蒙古之行
1217年，蒙古军队大肆进军，这打断了阿泰尔改革刺客组织的进程，他怀疑成吉思汗的崛起是依靠另一件伊甸神器。既为了查明真相，也为了阻止战争，阿泰尔将马斯亚夫交给马利克管理，自己和玛利亚、大儿子达利姆前往了蒙古。成婚不久的赛夫则和自己的家人留在了马斯亚夫。
一行人去了波斯，印度和蒙古。在蒙古刺客呼兰噶剌的帮助下，他们于1227年抵达西夏兴庆，来到成吉思汗的营帐附近。在玛利亚和达利姆的掩护下，阿泰尔与呼兰噶剌潜入蒙古营地，发现了成吉思汗已以及其手中的一把伊甸宝剑 。但阿泰尔惊动了警卫，并在争斗中被刺伤，呼兰噶剌带着他躲进了一间帐篷。
在帐篷里，呼兰噶剌杀死了留守的蒙古士兵，救下了一名提前来此地侦查的年轻刺客乃里古翼。阿泰尔劝两人丢下他继续完成任务，但遭到了呼兰噶剌的反对，他认为阿泰尔的知识和经验是属于兄弟会的无价之宝，不应随意放弃。阿泰尔无法反驳，只好随他们撤出营地重新拟定计划。
玛利亚提议将成吉思汗诱出营地进行刺杀，于是他们利用黑火药箭矢在营地内放火，成吉思汗随后带领一队骑兵逃出。达利姆与呼兰噶剌抓住机会骑马追赶，最后成功杀死了成吉思汗，但他们没来得及拿到伊甸圣剑。
最后，阿泰尔一家同两名蒙古刺客分别，各自踏上了新的道路。
马斯亚夫之变
当远行归来的一家三口回到马斯亚夫，一切都变了。村民们看着他们的眼神带着警惕，阿泰尔心生不安。当年离开时留下的一名弟子斯瓦米告诉阿泰尔，当年的同袍拉乌夫已于多年前死于热病，他将三名归来者带进了一间小石屋而非导师的塔楼。
面对虚伪的斯瓦米，玛利亚忍着厌恶开口询问小儿子赛夫的去向，却得知他和家人一起去了阿拉穆特，但离开的原因斯瓦米没有透露。愤怒的阿泰尔要求见到马利克，被他震慑住的斯瓦米只得交代马利克已被囚禁，现在的兄弟会由一个新建立的委员会管理，而委员会的主席是阿巴斯。阿泰尔压抑住自己的情绪，提出第二天去见委员会，当斯瓦米离开后，他又让达利姆速去阿拉穆特带回小儿子赛夫。
第二天，斯瓦米强制带领阿泰尔和玛利亚前往主塔楼，路上阿泰尔发现过去的训练场地早已荒废，他的心情愈发沉重。委员会早已汇聚一堂，阿巴斯的眼中不再只有愤怒和仇恨，这一刻阿泰尔看到的是一个平等的对手，他不能也不愿再怜悯阿巴斯了。
委员会除了阿巴斯之外基本都是软弱无能之人，他们疏于训练，只是追随着阿巴斯。阿巴斯让两人讲述在蒙古的经历，玛利亚却急于询问马斯亚夫的情况，但阿巴斯警告玛利亚注意自己的身份，并让警卫解除了阿泰尔的武装。无奈的阿泰尔只能先讲述了自己的故事。听着他的讲述，阿巴斯突然点破了达利姆现在的行动，阿泰尔更加担忧，询问马利克为何被捕。阿巴斯的回答出人意料：马利克谋杀了赛夫。
阿泰尔希望收回组织的领导权，但被占尽声势的阿巴斯否决，兄弟会不再归阿泰尔领导。回到石屋的阿泰尔夫妇开始思考刚刚听到的一切：马利克和赛夫因组织的领导权爆发争执，赛夫认为马利克要夺取导师之位，马利克为了保密杀死了他。阿泰尔对马利克的信任产生了动摇，他甚至怀疑马利克仍是在为当年的事报复，玛利亚批评了他，认为阿泰尔的心智被金苹果扭曲了。阿泰尔没有回应玛利亚毁掉金苹果的要求，但他决定查明真相。
凭借自己对马斯亚夫的熟悉，阿泰尔溜进地牢见到了马利克，昔日的伙伴此刻瘦骨嶙峋，很明显阿巴斯在说谎，这个可怜人被关了绝对不止一个月。阿泰尔救出马利克，当后者清醒时眼里满是感激，这彻底打消了阿泰尔的怀疑。
在小屋里，马利克说出了真相：两年前阿巴斯发动政变，杀死赛夫后嫁祸给马利克，随后阿巴斯控制了一切对外通信，并大肆修改组织的律法。安抚了陷入自责的马利克后，阿泰尔和玛利亚决定和阿巴斯当面对质，不以复仇之名，而是以为了组织的名义。
来到主院，夫妻俩在不知不觉中被所有刺客包围。阿巴斯出现了，他要求阿泰尔为擅闯地牢一事做出解释，阿泰尔回应是为了找到儿子死亡的真相。但阿巴斯叫来了斯瓦米，那个混蛋拿一个麻袋，里面是马利克的头颅。阿巴斯将马利克之死也推到了阿泰尔夫妇身上，阿泰尔愤怒的吼出真相，收获的只是斯瓦米鄙夷的目光，这一刻他意识到，这个年轻人才是那个杀死赛夫的人，现在他又杀死了马巴斯。金苹果在阿泰尔怀中颤动着，但他没有使用这件神器，因为他曾许下诺言。
阿巴斯用玛利亚威胁阿泰尔，要他交出金苹果，当年艾哈迈德用来自裁的匕首，刺客抵在玛利亚的脖颈。阿巴斯不断煽动旁观者们的情绪，以此进一步逼迫阿泰尔，最终阿泰尔掏出了神器。
斯瓦米走上前想要触碰它，同时他告诉阿泰尔，当时他是以奉阿泰尔之命为由，杀死了赛夫。阿泰尔实在无法抑制内心的怒火了，金苹果陡然发动，斯瓦米不受控制地在众人面前撕下了自己那张丑陋的脸。
在苹果的影响下，阿泰尔没能听到玛利亚的呼喊，也没注意阿巴斯将她推到了一边。斯瓦米开始用匕首疯狂地刺向自己，当她要刺出最后一下时，玛利亚阻止了阿泰尔，但她因此被斯瓦米划中了脖子。看着奄奄一息的妻子，阿泰尔愣住了。
“你要坚强。”
这是玛利亚留下的最后一句话，庭院里只能听到那个失去挚爱的男人无助的啜泣。
阿巴斯再次下令抓住阿泰尔，出于对金苹果的畏惧无人上前，但大部分人出于本能拔剑。看着眼前混乱的人群，毁掉一切的愿望在阿泰尔脑中变得无比强烈。但最终他忍住了，趁着没有人敢靠近的机会，他爬上塔顶，纵身跃下。
夺回一切
阿泰尔掉进了村外的小河，遇到了归来的达利姆，被他带到了赛夫的家人身边，他们一起开始隐居生活。
由于得不到阿泰尔的重视，赛夫的妻子带着两个女儿搬去了埃及的亚历山大港。达利姆也因无法忍受父亲的悔恨以及对伊甸神器的痴迷选择离开，他去了法国和英国，提醒当地首领警惕蒙古军队。孑然一身的阿泰尔整日面对着金苹果，展开了新的研究。
这些年里，阿泰尔进行了哲学方面的思考，进行了新装备的设计，并回忆了自己的一生。除此以外，他还按照金苹果内的信息，找到了另一套神器并将其隐藏。当然，他始终为玛利亚的死而自责、哀伤。
1247年，已经82岁的阿泰尔再一次踏上了回马斯亚夫的路。在一处水潭边，阿泰尔遇到了同路的商人穆赫利斯。清晨，他们被附近的强盗首领拜哈斯发现，就在穆赫利斯即将被强盗们杀死的时候，阿泰尔出手了，袖剑弹出，尸体倒地。尽管已经二十余年未曾战斗，阿泰尔依旧能在一开始和强盗们打的有来有回，但岁月不饶人，他的腿被砍出一道伤口。
阿泰尔开始节节后退，鲜血渗入他的靴子，虽然发过誓，但阿泰尔此时仍动了靠金苹果结束战斗的心思，奈何装着神器的包藏在一边，他已经无力再战了。
当强盗想结束老人性命时，拜哈斯拦住了他的手下，他要亲自解决这个不开眼的老头。但穆赫利斯突然抱住了他，阿泰尔抓住机会利用最后的力气将拜哈斯开膛破肚。仅剩的一名强盗见状逃离。还没等穆赫利斯表达自己的感激，阿泰尔就已经昏迷倒地。
为了报答阿泰尔，穆赫利斯将老人带回了位于马斯亚夫的家，三天里他一直讲述着正在发生的事情，想要唤醒救命恩人。
他告诉阿泰尔，拜哈斯的父亲派出了使者，希望马斯亚夫交出杀害他儿子的凶手，他还猜测现在的刺客导师阿巴斯早已和这些强盗同流合污，最，他小心试探，说出了那个一直在他心头的名字，“大师，阿泰尔·伊本-拉阿哈德”。
阿泰尔终于睁开了眼，向穆赫利斯证明了自己的身份，商人激动的表达着对前导师的欢迎，希望他能救赎此地的百姓，并告诉阿泰尔，他已经把导师归来的消息告诉了村民们。阿泰尔为此担心，他害怕阿巴斯和他的手下找上门来。
阿巴斯在过去那些年镇压了阿泰尔支持者发动的暴乱，现在他将自己藏在塔楼，整日疑神疑鬼，处死了所有认为可能谋害他的人。传言这个可怜人一直做着噩梦，担心阿泰尔带着神器找他复仇。
听到这儿，阿泰尔笑了。他表示自己不靠神器打败阿巴斯，而是靠信仰，对大家以及对刺客的信仰。现在，他要在村子里宣扬刺客精神，并证明它的意义。
阿泰尔一边在村里调停纠纷，一边让铁匠按他的手稿制造新装备，同时他也注意到有名刺客一直在暗中跟随。阿泰尔引出跟踪者，那是个二十出头的年轻人，男孩表示自己忠于过去的信条，而非阿巴斯的追随者。他告诉阿泰尔自己有两个名字，一个是出生时的名字塔齐姆，一个是为纪念其父而取——马利克。由于阿巴斯将刺客训练荒废，二十年来这孩子自行保持着训练，但他缺乏对刺客的认知。不过没关系，现在阿泰尔回来了，带着一切刺客们需要的知识。
阿泰尔要小马利克集合城堡里反对阿巴斯的人们，他要在强盗法哈德进攻马斯亚夫前掌控局势。第二天，阿泰尔集合了村民们，同时见到了小马利克带来的二十多名勇士，这就是他用来反抗阿巴斯及其三、四十名手下的全部力量。
行动即刻展开，在山丘上他们遭遇了阿巴斯派来的侦查员，但阿泰尔不希望刺客们在这里自相残杀。一名侦查员试图杀死阿泰尔以结束起义，但他被导师随手制服。随后，小马利克带人解决了其他敌人，或是打晕或是俘虏。
城堡的大门开启，一大群刺客蜂拥而出，穆赫利斯一再劝阻众人保持冷静。伴随着一声大喊，两军相遇，刀剑相向。阿泰尔始终留意着城头，防止弓箭手偷袭。他看到了阿巴斯，阿巴斯也看到了他。
沉默，昔日的友人如今反目成仇。阿巴斯命令弓箭手放箭，但他们脸上都带着迟疑。抓住机会，阿泰尔大声劝告，表示没人需要死在这里。在阿泰尔的授意下，小马利克打晕了一名沉浸在杀戮中的暴徒，目睹此景的弓箭手放下了弓起义军愈战愈勇，阿巴斯的手下纷纷投降，众人聚在城门口，将大门砸开。
所有人都聚到了一起，想要见证两位导师的对决。阿泰尔让阿巴斯投降，但阿巴斯叫出了他最后一批党羽，他将坚守到最后。阿泰尔再一次说出了他重复过多次的话，阿巴斯犯下的一切罪恶，只不过是他拒绝接受当年真相的表现。
但阿巴斯依旧执迷不悟，他内心对父亲盲目的信任不曾动摇，他要撕破阿泰尔“虚伪”的假面，于是他命令手下杀死对方。
一声爆鸣，所有人安静了，阿泰尔站在原地，一条手臂指向阿巴斯，导师的袖口升起一缕白烟。鲜血在阿巴斯的胸口漾开，张口，他一句话也说不出。阿泰尔新制造的一次性袖枪震慑了所有人，那些抵抗者面对枪口选择了退缩。
阿巴斯命不久矣，但他仍然拒绝认错，也拒绝相信阿泰尔口中的真相。或许在另一个世界，他能见到自己的父亲，那时候，他才会真正相信阿泰尔。阿巴斯死了。
阿泰尔夺回了马斯亚夫，两天后他将率众前来的法哈德劝离。
结局
阿泰尔夺回领导权后，便派人取回了他的日记。那里面记载的一切为刺客组织的重建发挥了巨大的作用，训练场上再次响起金铁之声，被遗忘的信条再次走进每个人脑海。
不过阿泰尔认为刺客们不再需要马斯亚夫这样的大型基地，因为刺客将会遍布全世界。马斯亚夫的刺客们离开了，只有一小部分留下为阿泰尔修建图书馆。所有这些工作又花费了十年。
1257年，阿泰尔让达利姆将尼科洛·波罗和马费奥·波罗兄弟请到了马斯亚夫，并将自己多年来的手记交给了他们。而他的一生，被尼科洛写成了书籍，并在未来传给了儿子马可·波罗。
蒙古大军也是在那一年攻入马斯亚夫，阿泰尔将五件记忆封印交给尼科洛，让波罗兄弟带着它们以及手记离开。可惜的是，手记在波罗兄弟离开后不久被蒙古人夺走。不过凭借在圣地学到的知识，波罗兄弟依旧回到了东方，并将刺客信条传播发扬。那五件记忆封印也被他们藏在了君士坦丁堡，等待着未来被艾吉奥发现。
波罗兄弟离开后，阿泰尔回到了马斯亚夫的城堡。确保所有人撤离后，他和达利姆告别，带着金苹果走进了图书馆。大门关闭，阿泰尔留下最后一件记忆封印，然后平静地离开人世。
传承
1269年，尼科洛的儿子马可·波罗从忽必烈手中拿回了阿泰尔的手记，并将其交给西班牙刺客但丁·阿立吉耶里。得知消息的圣殿骑士袭击了但丁，手记责备但丁的护卫多梅尼科带走。后来多梅尼科和儿子改姓奥迪托雷，定居在意大利的蒙特里久尼。
#怀旧游戏#