遊戲裡的時間線是林泊現實（現實世界2019年像素塔世界產生，人類意識進入像素塔，這一批人類被稱為先民，後來，像素塔世界乾脆把所有從未重生過的生命體叫做先民）→荒年記（先民的最初思想意識開始覺醒，類似古人類從史前猿人走向文明的這一段時間，在這一段時間裡人類從像素塔的第一層冰原區向上探索到了第二層石林區）→十日紀（先民到達石林並開始安居樂業，開發資源，並且還建造了五大天宮五大天宮我也不知道是什麼東西，貌似就是一些模擬行星運動的機械體。之所以叫十日記是因為石林本來有十個太陽後來一位英雄發明了弓箭射下了九個太陽，還有什麼重力倒置之類的大事件，總之，這個年代過完之後石林資源完全枯竭，變得不適合人類居住，一部分人類留在了這裡，另一部分繼續向上探索尋找更新的家園）→龍宮紀（人們繼續尋找新的家園，在像素塔的第三層建立了大城市霓虹和港灣，這是一座永遠下著雨的城市，詳細的我一會兒科普。並且找到了像素塔的第四層阿特拉斯，意思是無限的海洋，並在水底建立了巨大的海下王國忘憂宮，後來不知道什麼又毀滅了，只留下一個家族和四個謎樣的人影，守護著昔日的宮殿和能源機器）→中宮紀（這個時期是類似地球工業革命的一個時期，人類基本上把像素塔原有的層數都探索完了，而隨之而來的是資源的枯竭，於是人們把眼光望向了宇宙，用自己的技術建造了三個人造的塔層，你可以想象成世界套世界，被稱為行星層）→新生紀（工業大革命結束，科技和資源高度發展，掌管時間的中之層被人發現和開發（雖然現在已經是廢城了），並建立了高大的宇宙方舟（就是望影方舟的那個方舟，第七章隱藏曲上的小女孩弭兒也是這個時候被製造出來的，不過她其實是方舟塔裡面的AI）但隨著科技的高度發展，人們對這個世界的瞭解更加具體而深入，開始質疑並思考這個世界是否真實，一片恐慌的情緒在人們的心裡面蔓延出來，他們成立了兩個黨派，一個是由尊師（霓虹市的統治者，至高無上的虹之主）帶領的魔女教，一個是組織“鷹”，開始了慘烈的虹之戰，最終鷹黨勝利）→月面紀（鷹黨勝利後帶領像素塔的人類擊穿了像素塔的天幕和穹頂，在像素塔的外殼上建造城市（你可以想象成賽博龐克空間站那種感覺）新的生活方式和技術科技也產生了，新的城市被命名為月面，所以叫月面紀）→現代（像素塔的科技飛速發展，但工業發展越快，社會和精神上的問題暴露出的越多，一年初春，鴿子籠的故事在人們心中傳播，人類不過是打破了籠子的鴿子，自認為打破了屏障，實際上，還有下一層屏障等著他們，不斷的自以為是和所謂的探究真理最終引來的不過是造物主的發笑，人們開始思考這個世界的合理性和自己存在的意義，最終發現了像素只不過是人造世界的這個事實，沒了意識的支撐，像素塔世界也開始崩塌，不斷地出現時空裂縫和蟲洞，人們患上嚴重的精神疾病，無法控制自己直至泯滅，在這些風波之中，有一些人參悟世界的真理後，覺醒為林泊，並形成了組織，其中就包括我們的主角一行人：鳩，吉諾，久住，美穗等，詳細介紹可以去網上搜，他們用自己的微弱力量拯救這個世界，同時也實現了對自己的救贖。） 以上除了現代之外其他四個紀全都是像素塔的歷史，並沒有在遊戲出現而是在外傳裡出現。至於他們的結局我個人認為應該是離開這個世界，去往新的空間了（官方小說最後一句就是“來吧！去新世界！”）至於是哪個世界那就是另外一個故事了…
由於像素他是精神世界編造而成的世界，所以像素塔裡面的人物在現實世界內也有他們的真身，鳩的真身是江米條老師，吉諾的真身是鄭州警察局局長，久住的真身是加載中提到的那位左歌手，美穗的真身是leaf先生。