1620年11月11日，五月花号客船满载着102名乘客抵达马萨诸塞州东南部的鳕鱼角。船上的乘客受到殖民公司不实宣传的哄骗，怀抱着建立建立清教徒乐土的希望，从英国普利茅斯出发，经历66天的艰苦航程，被风暴逼停在此处。十几年后，这批移民已经逐渐适应了新大陆的生活，定居点也扩大并且稳定下来，也有越来越多的人出于经济利益或者其他原因来到这里，加入殖民地生活。
新移民在带来人口和生机的同时也把清教之外的“异端邪说”带到了这片“山巅之国”，不同教派之间的矛盾越来越多。更重要的是，只有清教徒才能参选马萨诸塞政府的公职人员，这就导致其他教派信徒的精神世界与世俗世界同时面临挑战，不少人于是选择了离开，康涅狄格殖民地和后来的罗德岛殖民地因此建立了起来。
然而，一位名叫安妮哈钦森的女士选择了留下抗争，她不仅在家里为其他家庭妇女布道，还走出家门与当权者当面辩论，提出当时教会中绝大多数牧师都不是被神选中的，因此无权担任神职和公职。安妮的思想在马萨诸塞迅速传播，这样殖民地出现了极为严重的信仰危机，在这样的背景下，1636年10月28日，马萨诸塞州议会同意分期拨款400英镑以建立一所“学校或学院”，从而为从文法学校毕业的学生提供进一步的教育，而教育的目的就是树立正统的清教教义并培养神职人员。
1638年，学校正式运营，当年9月，约翰·哈佛（John Harvard）牧师在去世前将一半的遗产和全部藏书赠与这所学院，于是，哈佛学院这个这个在后世响彻寰宇的名字正式登上了历史的舞台。
哈佛校园中的约翰·哈佛塑像（哈佛去世多年后铸造的，模特并非哈佛本人）
正所谓万事开头难，1638年夏天，年仅27岁的纳撒尼尔·伊顿（Nathaniel Eaton）被任命为新学院的首位教授，并负责给大约10名学生上课及管理财务，而他的妻子负责为这些学生提供伙食。然而，这位从剑桥三一学院退学的伊顿显然是名不合格的管理者和教育者，他的教学质量引起学生的不满，还曾经殴打助手，而他的妻子也只给学生提供一些酸面包之类的劣质食物，这一切都导致了他于1639年9月被学校解职，全部学生被遣散回家，刚满周岁的哈佛学院也关门大吉，静静地等待着它真正的主人。
1640年8月，同样毕业于剑桥的亨利·邓斯特（Henry Dunster）在抵达新大陆三周后就被任命为哈佛的首位校长，从招揽学生开始，邓斯特全权掌管哈佛的教学、管理与学生生活，正是在他的领导下，哈佛踏上了康庄大道。
邓斯特最初以牛津和哈佛大学的参考，为学校设计了为期三年的文学学士课程，内容包括哲学（包括逻辑、伦理与政治）、古典语言与文学，以及最粗浅的历史、物理、植物学、天文学知识。后来，这一课程被扩展至四年，加上了一年的预备阶段，这一阶段的主要任务是帮助学生巩固拉丁语与希腊语，这也是当时在哈佛求学最重要的两种语言：当时还没死掉的拉丁语是教学与沟通的语言，而基本的希腊语是入学的必要条件，这样的要求将大多数未受过教育的手工业者的孩子排除在学校大门以外。此外，为了研究新约等宗教典籍，希伯来语、迦勒底语和古叙利亚语也是课程的一部分。
当时的授课形式主要有讲座、演说和辩论三种。讲座即教师对一命题进行细致入里的口头分析或对经典著作进行述评，学生的任务就是将内容记录下来并牢记；演说是学生展示自己口才的机会，强调辞藻华丽与引经据典；而论辩则是立场不同的学生之间的唇枪舌剑，双方旁征博引并攻击对手的逻辑漏洞。这些授课形式的背后，是枯燥的学习方法，即背诵与摘抄。
教育的终极目的也影响到了学生的课余生活，当时哈佛学生都是男孩子，入学年龄不过16、7岁，大多来自富足的清教徒家庭。这些少爷们在学校被严格约束，必须遵守各项规章制度，也不得随意远行，集体化的生活方式在这时已经形成，而1642年“Old College”教学楼的投入使用，教室、图书馆、活动室、餐厅、厨房、4人间宿舍都被容纳在这栋四层小楼中，教师、职工与学生同吃同住同劳动，以便更好地监督和教育学生。
1642年，哈佛首届毕业生只有9人，而当邓斯特于1654年辞去校长职务时，全校已经有了50名学生。邓斯特治下的这15年，为哈佛未来的发展打下了良好的基础，也为其他殖民地学校的创建提供了榜样。
哈佛大学于1650年正式获得的委任状
在哈佛建校后的半个世纪里，新大陆吸引了世界各地的移民，来自苏格兰、德国、荷兰、法国甚至非洲的移民带着不同的宗教信仰来到了这里，基督教各大流派的信徒割据四方，地方主义和宗派主义成为今后很长一段时期的重要影响因素。
地方之间的竞争成为耶鲁诞生的必要条件。早在1660年，康涅狄格州的清教徒就计划建立起一所足以与哈佛分庭抗礼的学院，但最终因为缺少生源而作罢，而更深层次的原因在于康州作为新兴殖民地，定居点密度过低，无法形成规模效应。当时，有志于在高等学院进修的修士宁愿远赴哈佛。
1700年，经过多年发展的康州在殖民地总督的领导下再次筹备高等学院，最终在1701年10月9日，与哈佛齐名三个世纪的耶鲁开始了自己的传奇历程。耶鲁的校址起初定在Saybrook，然而首任校长兼唯一教师亚伯拉罕·皮尔森（Abraham Pierson）并不愿意搬离他所居住的Killingsworth，因此，最早的耶鲁学子都是去校长家里学习。而就在建校后的第二年，就有一位饱读诗书的学生同时获得了耶鲁历史上的第一个学士和硕士学位。
5年后，随着皮尔森的去世，耶鲁终于得以在Saybrook校区开展教学，然而同样的问题又很快出现了。随着学生规模扩大，各门课程由不同的老师任教，而许多老师依然不愿意从自己家中来到Saybrook。这样的矛盾在1716年达到顶点，当时学生们分为三派，各自追随自己的老师分散在Wethersfield、 New Haven、以及Saybrook，为了争取自己的“正统地位”，纽黑文（New Haven）建起了一幢满足全校需要的教学楼，从而在竞争中脱颖而出，说服委员会将学校迁至如今的校址。
与哈佛一样，耶鲁也是因捐赠人而得名，1718年，在印度经商发家的Elihu Yale先生将包括书籍和印度特产在内的礼物赠送给当时的“学院学校（Collegiate School）”，后者从此更名为耶鲁，同时，耶鲁也迎来了自己的第一位驻校校长蒂莫西·卡特勒（Timothy Cutler），正是在他的带领下，耶鲁这个后起之秀一步步赶上了哈佛的步伐。
下一期，讲讲殖民地时期另外七所高校的建校故事，以及独立战争前后美国大学的发展~