新的開始
馬里奧帶艾吉奧來到奧迪託雷宅邸，但艾吉奧並不想在這裡久留。一番深思熟慮後，馬里奧先教導了艾吉奧一些戰鬥技巧，並告訴了他喬瓦尼一直在隱瞞的事情——奧迪託雷家的刺客身份以及與之相關的一切。
時間來到1477年，艾吉奧花了幾個月接受訓練，但他仍決定離開。聽到他的決定，馬里奧憤然離去。艾吉奧在書房尋找他叔叔，卻得知對方已經帶人去聖吉米尼亞諾討伐近日一直騷擾他們的維耶裡。在聖吉米尼亞諾城外，艾吉奧找到馬里奧，加入了他們的行動。
維耶裡已將城門緊閉，馬里奧決定進攻防守較薄弱的南城門。趁著夜色一行人摸到城門附近，馬里奧和手下吸引住守衛的注意，艾吉奧則翻牆進入打開城門，大家順利入城。馬里奧將一部分手下分給艾吉奧，讓他們引開守衛，為其他人爭取時間。順利完成任務後，艾吉奧趕去和馬里奧匯合，但他只找到了一名受傷的戰士，對方表示馬里奧需要艾吉奧的支援。
維耶裡的部下發動突襲，原本的計劃被打亂，馬里奧只好讓艾吉奧獨自潛入解決目標。於是艾吉奧隻身深入，找到了正和一名黑衣人同行的維耶裡。那名黑衣人正是羅德里戈，他向帕齊家族分發任務，讓他們準備好組織進攻。維耶裡提出馬里奧需要先被解決，並且他自告奮勇，但是被羅德里戈拒絕了。之後羅德里戈離開此地，士兵則向維耶裡報告了馬里奧入侵的消息，維耶裡決定親自會一會他，卻不知艾吉奧正在暗處悄悄注視。
繞到戰局後方的艾吉奧輕鬆殺死了維耶裡，在對方死前他沒能問出任何信息。憤怒的艾吉奧怒吼著，但馬里奧勸他尊重死者，不要步維耶裡的後塵，並將一份文件交給了艾吉奧。
回到奧迪託雷宅邸後，馬里奧在眾人面前誇獎了艾吉奧，他向艾吉奧表示維耶裡的死給這片地區帶來了平靜，並邀請艾吉奧參觀宅邸。路上，馬里奧向艾吉奧介紹了羅德里戈，讓他意識到誰才是幕後黑手。艾吉奧明白了，在殺死所有聖殿騎士前，他無法獲得真正的自由。於是他決定前往佛羅倫薩，從刺殺弗朗切斯科開始，踏上新的征程。除此之外，他也承擔起了收集阿泰爾手稿的任務。
佛羅倫薩的陰雲
1478年，艾吉奧回到了佛羅倫薩。他來到達·芬奇的工作室，拜託對方翻譯新發現的那些手稿，從中學到了一些新的刺殺技巧。同時，達芬奇介紹給他一個外號“狐狸”的傢伙，以便艾吉奧尋找自己的目標。
不過在此之前，艾吉奧決定不聽叔叔的警告，去見自己想念的克里斯蒂娜。克里斯蒂娜仍佩戴著上次他贈送的項鍊，但這次見面使得他收到了一個壞消息：克里斯蒂娜的父親即將把她嫁給曼弗雷德·迪·阿澤塔。突然克里斯蒂娜的朋友嘉妮塔趕來報信，那個曼弗雷德因欠賭債陷入了麻煩，艾吉奧趕走了債主，救下這個可憐蟲，並警告他不許再賭博。艾吉奧知道自己將踏上一條危險之路，所以他只能和克里斯蒂娜告別，希望她有個好的歸宿。
在舊市場附近，艾吉奧被一個小偷偷了錢包，對方一路將他引至找到“狐狸”拉·沃爾佩面前。沃爾佩告訴艾吉奧晚上會有一支來自羅馬的商隊召開秘密會議，在那裡可以打聽到弗朗切斯科的下落。沃爾佩帶著艾吉奧來到新聖母大教堂，弗朗切斯科將在那附近會見其同夥，艾吉奧需要通過城市地下的陵墓抵達聚會地點。
解開機關，打倒敵人後，艾吉奧潛入了會場。他發現弗朗切斯科等人正在籌劃一次武裝行動，羅德里戈也參與了會議，聖殿騎士們認為自己的行動十分隱秘。會議結束前，羅德里戈先行離開。對方裝備精良，甚至得到了教皇的暗中支持，但艾吉奧還是不知道聖殿騎士究竟想幹什麼，只知道和美第奇家族有關，時間地點則在第二天一早的聖母百花大教堂前。沃爾佩猜測他們會在彌撒時刺殺洛倫佐，艾吉奧必須阻止騎士的行動。
星期日早晨艾吉奧趕到教堂前，他想找到混在人群中的弗朗切斯科。洛倫佐帶著家人們準備進行彌撒，突然弗朗切斯科和伯納多·巴倫切利持刀衝入現場，洛倫佐的弟弟朱利安諾在他們的攻擊下身亡。混在教士中的神父馬費和史特凡諾也拔出匕首開始攻擊，他們刺傷了洛倫佐的腿，但領主拔出了寶劍嚇退了對方。這時的弗朗切斯科也結束了對朱利安諾的襲擊，拔劍同洛倫佐對峙，威脅要殺其全家。好在艾吉奧出手相助，擊退了弗朗切斯科及其手下，並護送洛倫佐回家。
洛倫佐詢問艾吉奧為什麼幫助自己，艾吉奧向他表明了自己的身份。此時，帕齊家的士兵開始圍攻領主宮，為了阻止其陰謀，洛倫佐請求艾吉奧刺殺弗朗切斯科。
整個城市已經一片混亂，艾吉奧剛一來到領主宮便被弗朗切斯科發現，擊退圍上來的士兵後，艾吉奧爬上領主宮，來到孤立無援的弗朗切斯科面前，殺死了無路可逃的目標。
弗朗切斯科發起的暴亂被鎮壓，雅各布·德·帕齊來到領主宮前的廣場想要安撫群眾並獲得他們的信任，但他剛要開口，弗朗切斯科的屍體被艾吉奧從背後的宮殿上吊下。洛倫佐的手下高聲大笑，窘迫的雅各布迅速離開。
收尾工作
過了不久，洛倫佐邀請艾吉奧見面，他講述了過去自己小時候如何被喬瓦尼所救，從此開啟了兩家的交情。不過還有正事要處理，以帕齊家領袖雅各布為首的聖殿騎士們逃離了佛羅倫薩，而洛倫佐向艾吉奧提供了那些人的名單，並送給他一份阿泰爾手稿。
艾吉奧決定先和馬里奧見一面，臨行前他找到達·芬奇為他解譯手稿，得到了改良後的毒刃。他想和克里斯蒂娜告別，卻得知她們已經舉家離開佛羅倫薩。隨後他將名單帶給馬里奧，靠著馬里奧的探子，艾吉奧在聖吉米尼亞諾找到了雅各布的手下們。
伯納多從洛倫佐的監禁中逃離，在守衛之側棲身；馬費神父躲在高塔之上，發表著他的演說；史特凡諾待在城外的修道院，自以為安穩；將士兵帶進佛羅倫薩的薩維亞提，只敢在宅邸中發抖不停。艾吉奧花了幾個月時間一個個殺死了他們，也得到了雅各布的下落。
1478年，雅各布和騎士們約在聖吉米亞諾的教堂見面，艾吉奧提前埋伏在那裡，他悄悄跟上雅各布，以期發現更多聖殿騎士。一路緊隨，在古羅馬劇院，艾吉奧看到雅各布向羅德里戈抱怨刺客的強大，並把責任推給了弗朗切斯科，跟羅德里戈在一起的還有來自威尼斯的埃米利歐·巴巴里戈。羅德里戈殺了無用的雅各布，然後出言揭露了艾吉奧的存在，並下令殺死他。艾吉奧想辦法解決了蜂擁而上的敵人，在看著雅各布斷氣後逃出生天。
1479年，艾吉奧來到美第奇宅邸，卻發現這裡被聖殿騎士襲擊，洛倫佐也被**。艾吉奧潛入洛倫佐的藏身處，此時聖殿騎士正在尋找進入的方法。艾吉奧搶在他們之前打開了暗道並將對方全部打倒，最終成功救下洛倫佐。
時間來到1480年，艾吉奧回到佛羅倫薩再次和洛倫佐碰面，他帶來了帕齊家族悉數死亡的消息。洛倫佐表達了自己的感謝，並向艾吉奧表示了美第奇家族的友誼，他還詢問艾吉奧的下一個目標，艾吉奧表示自己將前往威尼斯。
原本想和友人告別的艾吉奧得知了達·芬奇受邀前往威尼斯的消息，於是決定和他同行。
威尼斯追獵
在亞平寧山脈，艾吉奧追上了達·芬奇，他幫助友人修好了馬車，並聽其介紹了最新發明的滑翔翼，最後兩人一同駕車離開。
羅德里戈派人阻攔艾吉奧，馬車衝破了一道道關卡，為了掩護達·芬奇，艾吉奧選擇下車獨自迎敵。在解決完追兵後，艾吉奧趕到了佛利的碼頭和友人匯合，但他沒有前往威尼斯的通行證，被拒絕登船。
一名女士的尖叫吸引了艾吉奧的注意，她被困在了岸邊的礁石上。艾吉奧找來小船救下女人，對方自我介紹為卡特琳娜，她請艾吉奧將自己帶去渡船，作為報答，她幫助艾吉奧獲得了登船的機會。不過達·芬奇告訴了艾吉奧那女人的身份：卡特琳娜·史佛扎——佛利領主之妻，他提醒艾吉奧提防，但這位風流浪子並沒有將他的話放在心上。
1481年，艾吉奧抵達威尼斯，和達·芬奇在當地人亞維斯的帶領下前往其工作室。當他們路過集市時，目睹了士兵打砸商販的攤位。達·芬奇的視線被路旁店鋪內擺放的人偶吸引，由於錢放在行李當中，他請艾吉奧先替他墊付，但一群快速跑過的人打斷了二人的對話，隊尾的一名女子還試圖偷走艾吉奧的錢袋。
在賽塔宮外，亞維斯簡單介紹了該地區的局勢：埃米利歐試圖對城內的商販統一管理。他們還看到先前的商販來到賽塔宮投訴，卻被士兵逮捕。最後，他們抵達了達·芬奇的新工作室，艾吉奧也和友人告別。
獨自離開的艾吉奧開始尋找潛入賽塔宮的方法，但先前那群人突然衝入，引走了門口的警衛，那名女子在爬牆時被弓箭手射傷了腿，轉而尋求艾吉奧的幫助，情況緊急，艾吉奧只好先掩護這個名叫羅莎的女子來到河邊。
一個叫烏果的男子駕駛貢多拉在河邊接應，艾吉奧幫助他們清除了沿途的警衛，幾人來到了威尼斯的盜賊公會。在妥善安置了羅莎後，艾吉奧和公會領袖安東尼奧見面。安東尼奧首先表達了自己的感謝，同時他也告訴艾吉奧自己對他早有耳聞。在辦公室內，安東尼奧表明他們和艾吉奧目標一致，現在最好的辦法是合作。為此，艾吉奧需要協助盜賊公會的成員完成一些任務。
這些準備工作花費了四年時間，在此期間艾吉奧和羅莎打得火熱。終於，安東尼奧決定發起攻擊，他需要艾吉奧先解決那些弓箭手，以便盜賊們將其替換。烏果手下的盜賊引開了賽塔宮裡的士兵，艾吉奧成功潛入，他偷聽到一個叫卡羅的人正在和埃米利歐見面。卡羅勸說巴巴里戈小心刺客，隨後離開。艾吉奧趕在巴巴里戈逃走前殺死了他。
盜賊們接管了賽塔宮，巴巴里戈從百姓那裡壓榨的財富被悉數歸還，艾吉奧也得到了報仇。他還從安東尼奧口中得到了那個卡羅·葛馬蒂的相關信息。
1485年，依靠安東尼奧提供的信息，艾吉奧來到了聖殿騎士會面之處，他看到卡羅與另一名男子西維歐·巴巴里戈同行，艾吉奧尾隨其後進行竊聽：聖殿騎士已經滲透進威尼斯的十人會議，並試圖拉攏總督。之後，另外兩名騎士馬可·巴巴里戈和但丁·莫洛同他們匯合，並帶來巴巴里戈已死的消息。最後，羅德里戈出現了，他決定讓卡羅在當天晚上殺死總督，由馬可接替其位。在警告他們提高警惕後，羅德里戈返回羅馬。
艾吉奧急忙將聖殿騎士的計劃告訴安東尼奧，為了阻止他們，艾吉奧開始和盜賊們尋找進入總督宮的辦法。可惜總督宮的防守天衣無縫，安東尼奧抱怨說連只鳥都飛不進去，他的話讓艾吉奧想起了達·芬奇研製的滑翔翼。
在達·芬奇和安東尼奧的幫助下，艾吉奧趁著夜色利用滑翔翼飛進了總督宮，但他沒能阻止總督飲下毒酒，只來得及殺死卡羅。因此，艾吉奧成為了威尼斯的頭號通緝犯，而馬可成功當選為新的總督。
1486年，威尼斯狂歡節前夕，離開了一段時間的達·芬奇回來了，一直藏身在盜賊公會的艾吉奧決定去見他。由於是狂歡節，街上人人佩戴面具，這使得艾吉奧可以自由行動。
達·芬奇幫助艾吉奧破譯了近些年獲得的手稿，從而製造出了袖槍。在達·芬奇和安東尼奧的建議下，艾吉奧出發尋找提奧多拉修女幫忙。
在玫瑰之貞妓院，艾吉奧見到了修女提奧多拉。幫對方解決麻煩後，提奧多拉告訴艾吉奧，馬可將會在今夜舉辦派對，但想進去的話艾吉奧必須弄到一張有編號的金面具。
在返回盜賊公會的路上，達·芬奇告訴艾吉奧，他這麼多年心心念唸的克里斯蒂娜已經結婚，並和丈夫曼弗雷德來到了威尼斯。艾吉奧借其丈夫的名義約克里斯蒂娜見面，當他看到多年未見的女子，情不自禁地擁吻了對方。但克里斯蒂娜推開了艾吉奧，向他訴說自己內心的痛苦，那串項鍊已被摘下，儘管她還深愛著這名男子，但艾吉奧卻讓她嫁給了他人，因此她選擇了離開。
次日，為了得到金面具，艾吉奧參加了嘉年華上的遊戲，但聖殿騎士從中作梗，使得但丁·莫洛獲得最終勝利。在但丁前往宴會的途中，艾吉奧將面具偷走，從而進入了宴會現場。趁著馬可在船上致辭的時，混在人群的艾吉奧中用袖槍殺死了他。回到玫瑰之貞，艾吉奧度過了銷魂的一夜。
幾天後，應安東尼奧之邀，艾吉奧再次來到賽塔宮，在那裡他見到了阿戈斯汀諾·巴巴里戈——馬可的弟弟，威尼斯未來的總督。阿戈斯汀諾表示自己不會和波吉亞家族同流合汙，還告知艾吉奧逃跑的西維歐目前佔據著軍械庫，艾吉奧需要瓦解對方的軍隊，為此他需要尋求巴託洛米奧·達維亞諾的幫助。
但西維歐提前襲擊了巴託洛米奧，艾吉奧按照一名士兵的指點找到了其關押囚犯之地，將巴託洛米奧救出，並奪回了他的家。艾吉奧表明了自己的來意，巴託洛米奧決定和他合作。
進行戰前準備時，艾吉奧發現達·芬奇又將離開去往米蘭，他拜託友人定期告知近況，並請他將那些手稿帶回蒙特裡久尼。
花費數月奪回巴託洛米奧的地盤後，傭兵們於1487年開始行動，他們分散了西維歐手下士兵的注意，為艾吉奧進入軍械庫創造了機會。最後，艾吉奧殺死了西維歐和他手下的但丁。可他們在臨死前透露，這只不過是誘敵之計，聖殿騎士的真正目標是派船隻去塞浦路斯。
雖然威尼斯獲得了安寧，但艾吉奧還得想辦法弄清聖殿騎士的動機。
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