在英国各个殖民地的学院建设事业如火如荼开展的同时，法国也越发看中北美大陆蕴藏的物质宝藏和宗教意义，不断染指英国的势力范围，英法双方和当地易洛等魁部落随之开展了持续多年的战争。1763年，随着巴黎和约的签订，法国彻底放弃了北美大陆的利益，将已到手的殖民地分给了英国和西班牙。在这次战争中，英国虽然取得了最终的胜利，但一系列拉壮丁、战争税等行为却激怒了殖民地的居民，战争也暴露了英国在战场上的软弱无能。而且在被英国强征共同抵抗法国的过程中，原本如同十三个独立王国一样的英属殖民地第一次有了同仇敌忾、共同进退的感情，各地之间的联系更加紧密。更为重要的是，英国对战争期间殖民地与法国治下的西印度群岛做生意等资敌行为十分不满，收拾完法国后就要加紧对殖民地的管理和压榨。而殖民地的扩大也让英国政府需要更多的人力物力来防卫边境上的印第安人，这些负担自然又转嫁到了殖民地自己身上。
在普通老百姓眼里，谁收税都是收税，英国王室和殖民地议会的税只有多少的区别，但对于殖民地上流阶级来说，英国就是横亘在在自己发财道路上的绊脚石，若能够摆脱英国实现独立，自己将更有可能实现进一步的阶级跃迁，从纳税人变身收税人。早在英法战争之前，渴望摆脱英国统治的上流阶级成年人就整日通过报纸、法庭、经商来扩大自己的影响力，传播北美独立的思想，而他们的儿子则占据了殖民地校园。在保皇党眼里，9所学院就如同9个反贼窝子，血气方刚的年轻人们几乎无一例外都是积极的独立分子。
殖民地时期的大学虽然不像后来的高校一样具有科研色彩，但已经是新思想传播的阵地，一帮半大小子们整天混在一起，讨论的除了女生可能就是政治。学生们在家中耳濡目染长辈高谈阔论指点江山，在学校也有样学样地把洛克、孟德斯鸠挂在嘴边，渐渐地，英国人变成了“他们”，而“我们”则指代“美利坚人”。学生们表达思想最重要的一个机会就是毕业典礼上的毕业辩论。1750年，新泽西学院的毕业生就国王权利的合法性展开辩论，1769年罗德岛学院更是直接把英属北美洲能否独立作为毕业辩论的主题。在革命中心波士顿，哈佛的学生也激烈讨论君主专制是否违背了人性和常理。
这么勇的学生背后自然少不了校长的支持，正是众多锐意进取的校长为独立思想的传播提供了土壤。 在哈佛耶鲁等宗教色彩相对浓厚的校园中，校长往往由德高望重的牧师担任，而除了英国圣公会之外的教派都乐于见到英国在北美失去统治地位。哈佛第九任校长爱德华·霍利奥克在当选校长当天的演讲上就表示提出“所有形式的政府都源于人民……只要人民团体选择做出改变，它们就可以改变”，在他长达三十二年任期中，哈佛走出了萨缪尔·亚当斯、约翰·汉考克这样国父级的人物。新泽西学院第六任校长，苏格兰长老会的约翰·威瑟斯庞是独立战争期间最重要的人物之一，在大陆议会中担任重要职务，更是唯一一名在《独立宣言》上签名的大学校长和牧师。
公理会领导下的耶鲁被后来的研究者成为“叛乱和共和主义的温床”，学校第六任校长拿弗他利·达吉特在独立战争前担任了十一年校长，1779年，当英军进攻纽黑文时，达吉特拿起武器反击，却被英军俘虏被要求带路，1780年，达吉特最终死在了英军手中。而他的继任者斯泰尔斯校长的小儿子则在战争中组织耶鲁学生多次投入与英国的战斗。
说到学生，除了耶鲁之外，哈佛学院、威廉玛丽、新泽西学院等校的学生也都积极投身战争之中，甚至在战争之初还有专门的学生连。即使很多地方后来都免除了学生和老师的兵役义务，但仍有学生自发参与军事行动。从1769到1782年，罗德岛学院毕业的67名学生中有三分之一都作为士兵、牧师或者医师加入大陆军中。
大部分学校的选址都在本地的繁华地段，甚至是核心区域，因此在战争中，许多校园都被征用作为军营，甚至沦为战场。罗德岛学院在战争中先后被英军和法军征用作为医院和兵营，学校被迫关闭，一些学生被迫转学到哈佛和耶鲁完成学业。而耶鲁学院也自身难保，1779年，纽黑文保卫战爆发，英军占领了耶鲁学院，学校在转移过程中遗失了大量的图书，学生也被迫分散到附近的三个城市学习，场景仿佛回到了建校之初。
要论受到战争破坏的严重程度，地处普林斯顿的新泽西学院当属第一。1776年冬天，英军占领了校园，并把拿骚大楼作为兵营，并在附近构筑了防御阵地，而在次年1月，华盛顿指挥的大陆军为了夺回阵地，下令炮击拿骚大楼，在保卫普林斯顿的战斗中，新泽西学院的多名学生也牺牲于此。战争造成的破坏使得学生们直到多年后才得以回到这所标志性建筑中学习，而这座经过战火洗礼的大楼在美国建国后也曾短暂地成为美国国会大楼。美国总统塔夫脱在论及新泽西学院为独立战争做出的贡献时，认为没有哪个学习爱能享有普林斯顿一样的荣耀，她在独立战争中为国家的成立立下了汗马功劳。
在九所学校中，国王大学是个异类。学校真的对得起自己的名字，学校领导是坚定的保皇党。校长迈尔斯·库珀是圣公会牧师，利用各种机会向学生宣传放弃抵抗的思想，提出以英国的能力，统治十个这样的美国也绰绰有余，共和党人最终将被人民抛弃，痛不欲生。1775年，国王学院的激进学生点燃火把，冲进校长的住所，要将校长淋上焦油和羽毛烧死，这时，一位国王学院的学生挺身而出，拦住了群情激奋的学生，为校长争取到了逃跑的时间。但这位学生可不是什么保皇党，他的名字叫亚历山大·汉密尔顿。