深渊故事终于随着11期卡包发售的收官而迎来了完结。阿不思的落胤和艾克莉西娅，收获了一个有情人终成眷属的结局，真是可喜可贺可喜可贺。教导龙国惨剧化的居民与信徒也因为烙印的被封印而恢复了原貌。然而大灵峰冰水家的家破人亡，相剑门的分崩离析，却没有得到一点补偿，明明它们才是无辜被牵扯进来的一方。至于教导的骑士弗雷德莉丝的遭遇，更是凄凉无比。
深渊故事的主线在于烙印。而教导龙国印刻在信徒身上，拥有给予信徒力量的圣痕，则是被诅咒的烙印。教导的骑士弗雷德莉丝身上被印刻的圣痕高达4个之多，这些圣痕赐予了她在战场上无可匹敌的力量。也正是因为如此，她除了教导的骑士长的身份之外，还被选为了教导龙国历史上的第664位圣女。
然而随着教导的大神祇官发动了名为凶导的福音的仪式，原本刻印在信徒身上的圣痕，激发了原本深渊烙印的黑暗本质。从烙印形成的空洞中，黑暗的能量不断涌出，最终改造了宿主的身体，让他们变成了丑恶的惨绝戏演员的模样。而被刻印在弗勒德莉丝身体上的4道圣痕，也开始侵蚀她的身体和神识，让她堕落成了凶导的白骑士。
不同于其他直接被改造了身躯的惨绝戏演员，弗勒德莉丝虽然受到了凶导的福音的影响，但是她依然维持着一部分自己残存的理性。最终在同为教导骑士团成员的阿东和铁奥的帮助下，他们前往了大灵峰的相剑门寻求帮助。并在大灵峰相剑门深处的冰水底摇篮找到了克制圣痕的办法。
弗雷德莉丝在冰水摇篮里面接受了来自冰水透闪石的治疗。从冰水摇篮的卡图上可以看到，弗雷德莉丝的四肢上面都布满了腐化的烙印（圣痕）。这次治疗是成功的，弗雷德莉丝摆脱了烙印的腐化。并且之后跟着大灵峰的相剑门一起修行了相剑的力量，相剑的力量起源于冰水的能量，估计也同样具有压制烙印的能力。弗雷德莉丝也因此改头换面，成为了英姿飒爽的剑客：妖眼之相剑师。
为了对烙印进行完全的封印，弗雷德莉丝重新启程回到了教导龙国，直面这一切的元凶：教导的大神祇官。彼时教导龙国内已经被惨绝戏的演员们充斥，同时通过凶导的福音仪式，教导的大神祇官也变身成为了惨绝戏的大导剧神。弗雷德莉丝在同样接受了相剑的力量的阿东和铁奥的帮助下，突破了惨绝戏演员的防御，最终用手中之剑斩杀了大导剧神。
然而事情并没有因此而得到终结。大导剧神落败之后，最初的圣女白圣骸骑着惨绝戏演员圣墓之访问者加入了战斗。而在经历了与大量惨绝戏演员和大导剧神的战斗之后，弗雷德莉丝后继无力不幸被圣墓访问者抓住。同时白圣骸体内的664位历史上教导龙国绝望圣女的灵魂，开始侵入同样作为圣女的弗雷德莉丝的神识。
更令人绝望的是，惨绝戏的大导剧神拥有死而复生的能力。这能力通过圣墓访问者的牵引，将他从世界彼端再次迎来了现世。而大导剧神的目的，是集齐666位绝望圣女的灵魂烙印，彻底释放烙印所蕴含的漆黑力量。现在弗雷德莉丝已经被擒，意味着他已经集齐了665位圣女的灵魂，接下他要去迎接最后一名圣女：艾克莉西娅。
在烙印城与大灵峰的战争中，大导剧神以被抓的弗雷德莉丝为要挟，迫使艾克莉西娅放弃了抵抗，完成了自己集齐666位圣女绝望烙印的伟业。在过往的岁月里，因为同为教导龙国的圣女身份，弗雷迪莉丝对待艾克莉西娅，即是温柔的姐姐，亦是严厉的导师。而这编织出的羁绊，无论何时、无论远隔何方都将紧紧相系二人。
666位绝望圣女的灵魂，最终汇集而成的便是名为卡尔特西亚的赫之圣女的存在。教导剧神此刻已经做好了万足的准备，开始发动对整个世界的清洗。所有无法被施加烙印的异教徒，都将亡于惨绝戏演员们的铁蹄之下。首当其冲的便是教导龙国的头号敌人，由半兽人战士们组成的铁兽战线。而在铁兽战线孤军奋战之际，从铁之国冒险归来的护宝砲妖们作为援军，加入了对大导剧神和惨绝戏演员们的战争。
烙印城的战争在如火如荼的进行着。赫之圣女卡尔特西亚使用自己烙印的力量，连同阿鲁伯化身的白界丧失龙，招来了异世界的王者深渊之兽作为援军。而护宝砲妖们从铁之国带回来了兽带斗神和卫星闪灵的力量。在次世代的力量之下，即便是曾经深渊的王者之兽们，也无法抗衡。
护宝砲妖的蓝迅龙抓住机会，对深渊之兽的王者赫界龙发出了致命的攻击。而就在这个时候，赫之圣女卡尔特西亚以身作障，挺身为赫界龙抵挡住了蓝迅龙的攻击。柯尔特西亚的陨落为存在于其体内的艾克莉西娅和弗雷德莉丝提供了一线生机。艾克莉西娅趁机分离了卡尔特西亚的身体，并与阿不思的落胤合体，使阿不思的落胤龙化成为了烙印的王者之龙：神炎龙 白界龙。
同时弗雷德莉丝为了帮助艾克莉西娅战胜赫界龙，她在665位绝望圣女的灵魂混乱中找回了自我，从而获得了卡尔特西亚身体的掌控权。这无疑是弗雷德莉丝与艾克莉西娅之间深厚的羁绊而引发的奇迹。在兼容了冰水、相剑、赫之烙印的力量之后，名为赫圣之妖骑士的相剑师出现了。这位赫圣之妖骑士，拥有着最初的相剑师的力量，同时也是作为最后的相剑师而存在，那飒爽的英姿与绮丽的面容，其本体正是弗雷德莉丝！
最终，在各方势力的共同努力下，烙印城和深渊之兽都被打败了，教导的大神祇官的野望也在最后被终结。艾克莉西娅和阿不思最终有情人终成眷属，而弗雷德莉丝化身的妖骑士在拯救了艾克莉西娅之后，也放下了心中的执念，安然的消逝了。不过由665名圣女构成的身体依然存在，如今以名为库艾姆的少女姿态而存在着，或许未来弗雷德莉丝也还有归来的可能，但是游戏王11期的数字包的故事已然完结了。