第一階段：戴斯蒙德傳奇
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玩家將扮演身懷絕藝的白衣刺客阿泰爾，在十字軍東征時期的耶路撒冷懲奸除惡，成為一代刺客導師，將刺客組織帶向了一個新的時代
主角為艾吉奧·奧迪託雷，是意大利文藝復興時期的一名佛羅倫薩貴族。全線講述了艾吉奧在目睹父兄被聖殿騎士所害後，繼承了父親的刺客衣缽，開展復仇最終成長為刺客組織歷史上繼阿泰爾後的又一位刺客導師
故事背景設定在美國獨立戰爭時期的紐約和波士頓，玩家將扮演康納作為遊戲主角，將會在遊戲過程中遇到眾多著名歷史人物，喬治·華盛頓、本傑明·富蘭克林等人都會登場，也是現代線戴斯蒙德劇情的落幕
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第二階段：美洲兩部曲
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故事背景設定在海盜黃金時期的加勒比海，以《刺客教條3》的主角康納·肯威的祖父愛德華·肯維為主角，參與逐漸結束的私掠戰爭、轉變成為刺客與聖殿騎士的千年對抗
玩家將扮演謝伊·寇馬克由一名刺客叛變為一名聖殿騎士並獵殺導師的故事，改作展示了刺客作為前作代表正義的一方更加的具有複雜性
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第三階段：英法兩部曲
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遊戲的背景設定在法國大革命的巴黎，玩家將扮演刺客主角亞諾·多里安試圖找出法國大革命幕後的真正勢力。亞諾在巴黎鐵塔相關行動後應對刺客兄弟會危機，包括在杜樂麗宮、大夏特雷監獄的行動，與著名歷史人物拿破崙也有合作
玩家將操縱遊戲的兩位主人公——雅各·弗萊和伊薇·弗萊，行走在工業革命時期的英國倫敦，在那裡為人們的和平與尊嚴而戰。是刺客教條系列裡時間線離近代線最近的一作，同時這一作已經有了向罐頭化生產的趨勢
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第四階段：神話三部曲
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遊戲背景主要發生在托勒密王朝時期末期的埃及，本作採用開放地圖RPG玩法，回顧刺客兄弟會的起源，主角為巴耶克。除了埃及之外，還可以操控巴耶克的妻子見到羅馬王朝的凱撒大帝
遊戲背景設定於公元前431年，講述了古希臘城邦之間的伯羅奔尼撒戰爭的秘密虛構歷史。玩家扮演一名僱傭兵，有兩個可選主角，分別“阿利克西歐斯”或“卡珊德拉”，可加入以雅典為首的提洛同盟或以斯巴達為首的伯羅奔尼撒聯盟。dlc《亞特蘭蒂斯之命運》則展示了希臘神話中的傳說境地並揭露第一文明的秘密，探索源自希臘神話的三個新世界——極樂世界，冥界以及亞特蘭提斯。
講述了一位名叫艾沃爾的維京勇士從戰鬥和榮耀中崛起的故事。公元9世紀，艾沃爾離開了飽受戰爭摧殘且資源匱乏的挪威，帶領族人穿越冰冷的北海，抵達王權支離破碎但物產豐饒的英格蘭土地，在那裡探索英格蘭的黑暗時代，發展居民地、培育政治力量。
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其他
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玩家們將會在九世紀扮演一名還沒有成為無形者的巴辛姆在阿拔斯王朝首都巴格達的街道上穿梭，跟隨他一路成長為刺客大師。本作作為原dlc立項轉為正傳，是育碧迴歸老刺客玩法的一部作品