故事的一切要从一场拐卖小孩的出逃说起，小孩陈立秋、叶小小、段菲（吴晓）因为种种原因被送到人贩子吴某手上，而叶小小知道被这个人贩子虐待或者送给其他不认识的陌生人，她们将死路一条。
于是她趁着帮人贩子卖花的机会，找到了一个绝佳的逃跑方法——买火车票离开这里。但问题在于她们没办法藏钱，只能让别人代为保管。
这里不管是选择把钱给大人还是小孩都存在着风险，于是陈立秋想到了莫红梅的儿子杨树，因为在私底下小杨树对她做过保证，莫红梅也对她们很好，所以陈立秋就想着搏一搏也许就有出路了。但最后还是失败了，她们被发现，三个小孩（还有一个误食安眠药昏睡的叶小小）根本没办法与大人抗衡。陈立秋觉得这一切都是杨树的错，如果他能来到杂货铺把火车票给她们，她就不会被吴贩子丢到筒骨楼那暗无天日的地方，再也无法醒来……
时间到了杨树长大后，他本来是在某个医院好好的做着自己的实习医生，但因为主任手下的“爱徒”误诊病人，他就被主任推了出来当了替罪羊。除了要接受一个月的停职，杨树每天晚上还要受到病人家属的“精神折磨”。终于，他受不了了，跟主任坦白后辞职回到了雾山镇，他曾经长大的地方。实际上他是想到了自己辞职之后没办法还清身上的贷款，而他小时候的玩伴王一顾正好有个私活找他，他没有做过多的犹豫就答应了。可他不知道的是，他这次回雾山镇，其实是一场早该结束轮回的棋局。
游戏《火车》也从这里开始以碎片化的视角来讲述杨树回忆起前面故事的剧情，我也是通关了游戏之后大致梳理出来的一个游戏剧情版本。整体的发展也并不复杂，就是从杨树回到雾山镇—杨树与叶小小逃离别墅—杨树和叶小小探索龙女街筒骨楼—结局这四个情节来发展（甚至前面两节都能合并在一起），但游戏在人物对白上花费精力太多，人物视角转的也很突兀，导致本来就有将近二十章的游戏让很多玩家望而却步。不过忽略游戏的人物对白问题，游戏还是在很多地方埋藏了所有故事的发展线索。比如在前三章杨树的手机里的短信就能知晓他最近的财务问题较大，和在与王一顾信息聊天时，王一顾的语言前不搭后语的样子也为王一顾出现在筒骨楼做了很好的说明。
可是在这里王一顾的信息和叶小小不知名的“第二人格”就变成了很奇怪的事情。也许在一般人眼中看不出什么奇怪的地方，但王一顾为什么知道在叶小小家不能睡得太死？为什么在杨树问他的时候不做解释而是生硬的转话题说自己看见了死去的女友？叶小小第二人格的出现也很突然，当时就让我产生了她是否被鬼上身的可能。而且她第二人格对于杨树的疏离感也是令人困惑。不过我现在有了一个合理的猜测，那就是两人的奇怪感，来自于杨树自身所看到的以及他跟陈立秋无法轻易斩断的恩怨。从第三章之后，杨树和叶小小一直都是在筒骨楼里探索事情真相（一开始是为了帮叶小小找亲生父母，但之后两人才发现这里与现实不连通，需要找出去的办法）。而筒骨楼一共有七层，第七层是天台，他们只能一点点搜索，却发现在这里还存在着除了王一顾以外其他人和一个不知道是人是鬼的麻袋人。
我个人觉得这里说是奇怪的异世界，更像是杨树他们的个人内心世界。因为在中后期的时候叶小小会跟杨树说看到他一直会走神，然后去往其他房间不知道在搜寻什么。而且在我们的操控对象解谜里也没有叶小小或者是别人的视角出现，简单来说，那些要解谜的地方，是杨树在进行记忆碎片的拼凑。除此以外，王一顾也见到了自己内心里害怕的幻象（并不是女朋友），段菲则是见到了自己想念的人......唯独就只有叶小小是双重人格，我们无法通过其他方式确认她是否也陷入了内心的幻想世界，又或者说她是代表着杨树现在时间段的某种特征？
故事的推进在于杨树每一次剪掉红线上一层楼而发展，在这里麻袋鬼和那个不知道是什么鬼的家伙都会出来阻挡杨树和叶小小的前进。如果不是后面萧容（钟宝仪，曾给吴某做下手）告诉杨树他们麻袋鬼越来越虚弱了，我还猜不出来她就是陈立秋。所以事情到这里基本上是个人都能明白整件事情的始末了，在杨树的又一层幻境里，陈立秋是以当初的小女孩身份跟他对话，补全了游戏内容（也就是杨树自己的回忆）。他也想起来自己的确是忘记了小时候的那次赴约，因为陈立秋给他的钱被莫红梅发现并没收，而且在后期杨树在知道母亲想要收养陈立秋或者是其他女孩的时候，他心里是嫉妒的.......种种令人无奈的巧合导致了孩子们没办法想当初那样说好的上火车离开这里（其实最主要的原因还是莫红梅的计划被泄露出去了，陈立秋错怪了杨树，但杨树心里的愧疚导致他后面成人之后忘记了这件事）。如果是以大佬作品《寂静岭》那样来表述这件事，可能《火车》都要比现在更受玩家的肯定。
我可以感受到游戏团队很想在把这个现实题材做到与恐怖融合的决心，也想让玩家从中知晓这件事情的可怕，才会到最后做出了多结局剧情。但还是前面所说到的问题，游戏的无效内容对话真的太费时间，也许在玩家见到鬼时、被吴某那种让小娃娃死却毫不觉得愧疚的狠惊到时，恐怕也只是那一下下的反应。而且多结局中除了曼珠沙华（HE）和再度启程（TE），有对吴某拐卖叶小小他们的事情做了一下补充和后续的交代外，其他两个结局只给玩家一种云里雾里的感觉。因果轮回的宿命感一直是国人所常见到的人世结局，《火车》能够把杨树因为这件事影响到他之后再回雾山镇直面自己的内心，算是有了个不错的逻辑。但深究其故事内核，难道不是应该把主角视角放到叶小小或者是其他被拐孩子的身上才更为深刻吗？所以故事分析到这里，可能更多的还是不完美的遗憾吧。
