深淵故事終於隨著11期卡包發售的收官而迎來了完結。阿不思的落胤和艾克莉西婭，收穫了一個有情人終成眷屬的結局，真是可喜可賀可喜可賀。教導龍國慘劇化的居民與信徒也因為烙印的被封印而恢復了原貌。然而大靈峰冰水家的家破人亡，相劍門的分崩離析，卻沒有得到一點補償，明明它們才是無辜被牽扯進來的一方。至於教導的騎士弗雷德莉絲的遭遇，更是淒涼無比。
深淵故事的主線在於烙印。而教導龍國印刻在信徒身上，擁有給予信徒力量的聖痕，則是被詛咒的烙印。教導的騎士弗雷德莉絲身上被印刻的聖痕高達4個之多，這些聖痕賜予了她在戰場上無可匹敵的力量。也正是因為如此，她除了教導的騎士長的身份之外，還被選為了教導龍國歷史上的第664位聖女。
然而隨著教導的大神祇官發動了名為兇導的福音的儀式，原本刻印在信徒身上的聖痕，激發了原本深淵烙印的黑暗本質。從烙印形成的空洞中，黑暗的能量不斷湧出，最終改造了宿主的身體，讓他們變成了醜惡的慘絕戲演員的模樣。而被刻印在弗勒德莉絲身體上的4道聖痕，也開始侵蝕她的身體和神識，讓她墮落成了兇導的白騎士。
不同於其他直接被改造了身軀的慘絕戲演員，弗勒德莉絲雖然受到了兇導的福音的影響，但是她依然維持著一部分自己殘存的理性。最終在同為教導騎士團成員的阿東和鐵奧的幫助下，他們前往了大靈峰的相劍門尋求幫助。並在大靈峰相劍門深處的冰水底搖籃找到了剋制聖痕的辦法。
弗雷德莉絲在冰水搖籃裡面接受了來自冰水透閃石的治療。從冰水搖籃的卡圖上可以看到，弗雷德莉絲的四肢上面都佈滿了腐化的烙印（聖痕）。這次治療是成功的，弗雷德莉絲擺脫了烙印的腐化。並且之後跟著大靈峰的相劍門一起修行了相劍的力量，相劍的力量起源於冰水的能量，估計也同樣具有壓制烙印的能力。弗雷德莉絲也因此改頭換面，成為了英姿颯爽的劍客：妖眼之相劍師。
為了對烙印進行完全的封印，弗雷德莉絲重新啟程回到了教導龍國，直面這一切的元兇：教導的大神祇官。彼時教導龍國內已經被慘絕戲的演員們充斥，同時通過兇導的福音儀式，教導的大神祇官也變身成為了慘絕戲的大導劇神。弗雷德莉絲在同樣接受了相劍的力量的阿東和鐵奧的幫助下，突破了慘絕戲演員的防禦，最終用手中之劍斬殺了大導劇神。
然而事情並沒有因此而得到終結。大導劇神落敗之後，最初的聖女白聖骸騎著慘絕戲演員聖墓之訪問者加入了戰鬥。而在經歷了與大量慘絕戲演員和大導劇神的戰鬥之後，弗雷德莉絲後繼無力不幸被聖墓訪問者抓住。同時白聖骸體內的664位歷史上教導龍國絕望聖女的靈魂，開始侵入同樣作為聖女的弗雷德莉絲的神識。
更令人絕望的是，慘絕戲的大導劇神擁有死而復生的能力。這能力通過聖墓訪問者的牽引，將他從世界彼端再次迎來了現世。而大導劇神的目的，是集齊666位絕望聖女的靈魂烙印，徹底釋放烙印所蘊含的漆黑力量。現在弗雷德莉絲已經被擒，意味著他已經集齊了665位聖女的靈魂，接下他要去迎接最後一名聖女：艾克莉西婭。
在烙印城與大靈峰的戰爭中，大導劇神以被抓的弗雷德莉絲為要挾，迫使艾克莉西婭放棄了抵抗，完成了自己集齊666位聖女絕望烙印的偉業。在過往的歲月裡，因為同為教導龍國的聖女身份，弗雷迪莉絲對待艾克莉西婭，即是溫柔的姐姐，亦是嚴厲的導師。而這編織出的羈絆，無論何時、無論遠隔何方都將緊緊相系二人。
666位絕望聖女的靈魂，最終彙集而成的便是名為卡爾特西亞的赫之聖女的存在。教導劇神此刻已經做好了萬足的準備，開始發動對整個世界的清洗。所有無法被施加烙印的異教徒，都將亡於慘絕戲演員們的鐵蹄之下。首當其衝的便是教導龍國的頭號敵人，由半獸人戰士們組成的鐵獸戰線。而在鐵獸戰線孤軍奮戰之際，從鐵之國冒險歸來的護寶砲妖們作為援軍，加入了對大導劇神和慘絕戲演員們的戰爭。
烙印城的戰爭在如火如荼的進行著。赫之聖女卡爾特西亞使用自己烙印的力量，連同阿魯伯化身的白界喪失龍，招來了異世界的王者深淵之獸作為援軍。而護寶砲妖們從鐵之國帶回來了獸帶鬥神和衛星閃靈的力量。在次世代的力量之下，即便是曾經深淵的王者之獸們，也無法抗衡。
護寶砲妖的藍迅龍抓住機會，對深淵之獸的王者赫界龍發出了致命的攻擊。而就在這個時候，赫之聖女卡爾特西亞以身作障，挺身為赫界龍抵擋住了藍迅龍的攻擊。柯爾特西亞的隕落為存在於其體內的艾克莉西婭和弗雷德莉絲提供了一線生機。艾克莉西婭趁機分離了卡爾特西亞的身體，並與阿不思的落胤合體，使阿不思的落胤龍化成為了烙印的王者之龍：神炎龍 白界龍。
同時弗雷德莉絲為了幫助艾克莉西婭戰勝赫界龍，她在665位絕望聖女的靈魂混亂中找回了自我，從而獲得了卡爾特西亞身體的掌控權。這無疑是弗雷德莉絲與艾克莉西婭之間深厚的羈絆而引發的奇蹟。在兼容了冰水、相劍、赫之烙印的力量之後，名為赫聖之妖騎士的相劍師出現了。這位赫聖之妖騎士，擁有著最初的相劍師的力量，同時也是作為最後的相劍師而存在，那颯爽的英姿與綺麗的面容，其本體正是弗雷德莉絲！
最終，在各方勢力的共同努力下，烙印城和深淵之獸都被打敗了，教導的大神祇官的野望也在最後被終結。艾克莉西婭和阿不思最終有情人終成眷屬，而弗雷德莉絲化身的妖騎士在拯救了艾克莉西婭之後，也放下了心中的執念，安然的消逝了。不過由665名聖女構成的身體依然存在，如今以名為庫艾姆的少女姿態而存在著，或許未來弗雷德莉絲也還有歸來的可能，但是遊戲王11期的數字包的故事已然完結了。