接下來，就到了“生化危機”歷史英雄輩出的時代了。
黃道快車事件
1998年7月23日晚，“特別戰術和救援服務”小隊（S.T.A.R.S，以下簡稱“特戰隊”）B隊，由恩裡克·馬里尼帶隊，乘坐貝爾UH-1易洛魁直升機，向阿克雷山區的斯賓塞洋館進發。馬隊曾在美軍服役多年，經驗豐富，實力強大，備受部下歡迎，如果不是威斯克空降特戰隊，他很可能就是這個部門的大哥了。馬隊還不知道，從UH-1起飛的那一刻起，就註定了他還有很多東西，要被威斯克奪走。
恩裡克·馬里尼（Enrico Marini）
首先，作為內鬼，威斯克必須阻止，至少是拖住這次調查，同時，他還要跟威廉·伯肯一起去廢棄多年的幹部養成所，重啟這所學校，以彌補近期阿克雷實驗室因破壞遭受的損失。之所以把重任一股腦都壓在威總身上，可能跟這兩處地點皆藏著高度核心機密有關。
多線操作難不倒威斯克，他先在B組起飛前破壞了飛機發動機，接下來的工作交給萬有引力就行，他自己則前往了養成所，準備迎接一批參與重建工作的研究員和工人。
直升機因引擎被威斯克破壞，無法抵達目的地
B隊乘坐的這架飛機，果然還沒抵達洋館便緊急迫降，所幸起初並無人員傷亡。但威斯克沒有想到的是，他動的這一番手腳，反而兜兜轉轉，讓特戰隊發現了一條更為完整的證據鏈：
幾小時前，在迫降地點附近，還發生過事故，一輛運送重刑犯的囚車遭到襲擊，B隊經過簡單調查，發現車上除了囚犯，還有兩名同行的國會議員，均已死亡，但名單上，有個殺了23人，名叫比利·科恩的“瘋子”，卻不見了蹤影，馬隊初步推測，可能是比利殺死了這一車人，他甚至可能得為阿克雷地區近幾個月的兇殺案負責。於是，馬隊下令，除了飛行員凱文·杜利原地待命外，其餘隊員分頭搜尋這名窮兇極惡的逃犯。
瑞貝卡·錢伯斯（Rebecca Chambers）
這是瑞貝卡·錢伯斯的第一個任務，她剛滿18歲，還是個醫療官，但依然勇敢地獨自穿行在浣熊森林，慢慢接近了林中的一條鐵軌，這是一條隸屬於保護傘公司的私人火車線路，連接阿克雷山區和浣熊市，名為“黃道特急”的列車往返兩地，為保護傘公司接送工作人員。此刻，那輛列車，正停在鐵軌上，散發著不安的氣息。
黃道特急今天執行的，正是將員工運到幹部養成所舊址的任務，它在兩個多小時前就出發了，按理應該已經抵達了終點，是什麼讓它在此停留呢？瑞貝卡小心翼翼地登上火車，很快，她便看到了許多殭屍化的保護傘員工。這，正是水蛭女王的傑作。
這些可憐的受害者，很多到死都不知遭遇了什麼，保護傘公司同樣對他們封鎖了信息，有些敏銳的人感到了危險，卻還天真地以為公司跟他們一樣不瞭解情況。他們也許說對了一半，保護傘公司確實不是什麼都知道，比如等在養成所的威斯克和伯肯，一時間也不清楚，在黃道特急上，到底發生了什麼，只能派保護傘特殊工作部隊（U.S.S）D組去調查。
愛德華之後也會因病毒成為殭屍，瑞貝卡不得不將殭屍化的華哥殺掉
這邊，瑞貝卡的隊友愛德華·杜威（Edward Dewey）也來到了黃道特急，可惜，此前在他穿越森林時，被感染了的動物咬傷，他拼盡全力向瑞貝卡描述了事態的嚴重性後，昏死過去。孤立無援的瑞貝卡在列車上遇到了逃犯比利，對方主動提出了合作，雖然科恩看起來是個可靠帥氣的肌肉猛男，但鑑於先入為主的看法，瑞貝卡並不信任這個殺人狂，直到列車上出現的“怪物”超出了一般認知，她終於明白，“奶媽”還得搭配一個“戰士”。
這個飛身一躍暴擊水蛭，英雄救美的英姿，算是比利的“正式亮相”
合作剛剛達成，原地停留多時的黃道特急，突然啟動，威斯克派出的特殊工作部隊已經來到了車裡，按計劃發動了列車，並向威斯克彙報了列車驟停的原由。
瞭解黃道特急已遭汙染後，威斯克改變了計劃，打算讓D組把車從最近的支線開出去，然後徹底銷燬列車。不過，還沒等他下達新命令，D組組員就全數被馬庫斯的水蛭大軍感染了。
這下，加速狂飆的黃道特急變成了無人駕駛，到時候沒人剎車，衝出軌道帶著大家粉身碎骨，就是它的結局了。瑞貝卡和比利必須讓它停下來，雖然最後列車還是撞向一個地下車站側翻了，但此前的減速，終究保住了兩人的性命。
列車宿命般地停在了那個研究中心，那個位於養成所地下的，被廢棄的，曾經做過無數人體實驗的，擺滿了中世紀刑具的，見證了馬庫斯死亡的，研究中心。
從闖入中心的那一刻起，瑞貝卡和比利就處在馬庫斯/水蛭女王的監控之下，實驗室昔日的主人，怎能容忍兩個愣頭青在他的地盤上撒野，他不斷釋放各種生物武器來阻擊他們，其中包括“獵殺者α型”、消除者（Eliminator）、瘟行蟲（Plague Crawler）、百夫長（Centurion）以及原型暴君（T-001型）等。軍人出身的比利和機智靈巧的瑞貝卡完美配合，在一波一波的怪物潮中，艱難存活下來，最終，見到了始終監視著他們的“馬庫斯”。
原型暴君（T-001）大吼一聲並向你豎起中指
但他們的頭頂上，其實還有兩雙眼睛，捕蟬的螳螂背後，還有威斯克和伯肯。威斯克是瑞貝卡的頂頭上司，自然不會把初出茅廬的小丫頭當回事，可是監視器前那位奇奇怪怪的死亡歌姬，實在令人在意，他跟伯肯一番調查，發現這人竟是馬庫斯後，如臨大敵，要知道當年他們對馬老師的瘋狂被刺，可是把對方徹底創死。如果這真是馬庫斯亡者歸來，肯定不會放過上輩子的仇人們，連帶著保護傘公司都可能完蛋。
馬庫斯死前看到的最後的畫面，竟然是兩位愛徒在自己墳頭蹦迪
此時，t病毒的研究已接近尾聲，只缺一次實戰測試數據，威斯克覺得，只需把特戰隊引入斯賓塞洋館，讓他們充當被攻擊的小白鼠，幫他完成這最後一步，他就可以離開保護傘，去敵對公司開啟新人生了（我願稱之為生化呂布）。但伯肯另有想法，保護傘公司對他來說還有利用價值，他還要繼續研究，把馬庫斯的t病毒時代，帶入他伯肯的g病毒時代，做大做強。而且伯肯對馬庫斯是否真復活了心存懷疑，他要留下來繼續觀望，如果事情果真往最壞的方向發展，他將啟動養成所地下室裡的自毀裝置。
對這個昔日出雙入對的搭檔，威斯克表示了尊重祝福後，便丟下爛攤子，專心打自己的小算盤去了。
瑞貝卡和比利一路過關斬將，最終逼水蛭女王擬態馬庫斯親自出場，伯肯也確定了，這位大Boss，就是衝著搞垮保護傘來的，他只能啟動自毀裝置。一連串的爆炸聲後，養成所洋館在沖天的火光中，瞬間崩塌，幸而瑞貝卡和比利及時戰勝了馬庫斯，逃出了這罪惡的地獄。
在並肩戰鬥中，瑞貝卡瞭解了比利的為人，這個鐵血猛男其實是拒絕了殘殺平民的命令，反被懷恨在心的長官栽贓成了殺人犯。放下誤會後，兩人之間的戰友情誼愈發純粹，或許，還有某種情愫在悄悄萌芽。
然而，時間走得很快，瑞貝卡將帶著“比利已經變成殭屍”的故事回去覆命，並迎接新的挑戰；比利將成為一個不存在的人繼續浪跡。兩人在晨曦中，以軍禮互道珍重，各奔西東。
洋館事件
當瑞貝卡和比利被困養成所時，B隊隊長帶著幾名隊員，在森林裡跟殭屍、地獄犬纏鬥後，終於來到了斯賓塞的洋館，這也是他們原計劃的目的地，特戰隊平日裡對隊員的訓練，走的就是單兵作戰路線，他們的行動守則也挺“個人英雄主義”，加上此時沒人知道將要面對的敵人有多可怕，所以，馬隊下令大家分頭行動，對洋館進行警戒和搜索。
探索中，馬隊在洋館地下發現了一個地鐵入口，便進入隧道，他想看看這條線路到底通向何處，他遇到的第一個站點，是個超大型的地下綜合實驗室：NEST，隸屬於保護傘，位於保護傘化工廠（Umbrella Chemical Plant）正下方，它存在的意義，是供威廉·伯肯研究g病毒，難怪伯肯不想離開保護傘，這待遇確實優厚。
威廉·伯肯快樂屋
在這裡，馬隊還跟瑞貝卡有一次短暫相遇。等等，瑞貝卡不是在養成所麼？這正是此條地下線路的可怕之處，它聯通了保護傘公司在阿克雷所有的設施，包括那條通往浣熊市的黃道特急專線，以及浣熊市中心下水道，也跟它相連，這裡已經給浣熊市的災難，埋下伏筆了。
發現龐大的地下交通網後，馬隊感到事情不簡單，又返回洋館做進一步的探查，果然，在這裡他知道了斯賓塞洋館跟保護傘公司的關係，還發現數月來的離奇慘案，正是從洋館洩露的病毒造成，當然，最迫在眉睫的發現是，保護傘在特戰隊安插了內鬼。但還沒來得及警告隊員，馬隊就在洋館庭院地下，遭到了生化武器攻擊，被困在了這個洞穴中。幾個小時候，他被A隊隊員找到，儘管他第一時間就試圖提醒隊友，可話還沒說完，一枚子彈便結束了他的生命，子彈正是來自內鬼威斯克。
不過，馬隊不用擔心，用不了多久，A隊隊員不想知道答案都不行了，因為威斯克壓根沒打算繼續呆在特戰隊，利用完這些隊員，他就可以爆狼了。
還沒有狂練肌肉的克里斯·雷德菲爾德（Chris Redfield）
A隊是24日在威斯克的帶領下，進入阿克雷山區的。因為知道要在目的地洋館存活，屬於噩夢難度，所以出發前，威斯克給自己來了一針，那是好基友伯肯送給他的t病毒，能賦予他更強大的力量和再生能力。為確保計劃萬無一失，威斯克還“策反”了一名A隊隊員巴瑞·波頓，方式簡單粗暴，你不幫我，我就殺你妻女。
A隊在找到B隊墜機地後，發現B隊原地待命的飛行員凱文·杜利已經死亡，那些咬死了杜利的變異地獄犬，也對剛落地的A隊發起了進攻，A隊的一名隊員當場陣亡，飛行員布拉德也嚇得拋下隊友，自己駕駛飛機逃跑了，不過他這麼一跑，反倒是給隊伍保存了有生力量。倖存的四名A隊隊員：克里斯·雷德菲爾德、吉爾·瓦倫丁、巴瑞以及威斯克，且戰且退，最終逃到了洋館。
吉爾·瓦倫丁（Jill Valentine），雖然還不是美得出水的建模，但已經很美了
進入洋館時，四人中有一人走散了（這裡走散的人是誰，遊玩克里斯線和遊玩吉爾線會有不同，在此就不作深究了），這開局正合威斯克之意，他輕易便能在不暴露意圖的前提下，將隊員分散，自己則可以一邊獲取實驗成果，一邊暗中觀測t病毒生化武器的實戰數據，因此，吉爾和克里斯遭受了大量t病毒系怪物的攻擊，包括但不限於獵殺者α型、巨型黃蜂、各種變異蜘蛛、巨噬蛇、植物42……
其中，洋館裡最成功的t系作品，理論上當屬暴君T-002型，它是在原型暴君的基礎上，減少了t病毒的計量後，產生的“究極生化武器”，除了肉體能力大幅提升外，它再也不是無腦的傻大個了，可以執行復雜任務，而且在血條堪憂時，它能解除自身“力量限制”，進一步變異成超級暴君。
威總顯然是高估了T-002的智商水平
但為什麼說是“理論上”呢？因為洋館1998年的這隻，還是半成品，在被威斯克喚醒後，002型首先無差別攻擊友軍，直接給威斯克來了個開膛破肚（克里斯線，吉爾線是給了一個大逼兜）。威斯克當場“死亡”，但在那之前，他也啟動了洋館的自毀裝置，特戰隊只能緊急撤離，當他們在停機坪等直升機時，暴君也追了上來，但半成品終歸是半成品，還是敵不過常規武器中的火箭彈，最終被一炮送上了西天。
克里斯和吉爾成功逃脫；正義的巴瑞在關鍵時刻，還是選擇了隊友，且沒被克里斯剋死，登上了飛機；B隊唯一倖存瑞貝卡在洋館遇到了克里斯，與A隊並肩作戰到最後，亦成功撤離。
巴瑞·波頓（Barry Burton），掙扎後選擇了戰友的真男人
但特戰隊的整場行動，並不成功，首先，自毀程序，把洋館中所有能給保護傘將一軍的實質證據，盡數毀滅；再者，雖然損失了一座豪宅，外加若干實驗設備，但保護傘真正在乎的東西，已在爆炸前，被成功轉移了出去；最後，威斯克因為開掛，死而復生，但他企圖偷保護傘的實驗數據，去敵方公司納投名狀的計劃，也被人搞黃了，保護傘再得一分。
原來，威斯克本以為自己是此次行動中的黃雀，可他千算萬算沒算到，他背後還有隻捕鳥的貓，人家才是最終贏家。這隻貓他並不陌生，兩天前，他無視養成所數據收集工作，直接撂挑子走人時，還在途中遇到過這個人，對方不但對他一通嘲諷，還派出保鏢“伊萬暴君”跟他互毆。
謝爾蓋·弗拉基米爾（Sergei Vladimir），記住回高加索了千萬別舔刀，容易粘住
此人便是，謝爾蓋·弗拉基米爾，前蘇聯軍人，蘇聯解體後，他來到保護傘參加了暴君計劃，沒成想他就是那個天選之子，體質非常適合t病毒，後來，保護傘對他的身體進行了克隆，原型暴君，002型和早期003型，都用到了他的克隆體。受到如此重用，謝爾蓋對斯賓塞和保護傘感激涕零，死心塌地，是的，他跟威斯克最大的不同，就是“忠義”二字了，所以他怎麼可能看得慣威斯克的背叛行為，他不光要給叛徒上一課，還專門選了個最噁心人的方式，他在威斯克假死期間，找到了洋館地下最隱蔽的超級計算機UMF-013，這臺計算機裡，就儲存著威斯克想要的數據，但謝爾蓋通過“緋紅女王”，取消了威斯克所有的訪問權限。
當“緋紅女王”（Red Queen）向威總亮出這個界面時，可謂侮辱性很強，傷害性也很大
本文的最後，再來重點說一下這個“緋紅女王”，因為它跟保護傘下一階段的生化武器研究，息息相關。她是保護傘開發的人工智能，最開始就存在這臺UMF-013裡，後續也會被謝爾蓋回收。回收後，她最重要的用武之地，便是跟“塔洛斯”（T-A.L.O.S）結合。
塔洛斯（T-A.L.O.S）是暴君-裝甲致命有機系統（Tyrant-Armored Lethal Organic System）的簡稱
塔洛斯是暴君系列中真正的強者，它儘可能多地摒棄了前幾代暴君的弱點，採用特殊合金打造裝甲，保護了暴君的外露器官；它腦內的芯片，跟強大的“緋紅女王”數據庫同步，使得容易失控的暴君變得可控，完全可以通過電腦操縱。1998年洋館事件時，塔洛斯尚在研究，它的素體就存放在洋館地下的實驗室，謝爾蓋趕在爆炸前，把它帶走了。所以，後來的“塔洛斯計劃”，就由他在保護傘公司俄羅斯分部完成了。
硝煙散盡，阿克雷山區的慘劇，終告於段落，接下來，壓力給到了浣熊市……
比利明示點贊
（這裡要誇一下一代和後出的前傳0代劇本，這兩代的故事發生在短短几天內，登場人物眾多，每人還各懷鬼胎，線索盤根錯節，讓遊戲呈現出了十分緊湊的節奏和乾淨利落的演繹，在整個系列中都很亮眼。）
瑞貝卡明示點贊