游戏里的时间线是林泊现实（现实世界2019年像素塔世界产生，人类意识进入像素塔，这一批人类被称为先民，后来，像素塔世界干脆把所有从未重生过的生命体叫做先民）→荒年记（先民的最初思想意识开始觉醒，类似古人类从史前猿人走向文明的这一段时间，在这一段时间里人类从像素塔的第一层冰原区向上探索到了第二层石林区）→十日纪（先民到达石林并开始安居乐业，开发资源，并且还建造了五大天宫五大天宫我也不知道是什么东西，貌似就是一些模拟行星运动的机械体。之所以叫十日记是因为石林本来有十个太阳后来一位英雄发明了弓箭射下了九个太阳，还有什么重力倒置之类的大事件，总之，这个年代过完之后石林资源完全枯竭，变得不适合人类居住，一部分人类留在了这里，另一部分继续向上探索寻找更新的家园）→龙宫纪（人们继续寻找新的家园，在像素塔的第三层建立了大城市霓虹和港湾，这是一座永远下着雨的城市，详细的我一会儿科普。并且找到了像素塔的第四层阿特拉斯，意思是无限的海洋，并在水底建立了巨大的海下王国忘忧宫，后来不知道什么又毁灭了，只留下一个家族和四个谜样的人影，守护着昔日的宫殿和能源机器）→中宫纪（这个时期是类似地球工业革命的一个时期，人类基本上把像素塔原有的层数都探索完了，而随之而来的是资源的枯竭，于是人们把眼光望向了宇宙，用自己的技术建造了三个人造的塔层，你可以想象成世界套世界，被称为行星层）→新生纪（工业大革命结束，科技和资源高度发展，掌管时间的中之层被人发现和开发（虽然现在已经是废城了），并建立了高大的宇宙方舟（就是望影方舟的那个方舟，第七章隐藏曲上的小女孩弭儿也是这个时候被制造出来的，不过她其实是方舟塔里面的AI）但随着科技的高度发展，人们对这个世界的了解更加具体而深入，开始质疑并思考这个世界是否真实，一片恐慌的情绪在人们的心里面蔓延出来，他们成立了两个党派，一个是由尊师（霓虹市的统治者，至高无上的虹之主）带领的魔女教，一个是组织“鹰”，开始了惨烈的虹之战，最终鹰党胜利）→月面纪（鹰党胜利后带领像素塔的人类击穿了像素塔的天幕和穹顶，在像素塔的外壳上建造城市（你可以想象成赛博朋克空间站那种感觉）新的生活方式和技术科技也产生了，新的城市被命名为月面，所以叫月面纪）→现代（像素塔的科技飞速发展，但工业发展越快，社会和精神上的问题暴露出的越多，一年初春，鸽子笼的故事在人们心中传播，人类不过是打破了笼子的鸽子，自认为打破了屏障，实际上，还有下一层屏障等着他们，不断的自以为是和所谓的探究真理最终引来的不过是造物主的发笑，人们开始思考这个世界的合理性和自己存在的意义，最终发现了像素只不过是人造世界的这个事实，没了意识的支撑，像素塔世界也开始崩塌，不断地出现时空裂缝和虫洞，人们患上严重的精神疾病，无法控制自己直至泯灭，在这些风波之中，有一些人参悟世界的真理后，觉醒为林泊，并形成了组织，其中就包括我们的主角一行人：鸠，吉诺，久住，美穗等，详细介绍可以去网上搜，他们用自己的微弱力量拯救这个世界，同时也实现了对自己的救赎。） 以上除了现代之外其他四个纪全都是像素塔的历史，并没有在游戏出现而是在外传里出现。至于他们的结局我个人认为应该是离开这个世界，去往新的空间了（官方小说最后一句就是“来吧！去新世界！”）至于是哪个世界那就是另外一个故事了…
由于像素他是精神世界编造而成的世界，所以像素塔里面的人物在现实世界内也有他们的真身，鸠的真身是江米条老师，吉诺的真身是郑州警察局局长，久住的真身是加载中提到的那位左歌手，美穗的真身是leaf先生。