接下來就是比較長的缺點了。懸賞玩法：需要靠搶，導致現在腳本眾多，很少有玩家能靠自己手動搶完本日的限額；懸賞的產出品質隨機性太高。3V3玩法：匹配系統極差，隊友情況嚴重，鑑於現在沒有遊戲可以完美解決，可以忽略。
家族玩法：家族戰時間冗長，從20點打到21:15分才能獲得獎勵，每次分戰獎勵還需要在戰鬥結束或10分鐘內領取，獎勵感人。
競技場玩法：玩法過於單一，在沒有挑戰的區間跑酷簡直是折磨，而到了玩家的挑戰區間暴斃的太快。其實上述問題都不算大問題，忍3的最大問題是，遊戲消耗資源的獲取嚴重不足導致的角色成長週期過長，勸退大部分微氪，0氪玩家。
簡單來說，中氪玩家也不一定能跟上第一梯隊，而普通微氪、零氪玩家幾乎是被拋棄的。而忍3其實是一款以跑酷為戰鬥內核的RPG遊戲，且遊戲中有確實的屬性門檻，在屬性被碾壓且養成預期遙遙無期時，大規模的AFK也是不可避免的，導致這個局面的主要原因，還是因為以跑酷為戰鬥內核，可開發為玩法的點太少了，如果快速養成完畢，又沒有新的玩法，也會造成流失，只能以減少物資獲取來延長遊戲生命。事實上以忍3的遊戲素質，對於喜歡跑酷類的玩家是不錯的，但是過長的養成曲線造成的挫敗感，勸退了玩家金字塔中人數最多的微氪，0氪玩家。