接下来就是比较长的缺点了。悬赏玩法：需要靠抢，导致现在脚本众多，很少有玩家能靠自己手动抢完本日的限额；悬赏的产出品质随机性太高。3V3玩法：匹配系统极差，队友情况严重，鉴于现在没有游戏可以完美解决，可以忽略。
家族玩法：家族战时间冗长，从20点打到21:15分才能获得奖励，每次分战奖励还需要在战斗结束或10分钟内领取，奖励感人。
竞技场玩法：玩法过于单一，在没有挑战的区间跑酷简直是折磨，而到了玩家的挑战区间暴毙的太快。其实上述问题都不算大问题，忍3的最大问题是，游戏消耗资源的获取严重不足导致的角色成长周期过长，劝退大部分微氪，0氪玩家。
简单来说，中氪玩家也不一定能跟上第一梯队，而普通微氪、零氪玩家几乎是被抛弃的。而忍3其实是一款以跑酷为战斗内核的RPG游戏，且游戏中有确实的属性门槛，在属性被碾压且养成预期遥遥无期时，大规模的AFK也是不可避免的，导致这个局面的主要原因，还是因为以跑酷为战斗内核，可开发为玩法的点太少了，如果快速养成完毕，又没有新的玩法，也会造成流失，只能以减少物资获取来延长游戏生命。事实上以忍3的游戏素质，对于喜欢跑酷类的玩家是不错的，但是过长的养成曲线造成的挫败感，劝退了玩家金字塔中人数最多的微氪，0氪玩家。