额外新增的病原体:N蠕虫、N丧尸、猩猩流感、暗影瘟疫。
还有不同场景下的官方自定义玩家自定义等。基础病原体无法使用自定义。
A、细菌:最为基础的，和之前没什么两样。最多走大道项链增加一个可以多段跳的词条，出图收回；走双下水道项链增加一个毒回血or免疫毒的词条，出图收回。
B、病毒:1细胞及以上可选，无法主动选择变异，变异数量上限+1。
C、真菌:1细胞及以上可选，无法使用地图且无法走回头路，变异数量上限+2。
D、寄生虫:2细胞及以上可选，飞头无冷却，主副武器禁止使用，蜘蛛符文时不时失效，变异数量上限-1。
E、阮病毒:3细胞及以上可选，第一个Boss前无卷轴(但碎片+1/+2/+3)，第二个Boss前碎片ⅹ2，卷轴恢复正常，第三个Boss时，若主卷轴少于总卷轴数的7分之5，则把最少的卷轴全部转化成主卷轴。之后，则无卷轴和碎片。
F、纳米病毒:4细胞及以上可选，休息区(如商店、两图之间休息区、剧情房等)怪物也会攻击，而且所有怪物都无攻击前摇和后摇，无攻击提示(就算开了也没有)，细胞人自动吸怪。且细胞人无法使用红绿武器技能和选择变异(变异固定为免死一次，脱离战线，冷血无情，初始就有)。
G、***:4细胞及以上可选，细胞人会不断掉血，没有黄血时间也没有一血保护，所有盾和茧都无法使用，禁止走绿流，金武只会刷4倍且所有怪物都是精英。Boss白给红圈不消失，地火速度ⅹ2，大眼召唤触手增多，天女散花增多，虫母所有攻击无前后摇无感叹号，攻速ⅹ2，稻草人在地底时间ⅹ2，两边蘑菇变食人花，无攻击前后摇，巨人所有阶段都有落石且无攻击提示和攻击前后摇，眼晴露出时间减少一半，王手投弹速度ⅹ2数量ⅹ2，旗子数量ⅹ2等侍时间减少一半，两旁无冰台，陷阱区域变大，收藏家免疫所有负面状态(如流血燃烧中毒等)，无攻击前后摇无感叹号，地石+炸弹会和别的攻击一同出现，换到最终间之后不会再换房间，强制细胞人1血。【女王的不知道所以不算】
新增病原体:
N蠕虫:飞头无冷却无距离限制，且主副武器禁止使用，蜘蛛符文可爬顶(即细胞人可趴在天花板上)，放置形陷阱攻击提升至400%(无副作用)，烟雾弹时间延长至1000%(但隐身期间无法飞头)。
N丧尸:每个图都有提灯怪，只有击杀复活的怪物才算杀敌数，只有击杀复活的Boss两次才算通关，且复活的怪物可变为精英怪，复活的精英怪会再次复活，普通怪只会复活一次，建议在5细胞疫病快满时游玩。
猩猩流感:细胞人召唤物攻击力提升，能召唤衍生物的怪物(如蜘蛛、宿主僵、墓地僵等)和小怪物(如自爆蝠、蝙蝠、飞咬虫、病原虫等)攻速和攻击力ⅹ2。茧失效，且所有小怪或Boss在生命低于15%(Boss低于7%)将要被处决或击杀前都有一次全方位抵挡细胞人攻击的机会，且下一击对细胞人来说没有1血保护(即触发全方位防御的怪下一击可秒杀细胞人)。大眼散花次数增加层数增加，触手数量增加且都变为精英(可能会掉金武且只有在本房间才能使用)，触手和本体可以一同行动(即半次性台子变为实心台子，召唤触手时没有无敌时间)。群攻技能禁止使用，且紫流失效(失效的意思是，可选择紫卷，但只增加生命不增加攻击)。
暗影瘟疫:最高卷轴失效(只加生命不加攻击)，金武吃剩下两卷轴(若三卷相同则吃紫绿)，普通武器全变为无色，只吃最低卷轴(若三卷相同则吃紫)。那最高卷轴有何用？给Boss加成:红卷多，Boss近战攻击提升攻速变快可秒杀细胞人；紫卷多，Boss远程攻击提升攻速变快，且尽量不和细胞人接触；绿卷多，Boss生命提升且所有攻击都无前后摇，无感叹号。给细胞人召唤物加成:红卷多，夜歌几卷持续+几秒，攻击力攻速提升；紫卷多，鸟狂暴时间ⅹ2，且40卷以上可持续狂暴；绿卷多，蘑菇自爆范围一卷+1，且40卷以上可爆全图(可秒Boss)，使用自爆后冷却为变为666秒，再次使用后冷却变为2333秒，第三次使用后蘑菇永久消失(除非开新档否则蘑菇图纸无法获得，且新档蘑菇图纸细胞花费ⅹ100，且一次只能投一颗细胞)。
场景:(有些不记得了所以只讲我记得的)
谣传:所有怪物都有位移或瞬移(包括远程怪)，细胞人位移系技能失效(如羽毛、位移、极速、投枪传送)，藤蔓符文/牧羊符文/蜘蛛符文失效，需要用到这些符文的地方会有传送。怪物只能被摔死或者被陷阱/放置型技能杀死，其它方式无法杀死怪物。打收藏家时，细胞人不会和Boss一同传送，请主动选择传送点；打虫母等会钻地的，请主动使用传送攻击其本体(此时武器可生效)。
天花:无法主动选择变异且无法更换变异，红紫绿变为一卷加成20%攻击，只有共10卷的三色卷轴(初始就有且后续无三色且都双色卷)，3细胞及以上无碎片，5细胞除了正常疫病之外，细胞人被攻击额外增加一格疫病，且若细胞人因被攻击疫病满后则强制掉血至10%(此时脱离战线不生效)，若细胞人在疫病满后被攻击，则之前获得的卷轴全部排出(即被攻击后吃了几卷吐几卷)，不在10s内全部捡起则卷轴消失无法再次获得。主卷轴35卷后免疫此效果。
圣诞节快乐:细胞人在此场景下，穿反向小偷装束或雪人装束获得隐身效果(可持续全程)，怪物不会主动攻击你且只有在攻击期间怪物才会注意到你才会发动反击(就算你A一下，怪物发现你了，你不A下一击怪物还是不会打你，但会跟着你)。为平衡，所有怪物攻击无前后摇且后背免疫任何攻击(无视防御的除外)，所有放置型技能失效，处决失效，一血保护失效，所有怪物均可一击秒杀细胞人。群攻系技能和持续型技能禁止使用。