后来，【引导者】们来到了这座城市，把城市之核的输能线路连接到8个基座上，形成了希望市。同时，他们为这座城市的机器人写入了名为【启示录代码】的特别指令。根据代码记载，希望市被雨水毁灭后，所有人类都放弃了这里，然而却有一位拥有人类外表的引导者回到了这里，她激活了休眠中的基座，拯救了所有被遗忘的机器人。
还有少量只有【管理机器人】才有权限看到的【隐藏代码】——引导者怜悯机器人，想给没有故乡、对土地没有眷恋的它们一个【可以回去的地方】，名字叫做【永无乡】。
到了2006年，希望市诞生了一对双生【源】，为一度干旱的城市带来了充沛的雨水。她们能量互相抑制，看起来与常人无异，因此允许被带回居住区抚养。
十年后，雨季将至，姐姐法莉去世，根据协议，妹妹洛可被接到研究所的紧闭室控制起来，以免能量失控。在那里，人们称她【W-02】，但她从未说过话。唯一可以和她直接接触的Dr.S忙于研发，只是偶尔看到她会想起自己死去的女儿。
研究所找出泄洪装置【太阳碑】的图纸，生产并运送数以百计的太阳碑至城市各角落。然而，太阳碑只是退水装置，只能为研究所争取时间来研发真正能够控制降雨的【蓝光中心】。
三周后，小雨变成了大雨，蓝光中心启动失败，【月亮碑】无法投入使用，一旦太阳碑耗尽电力，城市就会被雨水吞没。
暴雨，黄色预警。
城市管理委员会提出击毙洛可，但这样会让失去容器的能量疯狂释放，城市很快就会被雨水彻底摧毁。
在数次沟通后，更早研究过源的大陆科学家建议将洛可封入冷冻密封舱。双方达成一致，认为如果生命容器永久沉睡，那么能量也会停止释放。
暴雨，橙色警报。
无数次尝试后，蓝光中心仍然无法启动。10天的缓冲期过后，研究所还是失败了，洛可紧紧拽着爸爸央求许久才送进来的熊玩偶，被送往了密封舱，零下196度的低温会让她陷入假死状态。
洛可没有抗拒，直到弥留之际，她说了一句：“法莉，我来了。”
被封印后的第二天，降水量未见减少。
暴雨，红色警报。
一周里，疯狂的暴雨倾泻而下，城市管理委员会对全市居民下达了撤离指令。Dr.S来到紧闭室，密封舱里只剩下漂浮的小熊，他为当初没有陪伴和安慰她而悔恨不已。
他突然意识到，能够控制源的根本不是什么机器，而是源自身的愿望，如果她真心希望看到晴天的话，降雨可能就会得到最好的控制。
暴雨。
除了Dr.S以外的居民都已经撤离到一峡相隔的大陆地区。根据古文献记载，在城市濒临毁灭的时候，开启所有的遗迹机器人，并在【光之法典】前献出城市里的最后一个人类，就能唤醒沉睡在永无乡的源。
Dr.S决定去赎罪。
于是游戏开始，觉醒后的洛可回到了这座城市，在机器人的指引下，收集了所有芯，激活了8个基座，通过光之门，来到了城市之核。8种不同的能量流入城市之核，已经超过了储能极限。
管理机器人告诉她：“这场雨既是由你身为源时亲手引发的事件，也将在城市之核的推动下，由你亲手结束。源之雨水，献出你全部的能量吧。”
而隐藏代码的最后一句是：源之双子终将在城市之核中重聚。
由此推测，姐姐法莉当时可能并没有完全消失，而是作为能量存在于城市之核中；洛可被冰冻后处于假死状态，因此并未和姐姐一样进入到城市之核中，而是沉睡在了永无乡。直到她被唤醒，最终和姐姐的能量汇合，一起推动着希望市化作一艘飞船，飞向了永无乡，一座永远不会下雨、永远风和日丽的城市，一座人类和机器人平等共存的城市，一座会对机器人们露出笑脸的城市。
但到了最后，能感觉到主线有点不清楚，17封信件里都没有任何铺垫表示最后要拯救的是机器人；人类和机器人的关系、人类和引导者的关系都没有阐明；最后也没搞懂希望市被雨淹没是引导者的安排还是他们的预知。