在英國各個殖民地的學院建設事業如火如荼開展的同時，法國也越發看中北美大陸蘊藏的物質寶藏和宗教意義，不斷染指英國的勢力範圍，英法雙方和當地易洛等魁部落隨之開展了持續多年的戰爭。1763年，隨著巴黎和約的簽訂，法國徹底放棄了北美大陸的利益，將已到手的殖民地分給了英國和西班牙。在這次戰爭中，英國雖然取得了最終的勝利，但一系列拉壯丁、戰爭稅等行為卻激怒了殖民地的居民，戰爭也暴露了英國在戰場上的軟弱無能。而且在被英國強徵共同抵抗法國的過程中，原本如同十三個獨立王國一樣的英屬殖民地第一次有了同仇敵愾、共同進退的感情，各地之間的聯繫更加緊密。更為重要的是，英國對戰爭期間殖民地與法國治下的西印度群島做生意等資敵行為十分不滿，收拾完法國後就要加緊對殖民地的管理和壓榨。而殖民地的擴大也讓英國政府需要更多的人力物力來防衛邊境上的印第安人，這些負擔自然又轉嫁到了殖民地自己身上。
在普通老百姓眼裡，誰收稅都是收稅，英國王室和殖民地議會的稅只有多少的區別，但對於殖民地上流階級來說，英國就是橫亙在在自己發財道路上的絆腳石，若能夠擺脫英國實現獨立，自己將更有可能實現進一步的階級躍遷，從納稅人變身收稅人。早在英法戰爭之前，渴望擺脫英國統治的上流階級成年人就整日通過報紙、法庭、經商來擴大自己的影響力，傳播北美獨立的思想，而他們的兒子則佔據了殖民地校園。在保皇黨眼裡，9所學院就如同9個反賊窩子，血氣方剛的年輕人們幾乎無一例外都是積極的獨立分子。
殖民地時期的大學雖然不像後來的高校一樣具有科研色彩，但已經是新思想傳播的陣地，一幫半大小子們整天混在一起，討論的除了女生可能就是政治。學生們在家中耳濡目染長輩高談闊論指點江山，在學校也有樣學樣地把洛克、孟德斯鳩掛在嘴邊，漸漸地，英國人變成了“他們”，而“我們”則指代“美利堅人”。學生們表達思想最重要的一個機會就是畢業典禮上的畢業辯論。1750年，新澤西學院的畢業生就國王權利的合法性展開辯論，1769年羅德島學院更是直接把英屬北美洲能否獨立作為畢業辯論的主題。在革命中心波士頓，哈佛的學生也激烈討論君主專制是否違背了人性和常理。
這麼勇的學生背後自然少不了校長的支持，正是眾多銳意進取的校長為獨立思想的傳播提供了土壤。 在哈佛耶魯等宗教色彩相對濃厚的校園中，校長往往由德高望重的牧師擔任，而除了英國聖公會之外的教派都樂於見到英國在北美失去統治地位。哈佛第九任校長愛德華·霍利奧克在當選校長當天的演講上就表示提出“所有形式的政府都源於人民……只要人民團體選擇做出改變，它們就可以改變”，在他長達三十二年任期中，哈佛走出了薩繆爾·亞當斯、約翰·漢考克這樣國父級的人物。新澤西學院第六任校長，蘇格蘭長老會的約翰·威瑟斯龐是獨立戰爭期間最重要的人物之一，在大陸議會中擔任重要職務，更是唯一一名在《獨立宣言》上簽名的大學校長和牧師。
公理會領導下的耶魯被後來的研究者成為“叛亂和共和主義的溫床”，學校第六任校長拿弗他利·達吉特在獨立戰爭前擔任了十一年校長，1779年，當英軍進攻紐黑文時，達吉特拿起武器反擊，卻被英軍俘虜被要求帶路，1780年，達吉特最終死在了英軍手中。而他的繼任者斯泰爾斯校長的小兒子則在戰爭中組織耶魯學生多次投入與英國的戰鬥。
說到學生，除了耶魯之外，哈佛學院、威廉瑪麗、新澤西學院等校的學生也都積極投身戰爭之中，甚至在戰爭之初還有專門的學生連。即使很多地方後來都免除了學生和老師的兵役義務，但仍有學生自發參與軍事行動。從1769到1782年，羅德島學院畢業的67名學生中有三分之一都作為士兵、牧師或者醫師加入大陸軍中。
大部分學校的選址都在本地的繁華地段，甚至是核心區域，因此在戰爭中，許多校園都被徵用作為軍營，甚至淪為戰場。羅德島學院在戰爭中先後被英軍和法軍徵用作為醫院和兵營，學校被迫關閉，一些學生被迫轉學到哈佛和耶魯完成學業。而耶魯學院也自身難保，1779年，紐黑文保衛戰爆發，英軍佔領了耶魯學院，學校在轉移過程中遺失了大量的圖書，學生也被迫分散到附近的三個城市學習，場景彷彿回到了建校之初。
要論受到戰爭破壞的嚴重程度，地處普林斯頓的新澤西學院當屬第一。1776年冬天，英軍佔領了校園，並把拿騷大樓作為兵營，並在附近構築了防禦陣地，而在次年1月，華盛頓指揮的大陸軍為了奪回陣地，下令炮擊拿騷大樓，在保衛普林斯頓的戰鬥中，新澤西學院的多名學生也犧牲於此。戰爭造成的破壞使得學生們直到多年後才得以回到這所標誌性建築中學習，而這座經過戰火洗禮的大樓在美國建國後也曾短暫地成為美國國會大樓。美國總統塔夫脫在論及新澤西學院為獨立戰爭做出的貢獻時，認為沒有哪個學習愛能享有普林斯頓一樣的榮耀，她在獨立戰爭中為國家的成立立下了汗馬功勞。
在九所學校中，國王大學是個異類。學校真的對得起自己的名字，學校領導是堅定的保皇黨。校長邁爾斯·庫珀是聖公會牧師，利用各種機會向學生宣傳放棄抵抗的思想，提出以英國的能力，統治十個這樣的美國也綽綽有餘，共和黨人最終將被人民拋棄，痛不欲生。1775年，國王學院的激進學生點燃火把，衝進校長的住所，要將校長淋上焦油和羽毛燒死，這時，一位國王學院的學生挺身而出，攔住了群情激奮的學生，為校長爭取到了逃跑的時間。但這位學生可不是什麼保皇黨，他的名字叫亞歷山大·漢密爾頓。