1620年11月11日，五月花號客船滿載著102名乘客抵達馬薩諸塞州東南部的鱈魚角。船上的乘客受到殖民公司不實宣傳的哄騙，懷抱著建立建立清教徒樂土的希望，從英國普利茅斯出發，經歷66天的艱苦航程，被風暴逼停在此處。十幾年後，這批移民已經逐漸適應了新大陸的生活，定居點也擴大並且穩定下來，也有越來越多的人出於經濟利益或者其他原因來到這裡，加入殖民地生活。
新移民在帶來人口和生機的同時也把清教之外的“異端邪說”帶到了這片“山巔之國”，不同教派之間的矛盾越來越多。更重要的是，只有清教徒才能參選馬薩諸塞政府的公職人員，這就導致其他教派信徒的精神世界與世俗世界同時面臨挑戰，不少人於是選擇了離開，康涅狄格殖民地和後來的羅德島殖民地因此建立了起來。
然而，一位名叫安妮哈欽森的女士選擇了留下抗爭，她不僅在家裡為其他家庭婦女佈道，還走出家門與當權者當面辯論，提出當時教會中絕大多數牧師都不是被神選中的，因此無權擔任神職和公職。安妮的思想在馬薩諸塞迅速傳播，這樣殖民地出現了極為嚴重的信仰危機，在這樣的背景下，1636年10月28日，馬薩諸塞州議會同意分期撥款400英鎊以建立一所“學校或學院”，從而為從文法學校畢業的學生提供進一步的教育，而教育的目的就是樹立正統的清教教義並培養神職人員。
1638年，學校正式運營，當年9月，約翰·哈佛（John Harvard）牧師在去世前將一半的遺產和全部藏書贈與這所學院，於是，哈佛學院這個這個在後世響徹寰宇的名字正式登上了歷史的舞臺。
哈佛校園中的約翰·哈佛塑像（哈佛去世多年後鑄造的，模特並非哈佛本人）
正所謂萬事開頭難，1638年夏天，年僅27歲的納撒尼爾·伊頓（Nathaniel Eaton）被任命為新學院的首位教授，並負責給大約10名學生上課及管理財務，而他的妻子負責為這些學生提供伙食。然而，這位從劍橋三一學院退學的伊頓顯然是名不合格的管理者和教育者，他的教學質量引起學生的不滿，還曾經毆打助手，而他的妻子也只給學生提供一些酸麵包之類的劣質食物，這一切都導致了他於1639年9月被學校解職，全部學生被遣散回家，剛滿週歲的哈佛學院也關門大吉，靜靜地等待著它真正的主人。
1640年8月，同樣畢業於劍橋的亨利·鄧斯特（Henry Dunster）在抵達新大陸三週後就被任命為哈佛的首位校長，從招攬學生開始，鄧斯特全權掌管哈佛的教學、管理與學生生活，正是在他的領導下，哈佛踏上了康莊大道。
鄧斯特最初以牛津和哈佛大學的參考，為學校設計了為期三年的文學學士課程，內容包括哲學（包括邏輯、倫理與政治）、古典語言與文學，以及最粗淺的歷史、物理、植物學、天文學知識。後來，這一課程被擴展至四年，加上了一年的預備階段，這一階段的主要任務是幫助學生鞏固拉丁語與希臘語，這也是當時在哈佛求學最重要的兩種語言：當時還沒死掉的拉丁語是教學與溝通的語言，而基本的希臘語是入學的必要條件，這樣的要求將大多數未受過教育的手工業者的孩子排除在學校大門以外。此外，為了研究新約等宗教典籍，希伯來語、迦勒底語和古敘利亞語也是課程的一部分。
當時的授課形式主要有講座、演說和辯論三種。講座即教師對一命題進行細緻入裡的口頭分析或對經典著作進行述評，學生的任務就是將內容記錄下來並牢記；演說是學生展示自己口才的機會，強調辭藻華麗與引經據典；而論辯則是立場不同的學生之間的唇槍舌劍，雙方旁徵博引並攻擊對手的邏輯漏洞。這些授課形式的背後，是枯燥的學習方法，即背誦與摘抄。
教育的終極目的也影響到了學生的課餘生活，當時哈佛學生都是男孩子，入學年齡不過16、7歲，大多來自富足的清教徒家庭。這些少爺們在學校被嚴格約束，必須遵守各項規章制度，也不得隨意遠行，集體化的生活方式在這時已經形成，而1642年“Old College”教學樓的投入使用，教室、圖書館、活動室、餐廳、廚房、4人間宿舍都被容納在這棟四層小樓中，教師、職工與學生同吃同住同勞動，以便更好地監督和教育學生。
1642年，哈佛首屆畢業生只有9人，而當鄧斯特於1654年辭去校長職務時，全校已經有了50名學生。鄧斯特治下的這15年，為哈佛未來的發展打下了良好的基礎，也為其他殖民地學校的創建提供了榜樣。
哈佛大學於1650年正式獲得的委任狀
在哈佛建校後的半個世紀裡，新大陸吸引了世界各地的移民，來自蘇格蘭、德國、荷蘭、法國甚至非洲的移民帶著不同的宗教信仰來到了這裡，基督教各大流派的信徒割據四方，地方主義和宗派主義成為今後很長一段時期的重要影響因素。
地方之間的競爭成為耶魯誕生的必要條件。早在1660年，康涅狄格州的清教徒就計劃建立起一所足以與哈佛分庭抗禮的學院，但最終因為缺少生源而作罷，而更深層次的原因在於康州作為新興殖民地，定居點密度過低，無法形成規模效應。當時，有志於在高等學院進修的修士寧願遠赴哈佛。
1700年，經過多年發展的康州在殖民地總督的領導下再次籌備高等學院，最終在1701年10月9日，與哈佛齊名三個世紀的耶魯開始了自己的傳奇歷程。耶魯的校址起初定在Saybrook，然而首任校長兼唯一教師亞伯拉罕·皮爾森（Abraham Pierson）並不願意搬離他所居住的Killingsworth，因此，最早的耶魯學子都是去校長家裡學習。而就在建校後的第二年，就有一位飽讀詩書的學生同時獲得了耶魯歷史上的第一個學士和碩士學位。
5年後，隨著皮爾森的去世，耶魯終於得以在Saybrook校區開展教學，然而同樣的問題又很快出現了。隨著學生規模擴大，各門課程由不同的老師任教，而許多老師依然不願意從自己家中來到Saybrook。這樣的矛盾在1716年達到頂點，當時學生們分為三派，各自追隨自己的老師分散在Wethersfield、 New Haven、以及Saybrook，為了爭取自己的“正統地位”，紐黑文（New Haven）建起了一幢滿足全校需要的教學樓，從而在競爭中脫穎而出，說服委員會將學校遷至如今的校址。
與哈佛一樣，耶魯也是因捐贈人而得名，1718年，在印度經商發家的Elihu Yale先生將包括書籍和印度特產在內的禮物贈送給當時的“學院學校（Collegiate School）”，後者從此更名為耶魯，同時，耶魯也迎來了自己的第一位駐校校長蒂莫西·卡特勒（Timothy Cutler），正是在他的帶領下，耶魯這個後起之秀一步步趕上了哈佛的步伐。
下一期，講講殖民地時期另外七所高校的建校故事，以及獨立戰爭前後美國大學的發展~