所爭取時間來研發真正能夠控制降雨的【藍光中心】。
三週後，小雨變成了大雨，藍光中心啟動失敗，【月亮碑】無法投入使用，一旦太陽碑耗盡電力，城市就會被雨水吞沒。
暴雨，黃色預警。
城市管理委員會提出擊斃洛可，但這樣會讓失去容器的能量瘋狂釋放，城市很快就會被雨水徹底摧毀。
在數次溝通後，更早研究過源的大陸科學家建議將洛可封入冷凍密封艙。雙方達成一致，認為如果生命容器永久沉睡，那麼能量也會停止釋放。
暴雨，橙色警報。
無數次嘗試後，藍光中心仍然無法啟動。10天的緩衝期過後，研究所還是失敗了，洛可緊緊拽著爸爸央求許久才送進來的熊玩偶，被送往了密封艙，零下196度的低溫會讓她陷入假死狀態。
洛可沒有抗拒，直到彌留之際，她說了一句：“法莉，我來了。”
被封印後的第二天，降水量未見減少。
暴雨，紅色警報。
一週裡，瘋狂的暴雨傾瀉而下，城市管理委員會對全市居民下達了撤離指令。Dr.S來到緊閉室，密封艙裡只剩下漂浮的小熊，他為當初沒有陪伴和安慰她而悔恨不已。
他突然意識到，能夠控制源的根本不是什麼機器，而是源自身的願望，如果她真心希望看到晴天的話，降雨可能就會得到最好的控制。
暴雨。
除了Dr.S以外的居民都已經撤離到一峽相隔的大陸地區。根據古文獻記載，在城市瀕臨毀滅的時候，開啟所有的遺蹟機器人，並在【光之法典】前獻出城市裡的最後一個人類，就能喚醒沉睡在永無鄉的源。
Dr.S決定去贖罪。
於是遊戲開始，覺醒後的洛可回到了這座城市，在機器人的指引下，收集了所有芯，激活了8個基座，通過光之門，來到了城市之核。8種不同的能量流入城市之核，已經超過了儲能極限。
管理機器人告訴她：“這場雨既是由你身為源時親手引發的事件，也將在城市之核的推動下，由你親手結束。源之雨水，獻出你全部的能量吧。”
而隱藏代碼的最後一句是：源之雙子終將在城市之核中重聚。
由此推測，姐姐法莉當時可能並沒有完全消失，而是作為能量存在於城市之核中；洛可被冰凍後處於假死狀態，因此並未和姐姐一樣進入到城市之核中，而是沉睡在了永無鄉。直到她被喚醒，最終和姐姐的能量匯合，一起推動著希望市化作一艘飛船，飛向了永無鄉，一座永遠不會下雨、永遠風和日麗的城市，一座人類和機器人平等共存的城市，一座會對機器人們露出笑臉的城市。
但到了最後，能感覺到主線有點不清楚，17封信件裡都沒有任何鋪墊表示最後要拯救的是機器人；人類和機器人的關係、人類和引導者的關係都沒有闡明；最後也沒搞懂希望市被雨淹沒是引導者的安排還是他們的預知。