接下来，就到了“生化危机”历史英雄辈出的时代了。
黄道快车事件
1998年7月23日晚，“特别战术和救援服务”小队（S.T.A.R.S，以下简称“特战队”）B队，由恩里克·马里尼带队，乘坐贝尔UH-1易洛魁直升机，向阿克雷山区的斯宾塞洋馆进发。马队曾在美军服役多年，经验丰富，实力强大，备受部下欢迎，如果不是威斯克空降特战队，他很可能就是这个部门的大哥了。马队还不知道，从UH-1起飞的那一刻起，就注定了他还有很多东西，要被威斯克夺走。
恩里克·马里尼（Enrico Marini）
首先，作为内鬼，威斯克必须阻止，至少是拖住这次调查，同时，他还要跟威廉·伯肯一起去废弃多年的干部养成所，重启这所学校，以弥补近期阿克雷实验室因破坏遭受的损失。之所以把重任一股脑都压在威总身上，可能跟这两处地点皆藏着高度核心机密有关。
多线操作难不倒威斯克，他先在B组起飞前破坏了飞机发动机，接下来的工作交给万有引力就行，他自己则前往了养成所，准备迎接一批参与重建工作的研究员和工人。
直升机因引擎被威斯克破坏，无法抵达目的地
B队乘坐的这架飞机，果然还没抵达洋馆便紧急迫降，所幸起初并无人员伤亡。但威斯克没有想到的是，他动的这一番手脚，反而兜兜转转，让特战队发现了一条更为完整的证据链：
几小时前，在迫降地点附近，还发生过事故，一辆运送重刑犯的囚车遭到袭击，B队经过简单调查，发现车上除了囚犯，还有两名同行的国会议员，均已死亡，但名单上，有个杀了23人，名叫比利·科恩的“疯子”，却不见了踪影，马队初步推测，可能是比利杀死了这一车人，他甚至可能得为阿克雷地区近几个月的凶杀案负责。于是，马队下令，除了飞行员凯文·杜利原地待命外，其余队员分头搜寻这名穷凶极恶的逃犯。
瑞贝卡·钱伯斯（Rebecca Chambers）
这是瑞贝卡·钱伯斯的第一个任务，她刚满18岁，还是个医疗官，但依然勇敢地独自穿行在浣熊森林，慢慢接近了林中的一条铁轨，这是一条隶属于保护伞公司的私人火车线路，连接阿克雷山区和浣熊市，名为“黄道特急”的列车往返两地，为保护伞公司接送工作人员。此刻，那辆列车，正停在铁轨上，散发着不安的气息。
黄道特急今天执行的，正是将员工运到干部养成所旧址的任务，它在两个多小时前就出发了，按理应该已经抵达了终点，是什么让它在此停留呢？瑞贝卡小心翼翼地登上火车，很快，她便看到了许多僵尸化的保护伞员工。这，正是水蛭女王的杰作。
这些可怜的受害者，很多到死都不知遭遇了什么，保护伞公司同样对他们封锁了信息，有些敏锐的人感到了危险，却还天真地以为公司跟他们一样不了解情况。他们也许说对了一半，保护伞公司确实不是什么都知道，比如等在养成所的威斯克和伯肯，一时间也不清楚，在黄道特急上，到底发生了什么，只能派保护伞特殊工作部队（U.S.S）D组去调查。
爱德华之后也会因病毒成为僵尸，瑞贝卡不得不将僵尸化的华哥杀掉
这边，瑞贝卡的队友爱德华·杜威（Edward Dewey）也来到了黄道特急，可惜，此前在他穿越森林时，被感染了的动物咬伤，他拼尽全力向瑞贝卡描述了事态的严重性后，昏死过去。孤立无援的瑞贝卡在列车上遇到了逃犯比利，对方主动提出了合作，虽然科恩看起来是个可靠帅气的肌肉猛男，但鉴于先入为主的看法，瑞贝卡并不信任这个杀人狂，直到列车上出现的“怪物”超出了一般认知，她终于明白，“奶妈”还得搭配一个“战士”。
这个飞身一跃暴击水蛭，英雄救美的英姿，算是比利的“正式亮相”
合作刚刚达成，原地停留多时的黄道特急，突然启动，威斯克派出的特殊工作部队已经来到了车里，按计划发动了列车，并向威斯克汇报了列车骤停的原由。
了解黄道特急已遭污染后，威斯克改变了计划，打算让D组把车从最近的支线开出去，然后彻底销毁列车。不过，还没等他下达新命令，D组组员就全数被马库斯的水蛭大军感染了。
这下，加速狂飙的黄道特急变成了无人驾驶，到时候没人刹车，冲出轨道带着大家粉身碎骨，就是它的结局了。瑞贝卡和比利必须让它停下来，虽然最后列车还是撞向一个地下车站侧翻了，但此前的减速，终究保住了两人的性命。
列车宿命般地停在了那个研究中心，那个位于养成所地下的，被废弃的，曾经做过无数人体实验的，摆满了中世纪刑具的，见证了马库斯死亡的，研究中心。
从闯入中心的那一刻起，瑞贝卡和比利就处在马库斯/水蛭女王的监控之下，实验室昔日的主人，怎能容忍两个愣头青在他的地盘上撒野，他不断释放各种生物武器来阻击他们，其中包括“猎杀者α型”、消除者（Eliminator）、瘟行虫（Plague Crawler）、百夫长（Centurion）以及原型暴君（T-001型）等。军人出身的比利和机智灵巧的瑞贝卡完美配合，在一波一波的怪物潮中，艰难存活下来，最终，见到了始终监视着他们的“马库斯”。
原型暴君（T-001）大吼一声并向你竖起中指
但他们的头顶上，其实还有两双眼睛，捕蝉的螳螂背后，还有威斯克和伯肯。威斯克是瑞贝卡的顶头上司，自然不会把初出茅庐的小丫头当回事，可是监视器前那位奇奇怪怪的死亡歌姬，实在令人在意，他跟伯肯一番调查，发现这人竟是马库斯后，如临大敌，要知道当年他们对马老师的疯狂被刺，可是把对方彻底创死。如果这真是马库斯亡者归来，肯定不会放过上辈子的仇人们，连带着保护伞公司都可能完蛋。
马库斯死前看到的最后的画面，竟然是两位爱徒在自己坟头蹦迪
此时，t病毒的研究已接近尾声，只缺一次实战测试数据，威斯克觉得，只需把特战队引入斯宾塞洋馆，让他们充当被攻击的小白鼠，帮他完成这最后一步，他就可以离开保护伞，去敌对公司开启新人生了（我愿称之为生化吕布）。但伯肯另有想法，保护伞公司对他来说还有利用价值，他还要继续研究，把马库斯的t病毒时代，带入他伯肯的g病毒时代，做大做强。而且伯肯对马库斯是否真复活了心存怀疑，他要留下来继续观望，如果事情果真往最坏的方向发展，他将启动养成所地下室里的自毁装置。
对这个昔日出双入对的搭档，威斯克表示了尊重祝福后，便丢下烂摊子，专心打自己的小算盘去了。
瑞贝卡和比利一路过关斩将，最终逼水蛭女王拟态马库斯亲自出场，伯肯也确定了，这位大Boss，就是冲着搞垮保护伞来的，他只能启动自毁装置。一连串的爆炸声后，养成所洋馆在冲天的火光中，瞬间崩塌，幸而瑞贝卡和比利及时战胜了马库斯，逃出了这罪恶的地狱。
在并肩战斗中，瑞贝卡了解了比利的为人，这个铁血猛男其实是拒绝了残杀平民的命令，反被怀恨在心的长官栽赃成了杀人犯。放下误会后，两人之间的战友情谊愈发纯粹，或许，还有某种情愫在悄悄萌芽。
然而，时间走得很快，瑞贝卡将带着“比利已经变成僵尸”的故事回去复命，并迎接新的挑战；比利将成为一个不存在的人继续浪迹。两人在晨曦中，以军礼互道珍重，各奔西东。
洋馆事件
当瑞贝卡和比利被困养成所时，B队队长带着几名队员，在森林里跟僵尸、地狱犬缠斗后，终于来到了斯宾塞的洋馆，这也是他们原计划的目的地，特战队平日里对队员的训练，走的就是单兵作战路线，他们的行动守则也挺“个人英雄主义”，加上此时没人知道将要面对的敌人有多可怕，所以，马队下令大家分头行动，对洋馆进行警戒和搜索。
探索中，马队在洋馆地下发现了一个地铁入口，便进入隧道，他想看看这条线路到底通向何处，他遇到的第一个站点，是个超大型的地下综合实验室：NEST，隶属于保护伞，位于保护伞化工厂（Umbrella Chemical Plant）正下方，它存在的意义，是供威廉·伯肯研究g病毒，难怪伯肯不想离开保护伞，这待遇确实优厚。
威廉·伯肯快乐屋
在这里，马队还跟瑞贝卡有一次短暂相遇。等等，瑞贝卡不是在养成所么？这正是此条地下线路的可怕之处，它联通了保护伞公司在阿克雷所有的设施，包括那条通往浣熊市的黄道特急专线，以及浣熊市中心下水道，也跟它相连，这里已经给浣熊市的灾难，埋下伏笔了。
发现庞大的地下交通网后，马队感到事情不简单，又返回洋馆做进一步的探查，果然，在这里他知道了斯宾塞洋馆跟保护伞公司的关系，还发现数月来的离奇惨案，正是从洋馆泄露的病毒造成，当然，最迫在眉睫的发现是，保护伞在特战队安插了内鬼。但还没来得及警告队员，马队就在洋馆庭院地下，遭到了生化武器攻击，被困在了这个洞穴中。几个小时候，他被A队队员找到，尽管他第一时间就试图提醒队友，可话还没说完，一枚子弹便结束了他的生命，子弹正是来自内鬼威斯克。
不过，马队不用担心，用不了多久，A队队员不想知道答案都不行了，因为威斯克压根没打算继续呆在特战队，利用完这些队员，他就可以爆狼了。
还没有狂练肌肉的克里斯·雷德菲尔德（Chris Redfield）
A队是24日在威斯克的带领下，进入阿克雷山区的。因为知道要在目的地洋馆存活，属于噩梦难度，所以出发前，威斯克给自己来了一针，那是好基友伯肯送给他的t病毒，能赋予他更强大的力量和再生能力。为确保计划万无一失，威斯克还“策反”了一名A队队员巴瑞·波顿，方式简单粗暴，你不帮我，我就杀你妻女。
A队在找到B队坠机地后，发现B队原地待命的飞行员凯文·杜利已经死亡，那些咬死了杜利的变异地狱犬，也对刚落地的A队发起了进攻，A队的一名队员当场阵亡，飞行员布拉德也吓得抛下队友，自己驾驶飞机逃跑了，不过他这么一跑，反倒是给队伍保存了有生力量。幸存的四名A队队员：克里斯·雷德菲尔德、吉尔·瓦伦丁、巴瑞以及威斯克，且战且退，最终逃到了洋馆。
吉尔·瓦伦丁（Jill Valentine），虽然还不是美得出水的建模，但已经很美了
进入洋馆时，四人中有一人走散了（这里走散的人是谁，游玩克里斯线和游玩吉尔线会有不同，在此就不作深究了），这开局正合威斯克之意，他轻易便能在不暴露意图的前提下，将队员分散，自己则可以一边获取实验成果，一边暗中观测t病毒生化武器的实战数据，因此，吉尔和克里斯遭受了大量t病毒系怪物的攻击，包括但不限于猎杀者α型、巨型黄蜂、各种变异蜘蛛、巨噬蛇、植物42……
其中，洋馆里最成功的t系作品，理论上当属暴君T-002型，它是在原型暴君的基础上，减少了t病毒的计量后，产生的“究极生化武器”，除了肉体能力大幅提升外，它再也不是无脑的傻大个了，可以执行复杂任务，而且在血条堪忧时，它能解除自身“力量限制”，进一步变异成超级暴君。
威总显然是高估了T-002的智商水平
但为什么说是“理论上”呢？因为洋馆1998年的这只，还是半成品，在被威斯克唤醒后，002型首先无差别攻击友军，直接给威斯克来了个开膛破肚（克里斯线，吉尔线是给了一个大逼兜）。威斯克当场“死亡”，但在那之前，他也启动了洋馆的自毁装置，特战队只能紧急撤离，当他们在停机坪等直升机时，暴君也追了上来，但半成品终归是半成品，还是敌不过常规武器中的火箭弹，最终被一炮送上了西天。
克里斯和吉尔成功逃脱；正义的巴瑞在关键时刻，还是选择了队友，且没被克里斯克死，登上了飞机；B队唯一幸存瑞贝卡在洋馆遇到了克里斯，与A队并肩作战到最后，亦成功撤离。
巴瑞·波顿（Barry Burton），挣扎后选择了战友的真男人
但特战队的整场行动，并不成功，首先，自毁程序，把洋馆中所有能给保护伞将一军的实质证据，尽数毁灭；再者，虽然损失了一座豪宅，外加若干实验设备，但保护伞真正在乎的东西，已在爆炸前，被成功转移了出去；最后，威斯克因为开挂，死而复生，但他企图偷保护伞的实验数据，去敌方公司纳投名状的计划，也被人搞黄了，保护伞再得一分。
原来，威斯克本以为自己是此次行动中的黄雀，可他千算万算没算到，他背后还有只捕鸟的猫，人家才是最终赢家。这只猫他并不陌生，两天前，他无视养成所数据收集工作，直接撂挑子走人时，还在途中遇到过这个人，对方不但对他一通嘲讽，还派出保镖“伊万暴君”跟他互殴。
谢尔盖·弗拉基米尔（Sergei Vladimir），记住回高加索了千万别舔刀，容易粘住
此人便是，谢尔盖·弗拉基米尔，前苏联军人，苏联解体后，他来到保护伞参加了暴君计划，没成想他就是那个天选之子，体质非常适合t病毒，后来，保护伞对他的身体进行了克隆，原型暴君，002型和早期003型，都用到了他的克隆体。受到如此重用，谢尔盖对斯宾塞和保护伞感激涕零，死心塌地，是的，他跟威斯克最大的不同，就是“忠义”二字了，所以他怎么可能看得惯威斯克的背叛行为，他不光要给叛徒上一课，还专门选了个最恶心人的方式，他在威斯克假死期间，找到了洋馆地下最隐蔽的超级计算机UMF-013，这台计算机里，就储存着威斯克想要的数据，但谢尔盖通过“绯红女王”，取消了威斯克所有的访问权限。
当“绯红女王”（Red Queen）向威总亮出这个界面时，可谓侮辱性很强，伤害性也很大
本文的最后，再来重点说一下这个“绯红女王”，因为它跟保护伞下一阶段的生化武器研究，息息相关。她是保护伞开发的人工智能，最开始就存在这台UMF-013里，后续也会被谢尔盖回收。回收后，她最重要的用武之地，便是跟“塔洛斯”（T-A.L.O.S）结合。
塔洛斯（T-A.L.O.S）是暴君-装甲致命有机系统（Tyrant-Armored Lethal Organic System）的简称
塔洛斯是暴君系列中真正的强者，它尽可能多地摒弃了前几代暴君的弱点，采用特殊合金打造装甲，保护了暴君的外露器官；它脑内的芯片，跟强大的“绯红女王”数据库同步，使得容易失控的暴君变得可控，完全可以通过电脑操纵。1998年洋馆事件时，塔洛斯尚在研究，它的素体就存放在洋馆地下的实验室，谢尔盖赶在爆炸前，把它带走了。所以，后来的“塔洛斯计划”，就由他在保护伞公司俄罗斯分部完成了。
硝烟散尽，阿克雷山区的惨剧，终告于段落，接下来，压力给到了浣熊市……
比利明示点赞
（这里要夸一下一代和后出的前传0代剧本，这两代的故事发生在短短几天内，登场人物众多，每人还各怀鬼胎，线索盘根错节，让游戏呈现出了十分紧凑的节奏和干净利落的演绎，在整个系列中都很亮眼。）
瑞贝卡明示点赞