蒙古之行
1217年，蒙古軍隊大肆進軍，這打斷了阿泰爾改革刺客組織的進程，他懷疑成吉思汗的崛起是依靠另一件伊甸神器。既為了查明真相，也為了阻止戰爭，阿泰爾將馬斯亞夫交給馬利克管理，自己和瑪利亞、大兒子達利姆前往了蒙古。成婚不久的賽夫則和自己的家人留在了馬斯亞夫。
一行人去了波斯，印度和蒙古。在蒙古刺客呼蘭噶剌的幫助下，他們於1227年抵達西夏興慶，來到成吉思汗的營帳附近。在瑪利亞和達利姆的掩護下，阿泰爾與呼蘭噶剌潛入蒙古營地，發現了成吉思汗已以及其手中的一把伊甸寶劍 。但阿泰爾驚動了警衛，並在爭鬥中被刺傷，呼蘭噶剌帶著他躲進了一間帳篷。
在帳篷裡，呼蘭噶剌殺死了留守的蒙古士兵，救下了一名提前來此地偵查的年輕刺客乃里古翼。阿泰爾勸兩人丟下他繼續完成任務，但遭到了呼蘭噶剌的反對，他認為阿泰爾的知識和經驗是屬於兄弟會的無價之寶，不應隨意放棄。阿泰爾無法反駁，只好隨他們撤出營地重新擬定計劃。
瑪利亞提議將成吉思汗誘出營地進行刺殺，於是他們利用黑火藥箭矢在營地內放火，成吉思汗隨後帶領一隊騎兵逃出。達利姆與呼蘭噶剌抓住機會騎馬追趕，最後成功殺死了成吉思汗，但他們沒來得及拿到伊甸聖劍。
最後，阿泰爾一家同兩名蒙古刺客分別，各自踏上了新的道路。
馬斯亞夫之變
當遠行歸來的一家三口回到馬斯亞夫，一切都變了。村民們看著他們的眼神帶著警惕，阿泰爾心生不安。當年離開時留下的一名弟子斯瓦米告訴阿泰爾，當年的同袍拉烏夫已於多年前死於熱病，他將三名歸來者帶進了一間小石屋而非導師的塔樓。
面對虛偽的斯瓦米，瑪利亞忍著厭惡開口詢問小兒子賽夫的去向，卻得知他和家人一起去了阿拉穆特，但離開的原因斯瓦米沒有透露。憤怒的阿泰爾要求見到馬利克，被他震懾住的斯瓦米只得交代馬利克已被囚禁，現在的兄弟會由一個新建立的委員會管理，而委員會的主席是阿巴斯。阿泰爾壓抑住自己的情緒，提出第二天去見委員會，當斯瓦米離開後，他又讓達利姆速去阿拉穆特帶回小兒子賽夫。
第二天，斯瓦米強制帶領阿泰爾和瑪利亞前往主塔樓，路上阿泰爾發現過去的訓練場地早已荒廢，他的心情愈發沉重。委員會早已匯聚一堂，阿巴斯的眼中不再只有憤怒和仇恨，這一刻阿泰爾看到的是一個平等的對手，他不能也不願再憐憫阿巴斯了。
委員會除了阿巴斯之外基本都是軟弱無能之人，他們疏於訓練，只是追隨著阿巴斯。阿巴斯讓兩人講述在蒙古的經歷，瑪利亞卻急於詢問馬斯亞夫的情況，但阿巴斯警告瑪利亞注意自己的身份，並讓警衛解除了阿泰爾的武裝。無奈的阿泰爾只能先講述了自己的故事。聽著他的講述，阿巴斯突然點破了達利姆現在的行動，阿泰爾更加擔憂，詢問馬利克為何被捕。阿巴斯的回答出人意料：馬利克謀殺了賽夫。
阿泰爾希望收回組織的領導權，但被佔盡聲勢的阿巴斯否決，兄弟會不再歸阿泰爾領導。回到石屋的阿泰爾夫婦開始思考剛剛聽到的一切：馬利克和賽夫因組織的領導權爆發爭執，賽夫認為馬利克要奪取導師之位，馬利克為了保密殺死了他。阿泰爾對馬利克的信任產生了動搖，他甚至懷疑馬利克仍是在為當年的事報復，瑪利亞批評了他，認為阿泰爾的心智被金蘋果扭曲了。阿泰爾沒有回應瑪利亞毀掉金蘋果的要求，但他決定查明真相。
憑藉自己對馬斯亞夫的熟悉，阿泰爾溜進地牢見到了馬利克，昔日的夥伴此刻瘦骨嶙峋，很明顯阿巴斯在說謊，這個可憐人被關了絕對不止一個月。阿泰爾救出馬利克，當後者清醒時眼裡滿是感激，這徹底打消了阿泰爾的懷疑。
在小屋裡，馬利克說出了真相：兩年前阿巴斯發動政變，殺死賽夫後嫁禍給馬利克，隨後阿巴斯控制了一切對外通信，並大肆修改組織的律法。安撫了陷入自責的馬利克後，阿泰爾和瑪利亞決定和阿巴斯當面對質，不以復仇之名，而是以為了組織的名義。
來到主院，夫妻倆在不知不覺中被所有刺客包圍。阿巴斯出現了，他要求阿泰爾為擅闖地牢一事做出解釋，阿泰爾回應是為了找到兒子死亡的真相。但阿巴斯叫來了斯瓦米，那個混蛋拿一個麻袋，裡面是馬利克的頭顱。阿巴斯將馬利克之死也推到了阿泰爾夫婦身上，阿泰爾憤怒的吼出真相，收穫的只是斯瓦米鄙夷的目光，這一刻他意識到，這個年輕人才是那個殺死賽夫的人，現在他又殺死了馬巴斯。金蘋果在阿泰爾懷中顫動著，但他沒有使用這件神器，因為他曾許下諾言。
阿巴斯用瑪利亞威脅阿泰爾，要他交出金蘋果，當年艾哈邁德用來自裁的匕首，刺客抵在瑪利亞的脖頸。阿巴斯不斷煽動旁觀者們的情緒，以此進一步逼迫阿泰爾，最終阿泰爾掏出了神器。
斯瓦米走上前想要觸碰它，同時他告訴阿泰爾，當時他是以奉阿泰爾之命為由，殺死了賽夫。阿泰爾實在無法抑制內心的怒火了，金蘋果陡然發動，斯瓦米不受控制地在眾人面前撕下了自己那張醜陋的臉。
在蘋果的影響下，阿泰爾沒能聽到瑪利亞的呼喊，也沒注意阿巴斯將她推到了一邊。斯瓦米開始用匕首瘋狂地刺向自己，當她要刺出最後一下時，瑪利亞阻止了阿泰爾，但她因此被斯瓦米劃中了脖子。看著奄奄一息的妻子，阿泰爾愣住了。
“你要堅強。”
這是瑪利亞留下的最後一句話，庭院裡只能聽到那個失去摯愛的男人無助的啜泣。
阿巴斯再次下令抓住阿泰爾，出於對金蘋果的畏懼無人上前，但大部分人出於本能拔劍。看著眼前混亂的人群，毀掉一切的願望在阿泰爾腦中變得無比強烈。但最終他忍住了，趁著沒有人敢靠近的機會，他爬上塔頂，縱身躍下。
奪回一切
阿泰爾掉進了村外的小河，遇到了歸來的達利姆，被他帶到了賽夫的家人身邊，他們一起開始隱居生活。
由於得不到阿泰爾的重視，賽夫的妻子帶著兩個女兒搬去了埃及的亞歷山大港。達利姆也因無法忍受父親的悔恨以及對伊甸神器的痴迷選擇離開，他去了法國和英國，提醒當地首領警惕蒙古軍隊。孑然一身的阿泰爾整日面對著金蘋果，展開了新的研究。
這些年裡，阿泰爾進行了哲學方面的思考，進行了新裝備的設計，並回憶了自己的一生。除此以外，他還按照金蘋果內的信息，找到了另一套神器並將其隱藏。當然，他始終為瑪利亞的死而自責、哀傷。
1247年，已經82歲的阿泰爾再一次踏上了回馬斯亞夫的路。在一處水潭邊，阿泰爾遇到了同路的商人穆赫利斯。清晨，他們被附近的強盜首領拜哈斯發現，就在穆赫利斯即將被強盜們殺死的時候，阿泰爾出手了，袖劍彈出，屍體倒地。儘管已經二十餘年未曾戰鬥，阿泰爾依舊能在一開始和強盜們打的有來有回，但歲月不饒人，他的腿被砍出一道傷口。
阿泰爾開始節節後退，鮮血滲入他的靴子，雖然發過誓，但阿泰爾此時仍動了靠金蘋果結束戰鬥的心思，奈何裝著神器的包藏在一邊，他已經無力再戰了。
當強盜想結束老人性命時，拜哈斯攔住了他的手下，他要親自解決這個不開眼的老頭。但穆赫利斯突然抱住了他，阿泰爾抓住機會利用最後的力氣將拜哈斯開膛破肚。僅剩的一名強盜見狀逃離。還沒等穆赫利斯表達自己的感激，阿泰爾就已經昏迷倒地。
為了報答阿泰爾，穆赫利斯將老人帶回了位於馬斯亞夫的家，三天裡他一直講述著正在發生的事情，想要喚醒救命恩人。
他告訴阿泰爾，拜哈斯的父親派出了使者，希望馬斯亞夫交出殺害他兒子的兇手，他還猜測現在的刺客導師阿巴斯早已和這些強盜同流合汙，最，他小心試探，說出了那個一直在他心頭的名字，“大師，阿泰爾·伊本-拉阿哈德”。
阿泰爾終於睜開了眼，向穆赫利斯證明了自己的身份，商人激動的表達著對前導師的歡迎，希望他能救贖此地的百姓，並告訴阿泰爾，他已經把導師歸來的消息告訴了村民們。阿泰爾為此擔心，他害怕阿巴斯和他的手下找上門來。
阿巴斯在過去那些年鎮壓了阿泰爾支持者發動的暴亂，現在他將自己藏在塔樓，整日疑神疑鬼，處死了所有認為可能謀害他的人。傳言這個可憐人一直做著噩夢，擔心阿泰爾帶著神器找他復仇。
聽到這兒，阿泰爾笑了。他表示自己不靠神器打敗阿巴斯，而是靠信仰，對大家以及對刺客的信仰。現在，他要在村子裡宣揚刺客精神，並證明它的意義。
阿泰爾一邊在村裡調停糾紛，一邊讓鐵匠按他的手稿製造新裝備，同時他也注意到有名刺客一直在暗中跟隨。阿泰爾引出跟蹤者，那是個二十出頭的年輕人，男孩表示自己忠於過去的信條，而非阿巴斯的追隨者。他告訴阿泰爾自己有兩個名字，一個是出生時的名字塔齊姆，一個是為紀念其父而取——馬利克。由於阿巴斯將刺客訓練荒廢，二十年來這孩子自行保持著訓練，但他缺乏對刺客的認知。不過沒關係，現在阿泰爾回來了，帶著一切刺客們需要的知識。
阿泰爾要小馬利克集合城堡裡反對阿巴斯的人們，他要在強盜法哈德進攻馬斯亞夫前掌控局勢。第二天，阿泰爾集合了村民們，同時見到了小馬利克帶來的二十多名勇士，這就是他用來反抗阿巴斯及其三、四十名手下的全部力量。
行動即刻展開，在山丘上他們遭遇了阿巴斯派來的偵查員，但阿泰爾不希望刺客們在這裡自相殘殺。一名偵查員試圖殺死阿泰爾以結束起義，但他被導師隨手製服。隨後，小馬利克帶人解決了其他敵人，或是打暈或是俘虜。
城堡的大門開啟，一大群刺客蜂擁而出，穆赫利斯一再勸阻眾人保持冷靜。伴隨著一聲大喊，兩軍相遇，刀劍相向。阿泰爾始終留意著城頭，防止弓箭手偷襲。他看到了阿巴斯，阿巴斯也看到了他。
沉默，昔日的友人如今反目成仇。阿巴斯命令弓箭手放箭，但他們臉上都帶著遲疑。抓住機會，阿泰爾大聲勸告，表示沒人需要死在這裡。在阿泰爾的授意下，小馬利克打暈了一名沉浸在殺戮中的暴徒，目睹此景的弓箭手放下了弓起義軍愈戰愈勇，阿巴斯的手下紛紛投降，眾人聚在城門口，將大門砸開。
所有人都聚到了一起，想要見證兩位導師的對決。阿泰爾讓阿巴斯投降，但阿巴斯叫出了他最後一批黨羽，他將堅守到最後。阿泰爾再一次說出了他重複過多次的話，阿巴斯犯下的一切罪惡，只不過是他拒絕接受當年真相的表現。
但阿巴斯依舊執迷不悟，他內心對父親盲目的信任不曾動搖，他要撕破阿泰爾“虛偽”的假面，於是他命令手下殺死對方。
一聲爆鳴，所有人安靜了，阿泰爾站在原地，一條手臂指向阿巴斯，導師的袖口升起一縷白煙。鮮血在阿巴斯的胸口漾開，張口，他一句話也說不出。阿泰爾新制造的一次性袖槍震懾了所有人，那些抵抗者面對槍口選擇了退縮。
阿巴斯命不久矣，但他仍然拒絕認錯，也拒絕相信阿泰爾口中的真相。或許在另一個世界，他能見到自己的父親，那時候，他才會真正相信阿泰爾。阿巴斯死了。
阿泰爾奪回了馬斯亞夫，兩天後他將率眾前來的法哈德勸離。
結局
阿泰爾奪回領導權後，便派人取回了他的日記。那裡面記載的一切為刺客組織的重建發揮了巨大的作用，訓練場上再次響起金鐵之聲，被遺忘的信條再次走進每個人腦海。
不過阿泰爾認為刺客們不再需要馬斯亞夫這樣的大型基地，因為刺客將會遍佈全世界。馬斯亞夫的刺客們離開了，只有一小部分留下為阿泰爾修建圖書館。所有這些工作又花費了十年。
1257年，阿泰爾讓達利姆將尼科洛·波羅和馬費奧·波羅兄弟請到了馬斯亞夫，並將自己多年來的手記交給了他們。而他的一生，被尼科洛寫成了書籍，並在未來傳給了兒子馬可·波羅。
蒙古大軍也是在那一年攻入馬斯亞夫，阿泰爾將五件記憶封印交給尼科洛，讓波羅兄弟帶著它們以及手記離開。可惜的是，手記在波羅兄弟離開後不久被蒙古人奪走。不過憑藉在聖地學到的知識，波羅兄弟依舊回到了東方，並將刺客教條傳播發揚。那五件記憶封印也被他們藏在了君士坦丁堡，等待著未來被艾吉奧發現。
波羅兄弟離開後，阿泰爾回到了馬斯亞夫的城堡。確保所有人撤離後，他和達利姆告別，帶著金蘋果走進了圖書館。大門關閉，阿泰爾留下最後一件記憶封印，然後平靜地離開人世。
傳承
1269年，尼科洛的兒子馬可·波羅從忽必烈手中拿回了阿泰爾的手記，並將其交給西班牙刺客但丁·阿立吉耶裡。得知消息的聖殿騎士襲擊了但丁，手記責備但丁的護衛多梅尼科帶走。後來多梅尼科和兒子改姓奧迪託雷，定居在意大利的蒙特裡久尼。
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