第一阶段：戴斯蒙德传奇
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玩家将扮演身怀绝艺的白衣刺客阿泰尔，在十字军东征时期的耶路撒冷惩奸除恶，成为一代刺客导师，将刺客组织带向了一个新的时代
主角为艾吉奥·奥迪托雷，是意大利文艺复兴时期的一名佛罗伦萨贵族。全线讲述了艾吉奥在目睹父兄被圣殿骑士所害后，继承了父亲的刺客衣钵，开展复仇最终成长为刺客组织历史上继阿泰尔后的又一位刺客导师
故事背景设定在美国独立战争时期的纽约和波士顿，玩家将扮演康纳作为游戏主角，将会在游戏过程中遇到众多著名历史人物，乔治·华盛顿、本杰明·富兰克林等人都会登场，也是现代线戴斯蒙德剧情的落幕
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第二阶段：美洲两部曲
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故事背景设定在海盗黄金时期的加勒比海，以《刺客信条3》的主角康纳·肯威的祖父爱德华·肯维为主角，参与逐渐结束的私掠战争、转变成为刺客与圣殿骑士的千年对抗
玩家将扮演谢伊·寇马克由一名刺客叛变为一名圣殿骑士并猎杀导师的故事，改作展示了刺客作为前作代表正义的一方更加的具有复杂性
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第三阶段：英法两部曲
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游戏的背景设定在法国大革命的巴黎，玩家将扮演刺客主角亚诺·多里安试图找出法国大革命幕后的真正势力。亚诺在巴黎铁塔相关行动后应对刺客兄弟会危机，包括在杜乐丽宫、大夏特雷监狱的行动，与著名历史人物拿破仑也有合作
玩家将操纵游戏的两位主人公——雅各·弗莱和伊薇·弗莱，行走在工业革命时期的英国伦敦，在那里为人们的和平与尊严而战。是刺客信条系列里时间线离近代线最近的一作，同时这一作已经有了向罐头化生产的趋势
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第四阶段：神话三部曲
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游戏背景主要发生在托勒密王朝时期末期的埃及，本作采用开放地图RPG玩法，回顾刺客兄弟会的起源，主角为巴耶克。除了埃及之外，还可以操控巴耶克的妻子见到罗马王朝的凯撒大帝
游戏背景设定于公元前431年，讲述了古希腊城邦之间的伯罗奔尼撒战争的秘密虚构历史。玩家扮演一名雇佣兵，有两个可选主角，分别“阿利克西欧斯”或“卡珊德拉”，可加入以雅典为首的提洛同盟或以斯巴达为首的伯罗奔尼撒联盟。dlc《亚特兰蒂斯之命运》则展示了希腊神话中的传说境地并揭露第一文明的秘密，探索源自希腊神话的三个新世界——极乐世界，冥界以及亚特兰提斯。
讲述了一位名叫艾沃尔的维京勇士从战斗和荣耀中崛起的故事。公元9世纪，艾沃尔离开了饱受战争摧残且资源匮乏的挪威，带领族人穿越冰冷的北海，抵达王权支离破碎但物产丰饶的英格兰土地，在那里探索英格兰的黑暗时代，发展居民地、培育政治力量。
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其他
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玩家们将会在九世纪扮演一名还没有成为无形者的巴辛姆在阿拔斯王朝首都巴格达的街道上穿梭，跟随他一路成长为刺客大师。本作作为原dlc立项转为正传，是育碧回归老刺客玩法的一部作品