可圈可点的是倒叙的叙事结构和极高的自由度在当时非常出色
#虐杀原型# 故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”计划展开。
1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望”，并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为Elizabeth Greene，而她在被发现时已经怀有身孕。
黑色守望的清除行动随即开始，他们将Elizabeth Greene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。当时负责清除行动的是Peter Randall中尉，他在强行带走Elizabeth Greene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂，而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官。希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。
Elizabeth Greene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH，并将其从母亲身边带走。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
时间到了1989年，Raymond McMullen博士创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将Elizabeth Greene转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”Alex Mercer，以及后来成为Alex女友的Karen Parker。之后，黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的Alex Mercer为了将这个对人类危害极大的秘密计划大白于天下，在Karen Parker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用'他'来称呼！应该是'它'！”后来的电话中，也可以看到Alex和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望者的病毒而已。”
至于前文提到Elizabeth Greene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而Greene的台词"I am your mother"并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她。
游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭，不再重踏希望镇的悲剧。
游戏的主角Alex Mercer因被自己带出来的病毒感染，从停尸间醒来之后发现完全不知道之前做了些什么，然而突变的同时也获得了超乎常人的强大能力。当主角杀死路人或敌人时便可以吸收他们的记忆、能力，甚至能变成他们的样子。随着吸收被杀死敌人以及路人的数量不断增加，主人公Mercer的能力也会随之逐渐增强。最终将能够学会诸如将自己的身体变化成武器攻击或是硬化身体表面皮肤以抵御敌人进攻等神奇的能力。病毒扩散首日。有人在纽约的Penn Station释放DX—1118病毒。主角亚历克斯·默瑟（Alex Mercer）的尸体在解剖台上苏醒，对所发生的事情没有任何记忆。吞噬Blackwatch追兵后得知吞噬生物能夺取其记忆，亚历克斯·默瑟记起自己有个妹妹，达娜·默瑟（Dana Mercer），并找到她。亚历克斯·默瑟试图回自宅寻找线索，向事件的原凶进行复仇，却正中黑色守望军事组织（Blackwatch）的埋伏。逃离后回到妹妹达娜的住处，达娜告诉亚历克斯，她从亚历克斯的电脑中找到伊丽莎白·格林（Elizabeth Greene）一个这个名字。亚历克斯进入Gentek（一公司名，实为病毒武器研究公司）设施后遇见外表为19岁女孩的伊丽莎白·格林，与伊丽莎白·格林的对话中她自称是亚历克斯的母亲，这令亚历克斯百思不得其解，也从中了解到伊丽莎白·格林也与他一样为有特异能力的病毒集合体，却不料让其脱逃，造成曼哈顿区第二波病毒感染。
亚历克斯寻求前女友暨Gentek员工，克伦·帕克（Karen Parker）的协助。从克伦·帕克处了解到感染源来自两支不同的病毒株。这时核能航母USS Reagan抵达哈德逊湾（Hudson Bay），黑色守望组织提高了动员层级。黑色守望组织在市区内大规模部署病毒侦测装置。而Gentek主席雷蒙德·麦克穆兰（Raymond McMullen）向黑色守望组织提供可消灭亚历克斯·默瑟体内病毒的病原体。亚历克斯·默瑟扰乱病毒侦测装置，意图接近麦克穆兰，结局以失败收场。此时克伦·帕克发现了此亚历克斯其实并不是真正的亚历克斯而是生化病毒武器－原形体（Prototype），克伦·帕克因此背叛了亚历克斯·默瑟。亚历克斯中了陷阱，亚历克斯·默瑟被黑色守望组织的队长罗伯特·荷斯（Robert Cross）注入病原体，丧失部分能力，并逃走了。病原体开始寄生并侵蚀亚历克斯。亚历克斯前往圣保罗医院，找上同为前Gentek员工的拉格伦（Ragland）医生，请求他的协助。亚历克斯与拉格伦医生渗透进军事基地，调查Penn Station病毒感染者的遗体。利用Hunter（一种变异怪物）作为培养体，拉格伦医生成功制造出对抗病原体的抗体，亚历克斯恢复原先的能力并成功进化。此时达娜却被不明Hunter绑走。曼哈顿感染程度持续上升。
亚历克斯为寻找妹妹，制服并吞噬Hunter头目（Leader Hunter），进一步找出绑架达娜的变种hunter，将其吞吃后获知达娜的所在。亚历克斯利用军方的火力，进入核心巢穴并寻找达娜。 核心巢穴的中心，是黑光计划病毒（Blacklight）的核心带原者伊丽莎白·格林。亚历克斯将抗体注入伊丽莎白，却被伊丽莎白排出体外，并形成Hunter之王（Supreme Hunter），而亚历克斯并不知道。亚历克斯成功救出达娜，但她陷入昏迷。亚历克斯把达娜交给拉格伦医生保护。这时一名身分不明的神秘人向亚历克斯透露黑光计划病毒的起源与释放病毒的人其实是他，并告诉他伊丽莎白未死。同时，军方从空中散布病毒抗体Bloodtox，并引入使用病毒技术制作而成的超级士兵。军方进一步在地面部属Bloodtox散布装置。出于自保，亚历克斯企图颠覆Bloodtox的散布行动。而这时亚历克斯从神秘人处得知军方打算利用特殊泵Bloodtox打至地底，消灭躲藏的感染体。神秘人要求亚历克斯伪装成士兵进行护送利用这东西引出伊丽莎白。特殊泵就位，并开始工作，大量Hunter与Hydra感染体从地底涌出。躲藏在地底下的伊丽莎白·格林被逼现身，被亚历克斯击杀并吞噬。伊丽莎白·格林已被消灭，亚历克斯再次企图摧毁Bloodtox的生产设施，佯装失手后与Gentek主席雷蒙德·麦克穆兰对质。麦克穆兰为了不让亚历克斯夺取记忆，举枪自尽。亚历克斯的匿名连络人身分揭晓，他是黑色守望组织的队长－罗伯特·荷斯。军方开始撤离纽约市，并打算在市区引爆核弹以消灭病毒。亚历克斯开始追踪地面部队的领袖。亚历克斯将抗命逃亡的士官伊恩·塔格特（Ian Taggart）吞噬掉。亚历克斯变化为塔格特的外观，与罗伯特·荷斯两人成功登上哈德逊港外的USS Reagan航母。亚历克斯吸收了主导者彼得·兰德尔（Peter Randall）将军。由于军队领袖与感染核心伊丽莎白·格林都被消灭，扮成罗伯特·荷斯的Hunter之王现出真面目，企图吞噬亚历克斯，成为唯一的最高级病毒集合体。消灭Hunter之王后，亚历克斯将引爆倒数中的核弹用直升机载离纽约，沉入水底。核爆的威力将他炸飞，尸身的碎肉落在曼哈顿岛上，这时一只鸟类动物想吃掉这碎肉，却不料被附身并吞噬，亚历克斯二度复活，至此游戏完结
#虐杀原型#