新的开始
马里奥带艾吉奥来到奥迪托雷宅邸，但艾吉奥并不想在这里久留。一番深思熟虑后，马里奥先教导了艾吉奥一些战斗技巧，并告诉了他乔瓦尼一直在隐瞒的事情——奥迪托雷家的刺客身份以及与之相关的一切。
时间来到1477年，艾吉奥花了几个月接受训练，但他仍决定离开。听到他的决定，马里奥愤然离去。艾吉奥在书房寻找他叔叔，却得知对方已经带人去圣吉米尼亚诺讨伐近日一直骚扰他们的维耶里。在圣吉米尼亚诺城外，艾吉奥找到马里奥，加入了他们的行动。
维耶里已将城门紧闭，马里奥决定进攻防守较薄弱的南城门。趁着夜色一行人摸到城门附近，马里奥和手下吸引住守卫的注意，艾吉奥则翻墙进入打开城门，大家顺利入城。马里奥将一部分手下分给艾吉奥，让他们引开守卫，为其他人争取时间。顺利完成任务后，艾吉奥赶去和马里奥汇合，但他只找到了一名受伤的战士，对方表示马里奥需要艾吉奥的支援。
维耶里的部下发动突袭，原本的计划被打乱，马里奥只好让艾吉奥独自潜入解决目标。于是艾吉奥只身深入，找到了正和一名黑衣人同行的维耶里。那名黑衣人正是罗德里戈，他向帕齐家族分发任务，让他们准备好组织进攻。维耶里提出马里奥需要先被解决，并且他自告奋勇，但是被罗德里戈拒绝了。之后罗德里戈离开此地，士兵则向维耶里报告了马里奥入侵的消息，维耶里决定亲自会一会他，却不知艾吉奥正在暗处悄悄注视。
绕到战局后方的艾吉奥轻松杀死了维耶里，在对方死前他没能问出任何信息。愤怒的艾吉奥怒吼着，但马里奥劝他尊重死者，不要步维耶里的后尘，并将一份文件交给了艾吉奥。
回到奥迪托雷宅邸后，马里奥在众人面前夸奖了艾吉奥，他向艾吉奥表示维耶里的死给这片地区带来了平静，并邀请艾吉奥参观宅邸。路上，马里奥向艾吉奥介绍了罗德里戈，让他意识到谁才是幕后黑手。艾吉奥明白了，在杀死所有圣殿骑士前，他无法获得真正的自由。于是他决定前往佛罗伦萨，从刺杀弗朗切斯科开始，踏上新的征程。除此之外，他也承担起了收集阿泰尔手稿的任务。
佛罗伦萨的阴云
1478年，艾吉奥回到了佛罗伦萨。他来到达·芬奇的工作室，拜托对方翻译新发现的那些手稿，从中学到了一些新的刺杀技巧。同时，达芬奇介绍给他一个外号“狐狸”的家伙，以便艾吉奥寻找自己的目标。
不过在此之前，艾吉奥决定不听叔叔的警告，去见自己想念的克里斯蒂娜。克里斯蒂娜仍佩戴着上次他赠送的项链，但这次见面使得他收到了一个坏消息：克里斯蒂娜的父亲即将把她嫁给曼弗雷德·迪·阿泽塔。突然克里斯蒂娜的朋友嘉妮塔赶来报信，那个曼弗雷德因欠赌债陷入了麻烦，艾吉奥赶走了债主，救下这个可怜虫，并警告他不许再赌博。艾吉奥知道自己将踏上一条危险之路，所以他只能和克里斯蒂娜告别，希望她有个好的归宿。
在旧市场附近，艾吉奥被一个小偷偷了钱包，对方一路将他引至找到“狐狸”拉·沃尔佩面前。沃尔佩告诉艾吉奥晚上会有一支来自罗马的商队召开秘密会议，在那里可以打听到弗朗切斯科的下落。沃尔佩带着艾吉奥来到新圣母大教堂，弗朗切斯科将在那附近会见其同伙，艾吉奥需要通过城市地下的陵墓抵达聚会地点。
解开机关，打倒敌人后，艾吉奥潜入了会场。他发现弗朗切斯科等人正在筹划一次武装行动，罗德里戈也参与了会议，圣殿骑士们认为自己的行动十分隐秘。会议结束前，罗德里戈先行离开。对方装备精良，甚至得到了教皇的暗中支持，但艾吉奥还是不知道圣殿骑士究竟想干什么，只知道和美第奇家族有关，时间地点则在第二天一早的圣母百花大教堂前。沃尔佩猜测他们会在弥撒时刺杀洛伦佐，艾吉奥必须阻止骑士的行动。
星期日早晨艾吉奥赶到教堂前，他想找到混在人群中的弗朗切斯科。洛伦佐带着家人们准备进行弥撒，突然弗朗切斯科和伯纳多·巴伦切利持刀冲入现场，洛伦佐的弟弟朱利安诺在他们的攻击下身亡。混在教士中的神父马费和史特凡诺也拔出匕首开始攻击，他们刺伤了洛伦佐的腿，但领主拔出了宝剑吓退了对方。这时的弗朗切斯科也结束了对朱利安诺的袭击，拔剑同洛伦佐对峙，威胁要杀其全家。好在艾吉奥出手相助，击退了弗朗切斯科及其手下，并护送洛伦佐回家。
洛伦佐询问艾吉奥为什么帮助自己，艾吉奥向他表明了自己的身份。此时，帕齐家的士兵开始围攻领主宫，为了阻止其阴谋，洛伦佐请求艾吉奥刺杀弗朗切斯科。
整个城市已经一片混乱，艾吉奥刚一来到领主宫便被弗朗切斯科发现，击退围上来的士兵后，艾吉奥爬上领主宫，来到孤立无援的弗朗切斯科面前，杀死了无路可逃的目标。
弗朗切斯科发起的暴乱被镇压，雅各布·德·帕齐来到领主宫前的广场想要安抚群众并获得他们的信任，但他刚要开口，弗朗切斯科的尸体被艾吉奥从背后的宫殿上吊下。洛伦佐的手下高声大笑，窘迫的雅各布迅速离开。
收尾工作
过了不久，洛伦佐邀请艾吉奥见面，他讲述了过去自己小时候如何被乔瓦尼所救，从此开启了两家的交情。不过还有正事要处理，以帕齐家领袖雅各布为首的圣殿骑士们逃离了佛罗伦萨，而洛伦佐向艾吉奥提供了那些人的名单，并送给他一份阿泰尔手稿。
艾吉奥决定先和马里奥见一面，临行前他找到达·芬奇为他解译手稿，得到了改良后的毒刃。他想和克里斯蒂娜告别，却得知她们已经举家离开佛罗伦萨。随后他将名单带给马里奥，靠着马里奥的探子，艾吉奥在圣吉米尼亚诺找到了雅各布的手下们。
伯纳多从洛伦佐的监禁中逃离，在守卫之侧栖身；马费神父躲在高塔之上，发表着他的演说；史特凡诺待在城外的修道院，自以为安稳；将士兵带进佛罗伦萨的萨维亚提，只敢在宅邸中发抖不停。艾吉奥花了几个月时间一个个杀死了他们，也得到了雅各布的下落。
1478年，雅各布和骑士们约在圣吉米亚诺的教堂见面，艾吉奥提前埋伏在那里，他悄悄跟上雅各布，以期发现更多圣殿骑士。一路紧随，在古罗马剧院，艾吉奥看到雅各布向罗德里戈抱怨刺客的强大，并把责任推给了弗朗切斯科，跟罗德里戈在一起的还有来自威尼斯的埃米利欧·巴巴里戈。罗德里戈杀了无用的雅各布，然后出言揭露了艾吉奥的存在，并下令杀死他。艾吉奥想办法解决了蜂拥而上的敌人，在看着雅各布断气后逃出生天。
1479年，艾吉奥来到美第奇宅邸，却发现这里被圣殿骑士袭击，洛伦佐也被**。艾吉奥潜入洛伦佐的藏身处，此时圣殿骑士正在寻找进入的方法。艾吉奥抢在他们之前打开了暗道并将对方全部打倒，最终成功救下洛伦佐。
时间来到1480年，艾吉奥回到佛罗伦萨再次和洛伦佐碰面，他带来了帕齐家族悉数死亡的消息。洛伦佐表达了自己的感谢，并向艾吉奥表示了美第奇家族的友谊，他还询问艾吉奥的下一个目标，艾吉奥表示自己将前往威尼斯。
原本想和友人告别的艾吉奥得知了达·芬奇受邀前往威尼斯的消息，于是决定和他同行。
威尼斯追猎
在亚平宁山脉，艾吉奥追上了达·芬奇，他帮助友人修好了马车，并听其介绍了最新发明的滑翔翼，最后两人一同驾车离开。
罗德里戈派人阻拦艾吉奥，马车冲破了一道道关卡，为了掩护达·芬奇，艾吉奥选择下车独自迎敌。在解决完追兵后，艾吉奥赶到了佛利的码头和友人汇合，但他没有前往威尼斯的通行证，被拒绝登船。
一名女士的尖叫吸引了艾吉奥的注意，她被困在了岸边的礁石上。艾吉奥找来小船救下女人，对方自我介绍为卡特琳娜，她请艾吉奥将自己带去渡船，作为报答，她帮助艾吉奥获得了登船的机会。不过达·芬奇告诉了艾吉奥那女人的身份：卡特琳娜·史佛扎——佛利领主之妻，他提醒艾吉奥提防，但这位风流浪子并没有将他的话放在心上。
1481年，艾吉奥抵达威尼斯，和达·芬奇在当地人亚维斯的带领下前往其工作室。当他们路过集市时，目睹了士兵打砸商贩的摊位。达·芬奇的视线被路旁店铺内摆放的人偶吸引，由于钱放在行李当中，他请艾吉奥先替他垫付，但一群快速跑过的人打断了二人的对话，队尾的一名女子还试图偷走艾吉奥的钱袋。
在赛塔宫外，亚维斯简单介绍了该地区的局势：埃米利欧试图对城内的商贩统一管理。他们还看到先前的商贩来到赛塔宫投诉，却被士兵逮捕。最后，他们抵达了达·芬奇的新工作室，艾吉奥也和友人告别。
独自离开的艾吉奥开始寻找潜入赛塔宫的方法，但先前那群人突然冲入，引走了门口的警卫，那名女子在爬墙时被弓箭手射伤了腿，转而寻求艾吉奥的帮助，情况紧急，艾吉奥只好先掩护这个名叫罗莎的女子来到河边。
一个叫乌果的男子驾驶贡多拉在河边接应，艾吉奥帮助他们清除了沿途的警卫，几人来到了威尼斯的盗贼公会。在妥善安置了罗莎后，艾吉奥和公会领袖安东尼奥见面。安东尼奥首先表达了自己的感谢，同时他也告诉艾吉奥自己对他早有耳闻。在办公室内，安东尼奥表明他们和艾吉奥目标一致，现在最好的办法是合作。为此，艾吉奥需要协助盗贼公会的成员完成一些任务。
这些准备工作花费了四年时间，在此期间艾吉奥和罗莎打得火热。终于，安东尼奥决定发起攻击，他需要艾吉奥先解决那些弓箭手，以便盗贼们将其替换。乌果手下的盗贼引开了赛塔宫里的士兵，艾吉奥成功潜入，他偷听到一个叫卡罗的人正在和埃米利欧见面。卡罗劝说巴巴里戈小心刺客，随后离开。艾吉奥赶在巴巴里戈逃走前杀死了他。
盗贼们接管了赛塔宫，巴巴里戈从百姓那里压榨的财富被悉数归还，艾吉奥也得到了报仇。他还从安东尼奥口中得到了那个卡罗·葛马蒂的相关信息。
1485年，依靠安东尼奥提供的信息，艾吉奥来到了圣殿骑士会面之处，他看到卡罗与另一名男子西维欧·巴巴里戈同行，艾吉奥尾随其后进行窃听：圣殿骑士已经渗透进威尼斯的十人会议，并试图拉拢总督。之后，另外两名骑士马可·巴巴里戈和但丁·莫洛同他们汇合，并带来巴巴里戈已死的消息。最后，罗德里戈出现了，他决定让卡罗在当天晚上杀死总督，由马可接替其位。在警告他们提高警惕后，罗德里戈返回罗马。
艾吉奥急忙将圣殿骑士的计划告诉安东尼奥，为了阻止他们，艾吉奥开始和盗贼们寻找进入总督宫的办法。可惜总督宫的防守天衣无缝，安东尼奥抱怨说连只鸟都飞不进去，他的话让艾吉奥想起了达·芬奇研制的滑翔翼。
在达·芬奇和安东尼奥的帮助下，艾吉奥趁着夜色利用滑翔翼飞进了总督宫，但他没能阻止总督饮下毒酒，只来得及杀死卡罗。因此，艾吉奥成为了威尼斯的头号通缉犯，而马可成功当选为新的总督。
1486年，威尼斯狂欢节前夕，离开了一段时间的达·芬奇回来了，一直藏身在盗贼公会的艾吉奥决定去见他。由于是狂欢节，街上人人佩戴面具，这使得艾吉奥可以自由行动。
达·芬奇帮助艾吉奥破译了近些年获得的手稿，从而制造出了袖枪。在达·芬奇和安东尼奥的建议下，艾吉奥出发寻找提奥多拉修女帮忙。
在玫瑰之贞妓院，艾吉奥见到了修女提奥多拉。帮对方解决麻烦后，提奥多拉告诉艾吉奥，马可将会在今夜举办派对，但想进去的话艾吉奥必须弄到一张有编号的金面具。
在返回盗贼公会的路上，达·芬奇告诉艾吉奥，他这么多年心心念念的克里斯蒂娜已经结婚，并和丈夫曼弗雷德来到了威尼斯。艾吉奥借其丈夫的名义约克里斯蒂娜见面，当他看到多年未见的女子，情不自禁地拥吻了对方。但克里斯蒂娜推开了艾吉奥，向他诉说自己内心的痛苦，那串项链已被摘下，尽管她还深爱着这名男子，但艾吉奥却让她嫁给了他人，因此她选择了离开。
次日，为了得到金面具，艾吉奥参加了嘉年华上的游戏，但圣殿骑士从中作梗，使得但丁·莫洛获得最终胜利。在但丁前往宴会的途中，艾吉奥将面具偷走，从而进入了宴会现场。趁着马可在船上致辞的时，混在人群的艾吉奥中用袖枪杀死了他。回到玫瑰之贞，艾吉奥度过了销魂的一夜。
几天后，应安东尼奥之邀，艾吉奥再次来到赛塔宫，在那里他见到了阿戈斯汀诺·巴巴里戈——马可的弟弟，威尼斯未来的总督。阿戈斯汀诺表示自己不会和波吉亚家族同流合污，还告知艾吉奥逃跑的西维欧目前占据着军械库，艾吉奥需要瓦解对方的军队，为此他需要寻求巴托洛米奥·达维亚诺的帮助。
但西维欧提前袭击了巴托洛米奥，艾吉奥按照一名士兵的指点找到了其关押囚犯之地，将巴托洛米奥救出，并夺回了他的家。艾吉奥表明了自己的来意，巴托洛米奥决定和他合作。
进行战前准备时，艾吉奥发现达·芬奇又将离开去往米兰，他拜托友人定期告知近况，并请他将那些手稿带回蒙特里久尼。
花费数月夺回巴托洛米奥的地盘后，佣兵们于1487年开始行动，他们分散了西维欧手下士兵的注意，为艾吉奥进入军械库创造了机会。最后，艾吉奥杀死了西维欧和他手下的但丁。可他们在临死前透露，这只不过是诱敌之计，圣殿骑士的真正目标是派船只去塞浦路斯。
虽然威尼斯获得了安宁，但艾吉奥还得想办法弄清圣殿骑士的动机。
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