可圈可點的是倒敘的敘事結構和極高的自由度在當時非常出色
#虐殺原型# 故事要從1962年說起，美國國防部和其下屬高級計劃署秘密成立了一支特殊部隊，名為“黑色守望”；其成立初衷是使用生化戰抵禦美國的一切威脅以及海外敵對勢力，該部隊一切行動都屬於絕密。1963年，黑色守望的研究人員發現了一種病毒，在靈長類動物身上進行的實驗表明，通過DNA的融合，該病毒可以在基因層面上大大提高物種的智力、力量等等身體要素，他們將該病毒命名為DX-1118。隨後，以該病毒為中心的“黑光”計劃展開。
1964年，黑光計劃正式開始，黑色守望部隊在美國愛達荷州建立了一座小鎮，名為“希望”，並將一批陣亡士兵的家屬遷居此地。他們謊稱該處是用於模擬核戰之後人類聚居區的實驗場地，而被矇在鼓裡的軍屬們卻對真正的計劃一無所知。黑色守望對居民注射了病毒，此時的病毒似乎對感染人群沒有起到絲毫作用。1965年，希望鎮上的第一名嬰兒出生，其父母身上被注射的病毒在嬰兒體內產生的變異對嬰兒本身似乎也沒有影響。然而一切的平靜都在1968年8月被打破了，希望鎮突然爆發疾病，黑色守望隨即將全鎮封鎖，將近70%的居民被感染，剩下的人則被隔離在鎮內等死。將近一年人間地獄般的日子過去，到了1969年7月，除一人以外，希望鎮上四百多名居民全部死亡。唯一的生還者名為Elizabeth Greene，而她在被發現時已經懷有身孕。
黑色守望的清除行動隨即開始，他們將Elizabeth Greene帶走，並用核彈將整個希望鎮夷為平地。當時負責清除行動的是Peter Randall中尉，他在強行帶走Elizabeth Greene的時候被她抓傷了手臂，Randall為制止感染，毫不猶豫自斷左臂，而且他還因為湮滅證據有功而晉升為少校，並在後來成為將軍，成為了黑色守望的最高指揮官。希望鎮事件發生之後，黑光計劃停止，黑色守望部隊的最高宗旨被更改為“探查並消滅美國國土上的一切未知病毒活動，不論人為或自然原因”。
Elizabeth Greene在次月被轉往位於馬里蘭州迪崔克堡的黑色守望基地，並在那裡產下一名男嬰，黑色守望賦予其代號PARIAH，並將其從母親身邊帶走。Greene在隨後幾十年中屬於與外界完全隔離的情況。有證據顯示，她在此期間沒有成長髮育，沒有流汗，沒有肌肉抽搐，甚至沒有眨眼，處於完全靜止的狀態，好像在等待著什麼。
時間到了1989年，Raymond McMullen博士創立了GENTEC，併成為了黑色守望的下屬研究機構，他認為黑色守望短視，認不清DX-1118病毒的價值，於是重啟黑光計劃，並將Elizabeth Greene轉至GENTEC的研究中心，從她身上研究病毒的新進化品種。並在後來招募了“主角”Alex Mercer，以及後來成為Alex女友的Karen Parker。之後，黑色守望發現GENTEC重啟了禁忌的實驗，意圖彈壓，此時的Alex Mercer為了將這個對人類危害極大的秘密計劃大白於天下，在Karen Parker的協助下竊取了一小瓶病毒樣本並逃離，卻在車站遭遇了前來攔截的黑色守望便衣特工。走投無路的Alex Mercer摔碎了瓶子釋放了病毒，自己也被當場射殺。由於是在車站，當時就有許多市民被感染，曼哈頓的大規模疫情暴發也就此埋下了伏筆。Alex Mercer在車站被射殺的時候就已經身亡，接下來在停屍房醒過來的，大家一直在遊戲中操控的東西根本不屬於人類，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex屍體之後對其外形及性格的繼承，遊戲標題“原型體”也指的是他。在遊戲的某關，也可以聽到將軍的話：“不！已經不能用'他'來稱呼！應該是'它'！”後來的電話中，也可以看到Alex和他的“合作者”的對話：“啊…你已經不是人類了，你是黑色守望者的病毒而已。”
至於前文提到Elizabeth Greene等待的東西，即是“原型體”對她的釋放，而Greene的臺詞"I am your mother"並不是指“原型體”是她生下的那個嬰兒，而是指原型體病毒來源於她。
遊戲越發展下去，遊戲的內涵也就越明瞭：人類對於自己犯的錯誤只是掩蓋再掩蓋，實在掩蓋不住了，就不惜代價毀掉。而剛剛出生18天的病毒“Alex”卻知道要保護某些東西：保護自己的“妹妹”，保護人類文明不被毀滅，不再重踏希望鎮的悲劇。
遊戲的主角Alex Mercer因被自己帶出來的病毒感染，從停屍間醒來之後發現完全不知道之前做了些什麼，然而突變的同時也獲得了超乎常人的強大能力。當主角殺死路人或敵人時便可以吸收他們的記憶、能力，甚至能變成他們的樣子。隨著吸收被殺死敵人以及路人的數量不斷增加，主人公Mercer的能力也會隨之逐漸增強。最終將能夠學會諸如將自己的身體變化成武器攻擊或是硬化身體表麵皮膚以抵禦敵人進攻等神奇的能力。病毒擴散首日。有人在紐約的Penn Station釋放DX—1118病毒。主角亞歷克斯·默瑟（Alex Mercer）的屍體在解剖臺上甦醒，對所發生的事情沒有任何記憶。吞噬Blackwatch追兵後得知吞噬生物能奪取其記憶，亞歷克斯·默瑟記起自己有個妹妹，達娜·默瑟（Dana Mercer），並找到她。亞歷克斯·默瑟試圖回自宅尋找線索，向事件的原兇進行復仇，卻正中黑色守望軍事組織（Blackwatch）的埋伏。逃離後回到妹妹達娜的住處，達娜告訴亞歷克斯，她從亞歷克斯的電腦中找到伊麗莎白·格林（Elizabeth Greene）一個這個名字。亞歷克斯進入Gentek（一公司名，實為病毒武器研究公司）設施後遇見外表為19歲女孩的伊麗莎白·格林，與伊麗莎白·格林的對話中她自稱是亞歷克斯的母親，這令亞歷克斯百思不得其解，也從中瞭解到伊麗莎白·格林也與他一樣為有特異能力的病毒集合體，卻不料讓其脫逃，造成曼哈頓區第二波病毒感染。
亞歷克斯尋求前女友暨Gentek員工，克倫·帕克（Karen Parker）的協助。從克倫·帕克處瞭解到感染源來自兩支不同的病毒株。這時核能航母USS Reagan抵達哈德遜灣（Hudson Bay），黑色守望組織提高了動員層級。黑色守望組織在市區內大規模部署病毒偵測裝置。而Gentek主席雷蒙德·麥克穆蘭（Raymond McMullen）向黑色守望組織提供可消滅亞歷克斯·默瑟體內病毒的病原體。亞歷克斯·默瑟擾亂病毒偵測裝置，意圖接近麥克穆蘭，結局以失敗收場。此時克倫·帕克發現了此亞歷克斯其實並不是真正的亞歷克斯而是生化病毒武器－原形體（Prototype），克倫·帕克因此背叛了亞歷克斯·默瑟。亞歷克斯中了陷阱，亞歷克斯·默瑟被黑色守望組織的隊長羅伯特·荷斯（Robert Cross）注入病原體，喪失部分能力，並逃走了。病原體開始寄生並侵蝕亞歷克斯。亞歷克斯前往聖保羅醫院，找上同為前Gentek員工的拉格倫（Ragland）醫生，請求他的協助。亞歷克斯與拉格倫醫生滲透進軍事基地，調查Penn Station病毒感染者的遺體。利用Hunter（一種變異怪物）作為培養體，拉格倫醫生成功製造出對抗病原體的抗體，亞歷克斯恢復原先的能力併成功進化。此時達娜卻被不明Hunter綁走。曼哈頓感染程度持續上升。
亞歷克斯為尋找妹妹，制服併吞噬Hunter頭目（Leader Hunter），進一步找出綁架達娜的變種hunter，將其吞吃後獲知達娜的所在。亞歷克斯利用軍方的火力，進入核心巢穴並尋找達娜。 核心巢穴的中心，是黑光計劃病毒（Blacklight）的核心帶原者伊麗莎白·格林。亞歷克斯將抗體注入伊麗莎白，卻被伊麗莎白排出體外，並形成Hunter之王（Supreme Hunter），而亞歷克斯並不知道。亞歷克斯成功救出達娜，但她陷入昏迷。亞歷克斯把達娜交給拉格倫醫生保護。這時一名身分不明的神秘人向亞歷克斯透露黑光計劃病毒的起源與釋放病毒的人其實是他，並告訴他伊麗莎白未死。同時，軍方從空中散佈病毒抗體Bloodtox，並引入使用病毒技術製作而成的超級士兵。軍方進一步在地面部屬Bloodtox散佈裝置。出於自保，亞歷克斯企圖顛覆Bloodtox的散佈行動。而這時亞歷克斯從神秘人處得知軍方打算利用特殊泵Bloodtox打至地底，消滅躲藏的感染體。神秘人要求亞歷克斯偽裝成士兵進行護送利用這東西引出伊麗莎白。特殊泵就位，並開始工作，大量Hunter與Hydra感染體從地底湧出。躲藏在地底下的伊麗莎白·格林被逼現身，被亞歷克斯擊殺併吞噬。伊麗莎白·格林已被消滅，亞歷克斯再次企圖摧毀Bloodtox的生產設施，佯裝失手後與Gentek主席雷蒙德·麥克穆蘭對質。麥克穆蘭為了不讓亞歷克斯奪取記憶，舉槍自盡。亞歷克斯的匿名連絡人身分揭曉，他是黑色守望組織的隊長－羅伯特·荷斯。軍方開始撤離紐約市，並打算在市區引爆核彈以消滅病毒。亞歷克斯開始追蹤地面部隊的領袖。亞歷克斯將抗命逃亡的士官伊恩·塔格特（Ian Taggart）吞噬掉。亞歷克斯變化為塔格特的外觀，與羅伯特·荷斯兩人成功登上哈德遜港外的USS Reagan航母。亞歷克斯吸收了主導者彼得·蘭德爾（Peter Randall）將軍。由於軍隊領袖與感染核心伊麗莎白·格林都被消滅，扮成羅伯特·荷斯的Hunter之王現出真面目，企圖吞噬亞歷克斯，成為唯一的最高級病毒集合體。消滅Hunter之王后，亞歷克斯將引爆倒數中的核彈用直升機載離紐約，沉入水底。核爆的威力將他炸飛，屍身的碎肉落在曼哈頓島上，這時一隻鳥類動物想吃掉這碎肉，卻不料被附身併吞噬，亞歷克斯二度復活，至此遊戲完結
#虐殺原型#